公社群聊Q&A整理：2015.12.05 13 ~ 2015.12.08 18

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2015-12-8 20:07:43

相关概况请阅读：http://bbs.keinsci.com/thread-2022-1-1.html

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2015.12.05 13:33:48
Q:
请教，multiwfn只能改有关平面结构的轨道占据数，现在我想对非平面结构手工改轨道的占据数，请问谁知道从fch文件中怎么手工设置？
A:
- * / 主功能6的选项26
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2015.12.05 13:35:41
Q:
研究成键类型也应该看那些帖子呢？求老师推荐，学习一下。
A:
AIM键临界点处电子密度拉普拉斯值符号判断相互作用类型失败原因的图形分析
http://sobereva.com/161
电子定域性的图形分析
http://sobereva.com/63
此文5.2节
Multiwfn波函数分析程序的意义、功能与用途
http://sobereva.com/184
Q:
收到，谢谢老师
[图片]LOL图，怎么通过这个图分析Pb和周围的原子的成键类型啊
拉普拉斯键级的数值可以说明成键的特性吗
A:
有一定共价成份，C冲着Pb有一定黄色区域，说明和Pb有电子共享倾向
拉普拉斯键级不适合Pd这样的重原子
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2015.12.05 17:57:23
Q:
请问，这样的图是怎么得到的？[图片]Electron density difference plots for the lowest energy singlet excitation (S0 → S1)，During the electronic transition, the electron density increases in the
blue areas and decreases in the red areas. Hydrogen atoms omitted for clarity.
这个软件是什么？chemcraft??
用这个软件就能得到跃迁的电子密度差？
我看看，谢谢！不懂了再问！[表情]
A:
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
Multiwfn是最好的最方便的绘制密度差的工具，没有之一
比chemcraft方便得多快得多
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2015.12.05 17:59:22
Q:
http://arxiv.org.sci-hub.io/abs/1511.09201
这个我试过很多遍了，打不开
求文献
A:
真是屡教不改！昨天刚求完sci-hub.io能下的文献今天又求，按照群规踢出！
已经踢了！
把群主的警告当耳旁风
Q:
额。。。老师，我刚刚真的试了好多遍，没遇到过刚刚的情况，求原谅
A:
我说的是“真想”，不是说你。
昨天求sci-hub.io能下的，刚警告完，刚过一天又重犯，真是忍无可忍
Q:
[图片]谢谢
A:
目前累积共有三人因两次求sci-hub.io能下的文献被踢了
Q:
无期徒刑吗？
A:
起码进入黑名单3个月吧
Q:
学习群规了[表情]
[表情]以后再犯，罚抄写群规二十遍
/偷笑以后再犯，罚抄写群规二十遍
A:
恩，入黑名单后，若想重新入群，手抄20遍群规，把相片发给我，方可通过
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2015.12.05 18:22:51
Q:
老师，我们这边只有gaussian有版权，但是又想算Phosphorus 在液体中的剥离（脱落），我看大多文献用的VASP软件中的PBE，gaussian中也有PBE，那么想用gaussian中的PBE算差距大不大 @Elaine
A:
高斯没问题
只要不是周期性体系都算得妥妥的，且比VASP更强大
Q:
老师，网上有人说因为不同软件对于周期性边界条件支持不同,[图片]我要算的Black Phosphorus是如上图的结构，到底算不算周期性的我越看越糊涂，那么要用PBE泛函，用GAUSSIAN 好还是MS好 [表情]
A:
算
Q:
那么也就是说gaussian来描述不太好了？用MS的castep的PBE才最好？用gaussian算出来可否接受？（只有gaussian版权）
A:
不是谁的PBE的问题，哪个程序的PBE都一样，高斯不适合算周期性体系而已
Q:
好的老师，我去跟老板汇报，看他能不能找到有MS版权的合作者
A:
没钱就用免费的quantum espresso
[图片]
Q:
咱的贴吧里有这个软件么
A:
[图片]
哪来的什么贴吧
Q:
是咱的计算化学公社，不好意思，说贴吧说惯了
盗版的就行http://www.sdbeta.com/xiazai/2015/0108/26384.html 做出来了发文章时再说@天堂鸟
用HSE最好，[表情]
HSE是什么
比PBE精确
A:
太贵
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2015.12.05 18:25:30
A:
群规更新了，被踢出后3个月内还想加入需要手抄群规5遍
Q:
刀子嘴豆腐心了又....
