计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 5379|回复 Reply: 15

[编译与编译器] 在centos 7.6下编译amber18 & AmberTools18 openmpi 1.8.8并行版全纪录

[复制链接 Copy URL]

42

帖子

2

威望

1444

eV
积分
1526

Level 5 (御坂)

发表于 Post on 2021-5-13 23:25:13 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 独舞的印迹 于 2021-5-15 12:24 编辑

刚折腾好amber18,搜了一下,好像没帖子说amber1的8安装步骤,于是发上来分享一下。不是很懂linux,有不对的地方请轻喷。
0.本记录基于卢老师的教程安装的系统,建议使用新系统安装。参考安装amber18。
1.安装时尽量使用非root用户的进行安装,可以安装在/home/username/下,如果要装在/usr/local之类的系统文件夹,需要用超级用户改这个文件夹的权限(sudo chmod 777 /usr/local),另外不要直接把软件装在local里一定要在local里创建文件夹(local里有bin和lib文件夹,可能会出现覆盖的情况。)
2.安装全程不要加sudo,特殊情况除外。解压时一不小心加了的话就删了重新解压,其他时候加了看情况要不要删了重新来。
ps:1、2这两点是个巨坑,折腾了我两天,千万要注意。
3.openmpi和mpich的命令都是mpirun,所以如果同时装的有这两个软件需要自行修改当前用户的~/.bashrc,用哪个mpi就把哪个mpi放前面。(echo $PATH可以看当前路径的优先级,哪个mpi文件夹靠前,系统就用那个mpi)
4.编译时使用amber18自带的microconda,不要用自己的python。这点也是个大坑,折腾了很久很久。
5.涉及到的文件。失效请通知我。链接:https://pan.baidu.com/s/1Sv9qkgr8kMoXatOJXrNEcg 提取码:xcf3
6.中间退出或者断线了就重新source amber.sh一下。提示找不到什么东西也source一下。sudo命令安装的source一下还提示找不到命令就憋抱希望了,直接rm -rf 这个文件夹吧。

#安装依赖库(可能要root权限)
yum -y install tcsh make gcc gcc-gfortran gcc-c++ which flex bison patch bc libXt-devel libXext-devel perl perl-ExtUtils-MakeMaker util-linux wget bzip2 bzip2-devel zlib-devel tar
#确保这三个的版本完全一样。
gcc -v
g++ -v
gfortran -v

#解压到当前用户的Desktop文件夹下。
cd  /home/username/Desktop/
tar jxvf AmberTools18.tar.bz2
tar jxvf Amber18.tar.bz2

#在bashrc中添加环境变量。这样就可以避免之后多次source了。
test -f /home/username/Desktop/amber18/amber.sh && source /home/liuyaoze/Desktop/amber18/amber.sh
#保存退出后source一下
source ~/.bashrc

#先用configure脚本编译串行版本
#会提示更新,更不更新都可以(加--no-updates跳过更新),但是一定要装python
#有warning不要紧张,下同。
./configure gnu

#在当前目录下执行
make install

#在amber18目录下source
source amber.sh

#大多数都通过就没问题了。
make test

#安装openmpi
cd $AMBERHOME/AmberTools/src

#先上传openmpi-1.8.8.tar.bz2到$AMBERHOME/AmberTools/src
#解压
tar jxvf openmpi-1.8.8.tar.bz2

#不要手滑自行编译!
#在src这个文件夹执行configure_openmpi脚本编译openmpi。
./configure_openmpi gnu
vi ~/.bashrc

#安装完成后在bashrc文件中刚才添加的test -f这一行的后边添加以下内容。
export MPI_HOME=$AMBERHOME/AmberTools
export PATH=$PATH:$MPI_HOME/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$MPI_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH

source ~/.bashrc

#amber18文件夹里编译并行版本
./configure --no-updates -mpi gnu
make install
export DO_PARALLEL="mpirun -np 8"

#大多数通过就没问题。
make test







评分 Rate

参与人数
Participants 6
威望 +1 eV +19 收起 理由
Reason
Jan + 5 谢谢分享
zsu007 + 5 赞!
dmm + 2
DZW + 4
hdhxx123 + 3 GJ!
sobereva + 1

查看全部评分 View all ratings

既笨又菜,轻喷。

4万

帖子

99

威望

4万

eV
积分
89933

管理员

公社社长+计算化学玩家

发表于 Post on 2021-5-14 08:40:31 | 显示全部楼层 Show all
用root并没有问题,只不过绝对不要装到默认的/usr/local/下面,否则会和其它文件搅合在一起
我一般都是root装在/sob/Amber[版本号]/里。我在我自己的机子上从来不用普通用户
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的最佳途径。培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息、避免错过网上最有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人,讨论范畴相同
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

20

帖子

1

威望

474

eV
积分
514

Level 4 (黑子)

发表于 Post on 2021-5-14 11:45:14 | 显示全部楼层 Show all
非root安装也很方便。

50

帖子

0

威望

91

eV
积分
141

Level 2 能力者

发表于 Post on 2021-11-14 14:11:42 | 显示全部楼层 Show all
楼主,mpirun - np [n],这个n的数量取决于什么,到底是何物理cpu个数有关,还是逻辑cpu个数,我是双cpu双核每核2线程的服务器,n应该是多少噢

42

帖子

2

威望

1444

eV
积分
1526

Level 5 (御坂)

 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-14 21:10:34 | 显示全部楼层 Show all
Kamala 发表于 2021-11-14 14:11
楼主,mpirun - np [n],这个n的数量取决于什么,到底是何物理cpu个数有关,还是逻辑cpu个数,我是双cpu双 ...

