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[VMD] VMD如何计算蛋白RNA复合物轨迹中的水介导的氢键?

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我现在有轨迹文件,是NAMD跑得关于蛋白质和RNA复合物的,我想计算蛋白RNA之间的氢键,已知能用VMD进行HBond分析,但是实验中表明还会有水介导的二者之间的氢键相互作用,请问有人能帮忙解答如何实现水介导的氢键分析

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发表于 Post on 2021-5-8 15:32:18 | 只看该作者 Only view this author
“水介导”不是众所周知的词
如果解释清楚是什么含义,或许有其他不了解这个词但是知道怎么解决这个问题的人能帮你
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-8 20:21:20 | 只看该作者 Only view this author
首先很感谢sobereva老师的回复!
Water-mediated hydrogen bonds
英文是这样的,我刚发现18年有人提过这个问题,但是并没有得到相应的结解决措施,我是否需要自编脚本?
VMD能否实现?

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发表于 Post on 2021-5-9 04:03:04 | 只看该作者 Only view this author
violet 发表于 2021-5-8 20:21
首先很感谢sobereva老师的回复!
Water-mediated hydrogen bonds
英文是这样的,我刚发现18年有人提过这 ...

用VMD结合自己写的tcl脚本100%能分析,怎么写怎么分析取决于这个词在当前语境下具体指什么
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-9 16:16:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-9 04:03
用VMD结合自己写的tcl脚本100%能分析,怎么写怎么分析取决于这个词在当前语境下具体指什么

好的,非常谢谢sobereva老师,我会好好看一下TCL教程,好好分析一下

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