A:
5遍相当于近1万字
Q:
20遍绑5支笔要抄4遍
5遍只需要抄一遍哈哈哈哈
A:
群主也不傻，一模一样的能看出来
Q:
噗哈哈哈哈哈哈哈
老师，现在有复写纸还有软件可以模仿手写不同字体为防造假建议录手写的视频
我觉得这个群规改得合适，既满足了罪犯们的继续学习求知欲望，又让他们得到了小小的惩罚，但是我觉得得补一条，每天一遍这一周教完，不然科研怎么进行？您说呢老师@Sobereva
A:
唉，又有人同时在群里和计算化学公社论坛问同一个问题
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2015.12.05 18:36:47
Q:
sob老师，我使用的是amber12，想使用最新的ambertools里面的cpptraj，是否可以单独下载ambertools15解压安装？会不会影响amber12的使用？
A:
目录不一样就不会影响
AMBERHOME环境变量到时候得变一下，用ambertools15的时候指向15的目录
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2015.12.05 18:43:43
Q:
老师，可否把每次Multiwfn更新的内容汇总一下呢？正式的3.3.8添加了什么内容？
A:
主页上都写着
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2015.12.05 19:14:38
Q:
请问有没有哪位老师知道怎么用DFT-D3计算色散力？
我找不到它的教程
A:
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
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2015.12.05 19:55:12
Q:
MP2，CCSD，HF，哪一种不能方法不能定性正确的描述两个苯分子之间的相互作用能？是不是ＣＣＳＤ啊？
A:
HF当然不能
MP2描述不好
CCSD也不咋地
看此文
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
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2015.12.05 19:59:24
Q:
[url=home.php?mod=space&uid=1]@sobereva[/url] 老师，您论文里这个图是怎么画出来的啊？
A:
http://sobereva.com/196
Q:
这个帖子没提到如何将分子的两个片段画成两种颜色的啊，那帖子是静电势如何画的，那部分已经画好了。
A:
定量分子表面分析功能后处理菜单有选项可以分析指定原子构成的片段对应的局部表面，把局部表面对应的顶点导出来放到VMD里绘制即可。
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2015.12.05 21:31:09
Q:
大家好，我想用g09A 结合multiwfn软件计算分析氢键。近年来很多人基于B3LYP-D3/aug-cc-VTZ水平进行计算，但是我们实验室只买了G09.A版本。想请问一下有没有相对较好的替代方法和基组，谢谢啊！
从09A到09D是不需要花钱么？
A:
m062X、wB97XD
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2015.12.05 21:31:09
Q:
Laplacian bond 越小极性越大么?
A:
大小和强度、极性都有关系。强度越小、极性越大，数值越小
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2015.12.05 21:31:09
Q:
这个不知道哦，主要是dmol3没版权，想用它做动力学，最后找个免费的相似的引用，虽然不妥，但是也没办法。直接引用dmol3可能会有问题吧
这个不好找哦
ambertool？这个可以做和dmol3同样的动力学吗
我对这个不清楚哦
ambertool刚才查了下和dmol3不一样
如果用dmol3只是做了一个简单的动力学模拟，只是全文工作的一个很小的部分，不知道是否可以直接引用，没有版权的话。
我是做团簇结构的模拟
从头MD，它们可能做不了
它们的基组还想不太一样，如dmol3里面的DND基组，cp2k里面的基组没有好像
cpmd不行，这是平面波的，其实就是感觉dmol3用的方便。
但是找不到合适的免费软件引用
A:
基函数上没有相似的。做AIMD用高斯就可以
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2015.12.05 21:58:19
Q:
老师，你说的定量分子表面分析功能，就是9那个功能吧？就我定义片段画柱状图那个功能？谢谢
A:
柱状图的数据是用选项9输出，局部表面顶点的pdb文件是用12输出
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2015.12.05 22:07:35
Q:
请问各位大师，有没有会做关于铂配合物派派堆积的呢？不知道用哪种软件能做铂配合物两分子之间的距离，求指教。谢谢。
A:
高斯
Q:
谢谢老师，我用高斯B3LYP优化两分子的铂配合物和实验中给的距离不一致，请问Sob老师可以使用哪种方法呢？谢谢啦
A:
B3LYP根本不能描述pi-pi堆积
得加色散校正
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
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2015.12.05 22:17:05
Q:
什么时候能出pm8 啊？
A:
再过几年吧，短期内没指望
Q:
记得你之前有反应pm7优化两个分子错的问题
A:
用PM6-D3H4
一般情况这不是什么大问题
PM7、PM6-DH+半经验方法在优化碱基对儿时的失败
http://sobereva.com/217
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2015.12.05 22:45:34
Q:
[图片]文献中的一句话，请问老师计算出来Mulliken电荷怎么就可以分析电荷转移了啊
A:
比较两个状态电荷差值
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2015.12.05 22:48:58
Q:
/晕请教各位，投稿title里有个单词首字母没有大写，问题严重吗？
A:
排版时候编辑会自动给你改的
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2015.12.05 22:50:42
Q:
请问在纯文本中的能量和强度信息怎么绘制成吸收谱啊？
我的数据是这样的
[图片]
A:
记得回答过啊
Q:
我看了还是不懂
A:
怎么不懂？
Q:
单位不一样读进去显示不出来图
因为红外拉曼那些强度要有具体的单位我只有上面那些信息
A:
有这些信息就够了！
Q:
老师再提示一下比较笨谢谢啊
A:
[图片]
手册写得很清楚了，写成这种格式，能量用eV，UV-Vis谱的振子强度本身就没单位
Q:
我这样输入[图片]，然后进入11，进入uv-vis直接弹出去了
A:
激发能怎么才这么小？什么体系？
Q:
ABX3
A:
设么玩意？
文件直接传上来
载入完全没问题，若有问题是Multiwfn版本太老之类
Q:
就是在老师您那显示没问题啊？
A:
[图片]
[图片]
Multiwfn 3.3.8版
Q:
我是3.3.7版
A:
用3.3.8
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2015.12.05 22:56:50
Q:
老师，我发的电荷的图是研究吸附汞单质的，那么吸附之前汞不带电荷，吸附之后直接看Mulliken电荷的数值就是Hg原子的电荷转移了吗？还用看看其他原子的电荷转移吗？
A:
是
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2015.12.05 23:00:54
Q:
请教sob老师 Hg与有机物螯合的体系用什么泛函和基组合适？有必要考虑相对论效应吗？
A:
至少标量相对论是得考虑到
B3LYP，Hg用SDD，有机物用6-31G*或者更好的TZVP
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2015.12.05 23:05:19
Q:
除了B3LYP泛函+SDD来描述Hg之外能用更好的泛函吗？
A:
泛函要提升就只能双杂化了
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2015.12.06 14:01:37
Q:
想请教一下250个原子左右的体系吸收光谱用什么程序算比较好
A:
ORCA里TDDFT都算不动的话就用grimme的sTDA方法
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2015.12.06 14:01:37
Q:
sob老师，我mac升级到最新的Capitan系统后openmotif装不了了，说不兼容，我下的是最新的openmotif-compat-2.1.32_IST.macosx10.5.dmg，openmotif官网上说不会再更新mac版了，有办法吗
我现在用homebrew装了个更新版的openmotif
https://gist.github.com/steakknife/60a39a32ae84e12238a2
它装在/usr/local/Cellar/openmotif/2.3.4
但打开Multiwfn显示dyld: Library not loaded: /usr/OpenMotif-2.1.32-22i/lib/libXm.3.dylib
怎么让Multiwfn去安装的地方找呢
A:
不知道，我恨Mac
----------------------------------------------------
2015.12.06 14:01:37
Q:
[图片]请问有谁知道HOMO到LUMO跃迁是负值，是怎么一回事
A:
电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.com/230
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2015.12.06 14:24:29
Q:
请问老师，如果对Co用LanL2DZ，因为机器配置算不动，用什么基组替代比较合适，谢谢
A:
把体系的化学组成列出来
Lanl2DZ几乎没法降了
Q:
稍等
稍等
C -2.62483800 1.37552500 -0.00129300