上限应该是逻辑核心数。假如你双路24c48t的服务器,这里最多可填48*2=96(但应不意味着填96是最理想的情况,需要自己测试。)
既笨又菜,轻喷。

32

帖子

0

威望

885

eV
积分
917

Level 4 (黑子)

发表于 Post on 2021-11-14 22:45:57 | 显示全部楼层 Show all
只要放在/home下 usr 目錄下一般安裝都很順利...你只要使用gcc 都沒問題

50

帖子

0

威望

91

eV
积分
141

Level 2 能力者

发表于 Post on 2021-12-15 20:56:16 | 显示全部楼层 Show all
独舞的印迹 发表于 2021-11-14 21:10
上限应该是逻辑核心数。假如你双路24c48t的服务器,这里最多可填48*2=96(但应不意味着填96是最理想的情 ...

好的 明白

38

帖子

0

威望

213

eV
积分
251

Level 3 能力者

发表于 Post on 2022-1-11 09:47:07 | 显示全部楼层 Show all
请问在最后一部make test时大部分不通过怎么解决?
他显示问题在 当前处于root用户下,不予计算。可是要是我切换到普通用户时,很多文件没有权限打开,还是大部分不通过。然后我又尝试了在普通用户下安装,也是不行。
然后又看了这个帖子http://sobereva.com/409,不知道是openmpi版本太低还是什么,找不到帖子里面需要修改的文件,我又尝试下载新版本的openmpi,结果不能在amber18这个文件中被识别安装。
要是直接加--allow-run-as-root来进行make test要怎么加,我尝试了一下好像不行。。

42

帖子

2

威望

1444

eV
积分
1526

Level 5 (御坂)

 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-12 08:50:13 | 显示全部楼层 Show all
yee 发表于 2022-1-11 09:47
请问在最后一部make test时大部分不通过怎么解决?
他显示问题在 当前处于root用户下,不予计算。可是要是 ...

你可以按照我的安装步骤来,可以避免你说的问题。
既笨又菜,轻喷。

38

帖子

0

威望

213

eV
积分
251

Level 3 能力者

发表于 Post on 2022-1-12 09:37:44 | 显示全部楼层 Show all
独舞的印迹 发表于 2022-1-12 08:50
你可以按照我的安装步骤来,可以避免你说的问题。

我是按照你的的来,安装包也是下载你的网盘里的,它就显示root下不于计算。。我才找别的办法

12

帖子

0

威望

245

eV
积分
257

Level 3 能力者

发表于 Post on 2022-6-11 13:27:54 | 显示全部楼层 Show all
感谢

26

帖子

0

威望

177

eV
积分
203

Level 3 能力者

发表于 Post on 2023-1-4 11:36:36 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 Nancylee0416 于 2023-1-4 14:13 编辑

求助大佬 根据sob老师的方法,前期已经在centos7.6虚拟机中成功安装ambertools18,openmpi4.1.1,gcc9.3.1(4.8.5),python 2.7.5。现在想安装amber18。
1.是否可以直接在sob/amber18文件夹中解压amber18.tar.bz? 发现已有的ambertools18的文件夹中和amber18压缩包里中都含有test和src文件夹,是否可以合并,会不会有影响?
2.ambertools文件夹如图已命名为sob/amber18,文件夹中已有amber.sh,有些混淆是否这个就是amber18?附上环境变量和文件夹内容
202301041139029971..png

202301041134212080..png
202301041134583671..png
202301041140502981..png
202301041140253450..png

42

帖子

2

威望

1444

eV
积分
1526

Level 5 (御坂)

 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-1-4 15:23:00 | 显示全部楼层 Show all
Nancylee0416 发表于 2023-1-4 11:36
求助大佬 根据sob老师的方法,前期已经在centos7.6虚拟机中成功安装ambertools18,openmpi4.1.1,gcc9.3.1( ...

1.没记错的话这两个压缩包里的文件夹本来就是同名的,直接解压即可,不用担心覆盖的问题。
2.amber的可执行程序在./amber18/bin下面。amber.sh里面是运行amber的时候需要的环境变量(其中就包括了可执行程序得位置),把这个文件写进.bashrc的作用你可以理解为你使用amber相关的指令的时候告诉系统去哪里找对应的可执行程序。
既笨又菜,轻喷。

26

帖子

0

威望

177

eV
积分
203

Level 3 能力者

发表于 Post on 2023-1-4 18:08:45 | 显示全部楼层 Show all
独舞的印迹 发表于 2023-1-4 15:23
1.没记错的话这两个压缩包里的文件夹本来就是同名的,直接解压即可,不用担心覆盖的问题。
2.amber的可 ...

感谢楼主!!! 在amber18文件夹中已解压覆盖,使用原openmpi跳过安装时报错,还是需要新安装openmpi-1.8.8.tar.bz2在src中。
202301041758501680..png

202301041801351270..png
make test过后虽然提示有很多failed和error,但是尝试pdb4amber语句正常运行。
是否可以认为是安装成功了呢?谢谢楼主!

42

帖子

2

威望

1444

eV
积分
1526

Level 5 (御坂)

 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-1-5 08:05:21 | 显示全部楼层 Show all
Nancylee0416 发表于 2023-1-4 18:08
感谢楼主!!! 在amber18文件夹中已解压覆盖,使用原openmpi跳过安装时报错,还是需要新安装openmpi-1.8 ...

你想要的功能可以正常使用的话就不用管。
既笨又菜,轻喷。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2023-2-5 09:22 , Processed in 0.213136 second(s), 27 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list