怎么把算乱分布的原子划分到一个个小的团簇里

jlx_ · 发表于 Post on 2015-12-7 13:03:36

如图所示，这个cluster里面含有很多随机分布的原子，看起来很乱，怎么样可以把它们表示成一个个具有特定size的小团簇的集合呢？

sobereva · 发表于 Post on 2015-12-7 18:22:53

如果你是想把这一个大簇拆成由不同尺寸小团簇构成的集合，那就导出坐标数据，写个小程序去计算，这不复杂。网上也有一些零零碎碎的现成的程序能干这事。

jlx_ · 发表于 Post on 2015-12-8 14:34:06

sobereva 发表于 2015-12-7 18:22
如果你是想把这一个大簇拆成由不同尺寸小团簇构成的集合，那就导出坐标数据，写个小程序去计算，这不复杂。 ...

谢谢sob老师，我先试试

huangyoyo · 发表于 Post on 2019-7-5 09:23:48

sobereva 发表于 2015-12-7 18:22
如果你是想把这一个大簇拆成由不同尺寸小团簇构成的集合，那就导出坐标数据，写个小程序去计算，这不复杂。 ...

请问如何理解这些团簇做NVT分子动力学时，很多原子跑到盒子外面去的现象？

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-5 13:08:53

huangyoyo 发表于 2019-7-5 09:23
请问如何理解这些团簇做NVT分子动力学时，很多原子跑到盒子外面去的现象？

看具体情况
若记录轨迹时候不考虑周期性，而且原子间作用太弱，有些原子MD时脱离主体，就自然会看起来跑到外面去

huangyoyo · 发表于 Post on 2019-7-5 14:33:15

本帖最后由 huangyoyo 于 2019-7-5 14:36 编辑

sobereva 发表于 2019-7-5 13:08
看具体情况
若记录轨迹时候不考虑周期性，而且原子间作用太弱，有些原子MD时脱离主体，就自然会看起来跑 ...

就是原子间作用很弱，NVT系综，那结果能拿来做进一步分析么？得到平衡后的体系体积还能说是原来的设定值V么？

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-5 16:56:09

huangyoyo 发表于 2019-7-5 14:33
就是原子间作用很弱，NVT系综，那结果能拿来做进一步分析么？得到平衡后的体系体积还能说是原来的设定值V ...

NVT代表体积不变，显然最后的体积就是一开始你设的体积
如果现象正常，该怎么分析怎么分析，如果出现了不期望的自发解离，调节力场参数

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