C -2.81234200 -0.93228400 -0.00081200
C 0.93240100 -2.81288400 -0.00145900
C -1.37561000 -2.62498500 -0.00080300
C -2.70878300 -3.22042400 0.00122400
C -3.61653400 -2.15106600 0.00121000
C -0.93236300 2.81289200 -0.00031900
C 1.37569700 2.62523400 0.00008800
C 2.70886700 3.22095500 0.00168400
C 3.61666500 2.15153200 0.00086100
C 2.81293500 0.93243200 -0.00102800
C 2.62539600 -1.37574400 -0.0
0183600
Co -0.00023900 0.00022300 -0.00166800
C 2.15139500 -3.61665100 -0.00152000
C 3.22087400 -2.70895100 -0.00181600
N 1.24943000 -1.47092400 -0.00136900
N 1.47083800 1.24964700 -0.00156500
N 3.35693900 -0.27345100 -0.00151700
N -0.27357900 -3.35656100 -0.00105800
N -1.47096000 -1.24889900 -0.00177100
N -1.24944600 1.47068400 -0.00030300
N -3.35613300 0.27317600 -0.00121500
N 0.27344200 3.35673400 0.00038000
C -3.22088800 2.70850300 -0.00174900
C -2.15159700 3.61636500 -0.00103900
C -3.13804000 -4.53984600 0.00324400
C -4.98799100 -2.36029500 0.00311700
C -4.53025600 -4.76263800 0.00533800
C -5.43391200 -3.69795200 0.00526500
C -4.54027700 3.13758500 -0.00230100
C -2.36073800 4.98778900 -0.00090000
C -4.76301700 4.52987200 -0.00230200
C -3.69838600 5.43375000 -0.00157400
C 3.13825700 4.54033600 0.00389800
C 4.98815000 2.36051700 0.0
0216200
C 5.43423800 3.69815800 0.00444200
C 4.53058100 4.76281400 0.00528900
C 2.36019300 -4.98818700 -0.00096100
C 4.54013500 -3.13839100 -0.00161100
C 4.76259200 -4.53073500 -0.00113900
C 3.69776300 -5.43440400 -0.00080600
H 5.78050900 -4.90636700 -0.00102300
H 5.36573000 -2.43511200 -0.00164100
H 1.53183900 -5.68815800 -0.00048100
H 5.68823100 1.53225000 0.00158000
H 4.90613000 5.78076200 0.00712600
H 2.43492400 5.365880
00 0.00465900
H -1.53253100 5.68793100 -0.00012800
H -5.36569800 2.43410400 -0.00261000
H -5.78101500 4.90527700 -0.00287700
H -5.68816800 -1.53213500 0.00309400
H -4.90565100 -5.78062900 0.00707200
H -2.43445200 -5.36517000 0.00330300
C -7.20943600 -5.44295300 0.09391700
C -8.38970000 -5.98211800 -0.43471000
C -6.28737000 -6.29644500 0.71543800
C -8.64160600 -7.34538300 -0.33697500
H -9.11199000 -5.32364400 -0.90023900
C -6.53103900 -7.67087600 0.77523800
H -5.65028200 -5.92129600 1.50275500
C -7.68245300 -8.17621300 0.20601600
H -9.57539800 -7.74874400 -0.70619100
H -5.88170100 -8.34746600 1.31853200
S -7.88613000 -9.99987400 0.27318400
O -8.04087100 -10.68416200 -1.
