请教md出现Writing checkpoint的问题该如何解决

qianbao · 发表于 Post on 2021-5-25 14:08:40

老师好，我在用gromacs运算真空下的md时，出现了如下的问题Writing checkpoint, step 8411 at Tue May 25 13:31:39 2021

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-25 19:55:55

每隔一定时间自动保存一次checkpoint文件（.cpt），没任何异常

qianbao · 发表于 Post on 2021-5-26 09:50:59

sobereva 发表于 2021-5-25 19:55
每隔一定时间自动保存一次checkpoint文件（.cpt），没任何异常

1.请问老师，我在之前做的时候，并没有出现这个情况，是因为我更改了sge中的“gmx mdrun -nt $NSLOTS -deffnm md_nopbc”为“gmx mdrun -nt 1 -deffnm md_nopbc”吗？
因为如果不更改的话，服务器没有计算、直接down掉，会出现这样的提示：Domain decomposition does not work with nstlist=0
2. 采用真空模拟时，是否可以不跑npt、不考虑压力耦合呢？
如果是的话，是否是因为pbc=no的原因呢？
谢谢老师！

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-27 00:36:28

qianbao 发表于 2021-5-26 09:50
1.请问老师，我在之前做的时候，并没有出现这个情况，是因为我更改了sge中的“gmx mdrun -nt $NSLOTS -de ...

1 任务提交系统的事我不清楚

2 真空本来就不能用控压，否则盒子都自发没了

都说了当前根本没有异常

qianbao · 发表于 Post on 2021-6-15 15:24:05

本帖最后由 qianbao 于 2021-6-15 15:37 编辑

md成品模拟后得到的gro和xtc文件加载后体系疑似不合理
成品模拟前的gro文件为minim-group.gro
成品模拟后的gro文件为md_nopbc.gro
xtc文件过大，无法上传
1、该构型是否在真空模拟的合理范围内呢？（因为它在盒子外？）
2、如果成品模拟后的结果错误的话，是否因为mdp中不考虑pbc（pbc = no）的设置呢？

3、真空模拟下，是否可以能量最小化之后直接进行MD呢？是否可以去掉nvt步骤？

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