计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 15271|回复 Reply: 7
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[VMD] 求助:VMD如何分析氢键占有率

[复制链接 Copy URL]

42

帖子

0

威望

163

eV
积分
205

Level 3 能力者

我想选出单独的残基对之间的氢键的占有率
不知道如何利用VMD设置
比如129O:163N 或者163O:129N

202105271445016906..png (32.07 KB, 下载次数 Times of downloads: 32)

202105271445016906..png

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2021-5-28 03:38:14 | 只看该作者 Only view this author
自己写脚本,对特定的两个残基间measure hbond,循环不同的时间区段,根据里面存在氢键的帧数除以区段的总帧数得到这个区段的氢键占有率。不写脚本无法实现
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

42

帖子

0

威望

163

eV
积分
205

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-6 19:30:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-28 03:38
自己写脚本,对特定的两个残基间measure hbond,循环不同的时间区段,根据里面存在氢键的帧数除以区段的总 ...

sob老师,有没有一些脚本的范例,我想照着模仿模仿,新手还不会写写脚本

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2021-7-7 08:43:07 | 只看该作者 Only view this author
把VMD user guide里的脚本编写介绍和例子看了

北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)里对VMD tcl脚本编写有深入全面系统的介绍并给出大量例子
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

42

帖子

0

威望

163

eV
积分
205

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-7 16:38:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-7 08:43
把VMD user guide里的脚本编写介绍和例子看了

北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci. ...

谢谢sob老师

42

帖子

0

威望

163

eV
积分
205

Level 3 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-31 23:18:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-7 08:43
把VMD user guide里的脚本编写介绍和例子看了

北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci. ...

sob老师,这个氢键占有率的值大概在什么范围,才算是存在氢键

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2021-8-1 05:45:04 | 只看该作者 Only view this author
xking 发表于 2021-7-31 23:18
sob老师,这个氢键占有率的值大概在什么范围,才算是存在氢键

没有一刀切的标准,只不过体现氢键的稳定程度,阈值自己说了算。
但起码应该>75%才算氢键较稳定
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

42

帖子

0

威望

163

eV
积分
205

Level 3 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-1 08:45:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-8-1 05:45
没有一刀切的标准,只不过体现氢键的稳定程度,阈值自己说了算。
但起码应该>75%才算氢键较稳定

多谢老师指导

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-23 02:47 , Processed in 0.193362 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list