600 0.42520900
H 7.30626600 -9.33620200 -1.61109100
H 7.57712300 -7.96240400 2.42200400
S 9.11164500 -9.55043600 0.61198400
O 9.75336700 -9.72496200 -0.81931800
O 9.88916100 -8.84706100 1.79270500
O 8.44825100 -11.07226500 1.15643400
H 9.21179000 -11.70784400 1.31165600
C 7.42267500 5.11668700 0.15131500
C 8.13205300 5.62964900 -0.93208100
C 7.34241000 5.77937300 1.37653500
C 8.79002300 6.85031800 -0.78170200
H 8.16661100 5.07926700 -1.86215700
C 8.00158300 6.99939000 1.51853200
H 6.79338700 5.34489300 2.20147600
C 8.71330600 7.49484700 0.44001800
H 9.33430100 7.31204800 -1.59669900
H 7.96056100 7.57225300 2.43709600
S 9.54760800 9.11213200 0.63038500
O 9.72248500 9.75654200 -0.7
9967700
O 8.84329500 9.88715800 1.81217200
O 11.06945400 8.44847100 1.17442100
H 11.70452600 9.21202600 1.33162300
C -5.11789400 7.42165800 0.14099400
C -5.62988000 8.12835900 -0.94458400
C -5.78219700 7.34340800 1.36545800
C -6.85128800 8.78568300 -0.79726200
H -5.07822200 8.16149300 -1.87395600
C -7.00294300 8.00188300 1.50439400
H -5.34836100 6.79647800 2.19212700
C -7.49748900 8.71093500 0.42369100
H -7.31225200 9.327955
00 -1.61403100
H -7.57703600 7.96232600 2.42225000
S -9.11579000 9.54414400 0.61007800
O -9.75845000 9.71545800 -0.82120200
O -9.89182400 8.84143300 1.79216900
O -8.45433900 11.06770100 1.15193000
H -9.21867500 11.70244300 1.30666300
O 3.84317500 -6.79805400 -0.02144000
O 6.79787800 3.84375700 -0.01532800
O -3.84425700 6.79734100 -0.02244100
接近200个原子，一下子列不出来
A:
简直就是刷屏
给出个化学组成就完了，给出坐标何用？
字号还那么大
群规规定字号不得超过12号
----------------------------------------------------
2015.12.06 19:39:25
Q:
请问各位老师，on-the-fly的意思是？比如某某的导数are calculated 'on-the-fly'
谢谢追梦老师，这个有点第一性的意思？
A:
就是不是势能面事先拟合好，而是跑到哪个点计算哪个点的受力
----------------------------------------------------
2015.12.06 19:40:03
Q:
terachem好像能计算的东西很少呀！而且精度还不是特别精确的。sob老师以前写过一篇文章介绍的。
现在通用gpu的精度好像有限，是单双精度混用的。
A:
首个完全基于GPU的量化软件-TeraChem杂谈及真实性能测试
http://sobereva.com/137
terachem没什么市场，又要钱，速度又不比orca开RI有优势，功能又很寒酸
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2015.12.06 19:43:25
Q:
GAMESS 这个软件算周期性材料怎么样
A:
没法算周期性
----------------------------------------------------
2015.12.06 19:43:25
Q:
谢谢老师，请问那个程序支持这种sTDA算激发态的方法呢
A:
http://www.thch.uni-bonn.de/tc/index.php?section=downloads&subsection=sTDA&lang=english
----------------------------------------------------
2015.12.06 20:46:18
Q:
老师请问下 Gromacs里面的 g_desity 得出的数密度单位应该是什么 O(∩_∩)O谢谢
A:
这里提到了单位
Gromacs的g_spatial产生的格点文件分析工具gmxgrid v1.2
http://sobereva.com/38
