关于GMX中最小二乘法拟合组的选择问题（Select group for least squares fit）

黄舒伟

想请问一下在用GMX分析RMSD的时候，例如我是DNA和小分子配体的体系，想分析DNA的RMSD，那么我的最小二乘法拟合组应该怎么选择呢？或者更基本的一个问题：请问最小二乘法拟合组这个对我的结果影响的原理在哪呢？（没有在GMX手册或者公社查询到相关叙述）我试过两个都选DNA和拟合组选系统计算组选DNA，发现两者是不一样的，但是不知道这两者不一样的来源原理是什么？
恳请相关大佬指教。以下是相关的命令行。

1. GROMACS:      gmx rms, version 2019.6
   
2. Executable:   /home/learning/hsw/gmx2019.6/bin/gmx
   
3. Data prefix:  /home/learning/hsw/gmx2019.6
   
4. Working dir:  /home/learning/hsw/work/1qv4/gmx4
   
5. Command line:
   
6.   gmx rms -s md_0_10.tpr -f md_0_10_noPBCtext1.xtc -o rmsdtext2.xvg -tu ns
   
7. 
   
8. Reading file md_0_10.tpr, VERSION 2019.6 (single precision)
   
9. Reading file md_0_10.tpr, VERSION 2019.6 (single precision)
   
10. Select group for least squares fit
    
11. Group     0 (         System) has 58999 elements
    
12. Group     1 (            DNA) has   758 elements
    
13. Group     2 (            MOL) has    70 elements
    
14. Group     3 (             NA) has    22 elements
    
15. Group     4 (          Other) has    70 elements
    
16. Group     5 (            MOL) has    70 elements
    
17. Group     6 (             NA) has    22 elements
    
18. Group     7 (          Water) has 58149 elements
    
19. Group     8 (            SOL) has 58149 elements
    
20. Group     9 (      non-Water) has   850 elements
    
21. Group    10 (            Ion) has    22 elements
    
22. Group    11 (            MOL) has    70 elements
    
23. Group    12 (             NA) has    22 elements
    
24. Group    13 ( Water_and_ions) has 58171 elements
    
25. Select a group: 1
    
26. Selected 1: 'DNA'
    
27. Select group for RMSD calculation
    
28. Group     0 (         System) has 58999 elements
    
29. Group     1 (            DNA) has   758 elements
    
30. Group     2 (            MOL) has    70 elements
    
31. Group     3 (             NA) has    22 elements
    
32. Group     4 (          Other) has    70 elements
    
33. Group     5 (            MOL) has    70 elements
    
34. Group     6 (             NA) has    22 elements
    
35. Group     7 (          Water) has 58149 elements
    
36. Group     8 (            SOL) has 58149 elements
    
37. Group     9 (      non-Water) has   850 elements
    
38. Group    10 (            Ion) has    22 elements
    
39. Group    11 (            MOL) has    70 elements
    
40. Group    12 (             NA) has    22 elements
    
41. Group    13 ( Water_and_ions) has 58171 elements
    
42. Select a group: 1
    
43. Selected 1: 'DNA'
    
44. Last frame        700 time    7.000   

复制代码

sobereva

“Select group for least squares fit”控制相对于哪个组对整个体系进行平移、旋转，从而消除这个组相对于其在参考结构中的整体运动。你若要考察DNA部分的RMSD，显然得消除DNA部分的平动转动，这一步自然应该选DNA。

跑水当中的生物分子体系，Select group for least squares fit选system对任何时候都没有任何意义

Eva_Winter

两次都选DNA，得到的是DNA结构在整个过程中相对于初始时刻（由md_0_10.tpr决定）DNA结构的变化，就是一般意义上的RMSD。用来评估DNA构象变化的。

假如第一步选DNA，第二步选小分子，可以得到整个过程小分子相对初始DNA位置的变动。

如社长所说，选system没有任何意义