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2015.12.06 22:22:23
Q:
听说维基百科中英文全被封了？
A:
英文没封啊
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2015.12.07 15:50:15
Q:
我做multwfn差分电荷例子应该出现这样的图[图片]
结果我的是
[图片]
大家看这个还要设置什么呢
A:
操作不对，仔细follow例子去做，示例文件都给了。
PS：那叫密度差图不叫差分电荷
----------------------------------------------------
2015.12.07 15:50:15
Q:
请问采用不同的高斯算法得到的HOMO和LUMO 会不同吗多谢
A:
当然会不同
----------------------------------------------------
2015.12.07 15:50:15
Q:
今天忽然间想到一个问题，搞不太清楚了，想问问大家。在计算三重态的时候，用开壳层算法的很多。可是开壳层算法是有自旋污染的，为什么不用限制性开壳层算法呢？而且我总觉得限制性开壳层算法的描述更符合实际情况。
A:
很多情况自旋污染本身就是应该的，不要总把它当成贬义词。
限制性开壳层难收敛速度慢而且自旋密度不合理，而且没法描述双自由基
----------------------------------------------------
2015.12.07 15:50:15
Q:
请问，我想用高斯和materio studio并行使用CPU计算可以实现吗？
请教我用高斯探究反应机理，找寻过渡态，现在工作进展了一半，需要换用别的服务器，会影响计算结果（能量、几何构型等）吗？@Sobereva
A:
高斯版本严格一样就行
----------------------------------------------------
2015.12.07 15:51:10
Q:
今天忽然间想到一个问题，搞不太清楚了，想问问大家。在计算三重态的时候，用开壳层算法的很多。可是开壳层算法是有自旋污染的，为什么不用限制性开壳层算法呢？而且我总觉得限制性开壳层算法的描述更符合实际情况。
也就是说，限制性开壳层计算的误差更大？
总总恶心特征？能否举例说一下
，总总恶心特征？能否举例说一下？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.12.07 15:54:07
Q:
[图片]
这是一个力场参数文件的原子类型说明。
请问， 0.360 指的是什么？
A:
原子极化率
----------------------------------------------------
2015.12.07 15:54:19
Q:
老师，体系里有As原子，用拉普拉斯键级分析可以么？还是用其他的键级分析？
A:
用其它的
As太重
----------------------------------------------------
2015.12.07 15:55:29
Q:
opt=modredundant 扫描键长遇到内坐标错误，怎么办？ cartesian 不能与modredundant 一起用。
A:
你这问题都问了四遍了，昨天别人都给你回了
禁止反复at
Q:
额，没有看见您的回答啊
A:
我没有其它意见
不是所有问题我都一定会回答的
----------------------------------------------------
2015.12.07 16:07:01
Q:
请教一个软件怎么用，使用VMD做原子的散布图，谢谢。 [图片]
A:
[图片]
这里填上帧号范围，就可以把这些帧同时显示出来，显示方式选point
Q:
你好能再发一次图片吗，没有接收成功。
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.12.07 16:09:04
Q:
请问canonical molecular orbitals 和我们常说的molecular orbitals 是一个概念么？
A:
是
----------------------------------------------------
2015.12.07 16:11:36
Q:
老师这种描述准确么？
[图片]
分子轨道说成电子密度
A:
当然不准确
Q:
是不是这篇文章应该把电子密度去掉
我读起来怪怪的
A:
是
----------------------------------------------------
2015.12.07 16:13:04
Q:
gamess主页上有预编译的版本，这个有人使用过吗？还是都是下的源程序然后自己编译？
A:
一般都是自己编译
windows预编译版不怎么好用
----------------------------------------------------
2015.12.07 16:15:31
Q:
请问，tetrel bond是什么
有没有中文名字？
A:
名词越少越好
就是个局部lewis酸碱相互作用，搞什么那么多名词
----------------------------------------------------
2015.12.07 16:28:20
Q:
其实有时有被研究的H-H作用的本质是什么？
A:
指二氢键？
Q:
是啊，二氢键。觉得有点不可思议。如果说两个大半径鲁肃原子之间存在卤键，那就很正常。
A:
二氢键也是正负电荷相互作用
[图片]
Q:
正氢与负氢的作用。
那就正常了。
量化计算上怎么把一个电子放在某个特定位置？
”具有不能的能量值“？
A:
做不到放到特定位置
虽然用鬼原子+CDFT或许能做到，但估计很难收敛
Li2倒是勉强属于Li+ e Li+体系，中间有个赝原子。
----------------------------------------------------
2015.12.07 16:28:48
Q:
我想问一下，不同k点电子在能带上的占据是不同的怎么理解？
求用vasp固体物理方面的高手回答
A:
字号小点，最大不得超过12号，群规里有规定
----------------------------------------------------
2015.12.07 17:02:34
Q:
[图片]咨询各位前辈一个优化问题：上面是我的分子结构式我在优化的时候用混合基组，P O 6-31G** Pd W LAN2DZ但是每次耗时太大且多不收敛，我采取过STO3g等小基组来描叙 P O ，但是耗时是个大问题，切经常性的不收敛，大家有什么好的方法能推荐下的吗？
A:
算不动就用orca开RI，都用def2SVP
Q:
老师，全用def2SVP 我知道，那个orca开RI是什么呢？orca好像是一个编辑器啊老师
A:
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
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2015.12.07 17:07:52
Q:
老师，下面我算的反应复合物的结构（元素C H O S），体系的自旋多重度为1（即O2为激发态），这时O2与表面的环氧官能团形成了类似臭氧的结构，我用的方法是m062x，但O3属于静态相关强的物质吧，用纯泛函计算更好吧？但我需要跟其他的类似反应（即体系中没有形成O3物种）做类比讨论能垒等，这怎么办呢？是都用纯泛函，都用M062X，还是含O3体系用纯泛函其他体系用M062X（方法不同算的反应能垒还有可比行吗），请老师指教！
A:
都用纯泛函，可以带上色散校正，还能改善点势垒
或者用M06L，这样静态相关和势垒都不错
Q:
哦，您建议都用M06L，这时还用加色散校正吗？M06L比M11L好吗，貌似后者更新些
A:
M11L不咋地
M06L就行了
色散校正加不加都行
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2015.12.07 17:15:45
Q:
Sob老师，文献中使用了LACVP**基组，是不是对非金属原子是6-31G**，而金属原子是lanl2dz？
已经看了帖子“LACVP这类方式命名的基组的含义”
[图片]
有这个LAV3P赝势基组吗？
A:
[图片]
Q:
看到了，但EMSL中没有这个基组啊？
刚测了，g09也不识别LAV3P基组
请Sob老师在帖子中更正下呗/偷笑
A:
更正什么？本来就是对的
这是很恶心的基组命名方式，高斯和EMSL里不支持才是合理的，支持的话等于传播恶心
----------------------------------------------------
2015.12.07 17:18:12
Q:
还有，您帖子里下面这张图，向两侧都应该是rho增加吧？[图片]
A:
是
Q:
图上往氢键方向标注的是电子密度减少啊
A:
rho改成sign(lambda2)rho
Q:
位阻效应为什么电子还能聚集呢？是说正是由于电子的聚集产生的力才抵抗了位阻效应吗
A:
不是聚集，而是正好那部分电子密度比较大，因为原子挨得近
Q:
哦，那这个电子密度的较高跟氢键是不同的，前者纯粹是由于原子空间距离比较近导致的，而后者的相关原子间存在明显的吸引作用，是这样吗？
A:
氢键实际上也是因为作用强导致距离近，才导致交叠区域密度大，并非像共价键那样电子往中间聚集。若强行把氢键拉到范德华作用的距离，密度还是很小的。
Q:
但是我觉得位阻效应体现的是原子之间的斥力吧，就是因为有其他力的抵抗（如环中相邻原子共价键的合力）才使得原子比较近的相邻，否则就散花了；但氢键体系的是纯吸引作用。不知道理解的是否正确？
A:
有位阻作用区域是因为其它位置有更强的吸引作用而抗衡了位阻的互斥
氢键是纯吸引（只要距离>=极小点）
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2015.12.07 17:35:42
Q:
量子里的adiabatic 和热力学里的adiabatic能不能建立联系？
A:
sob儿时胡写的
[图片]
[图片]
----------------------------------------------------
2015.12.07 18:28:00
Q:
[图片]这排序。。。
A:
肯定是没文化的人弄的
360、百度之流都不配和google、wiki放在一起
乡土味
会用百度的人肯定会用google，但可惜不一定会翻wall
Q:
[图片]
好了
A:
[表情]
百度有个10px位置就对得起它了
百度之流就搜搜八卦在行
----------------------------------------------------
2015.12.07 20:03:42
Q:
[图片]请问一下，我模拟一个BN膜，在模拟的过程中B,N原子都是freeze的（B,N电荷分别为0.4e和-0.4e）。为什么会出现上述现象呢？？@Sobereva
A:
freeze位置不可能动啊
Q:
恩
是的，我的拓扑文件也很简单，就是每个原子的序号，不存在bond,angle,dihedral的信息
这个是进行steep的郭成出现的
A:
都freeze了何故做最小化？
----------------------------------------------------
2015.12.07 20:21:34
Q:
sob老师，我用multiwfn导出了几根分子轨道并合并到一个cube里，为什么VMD中的 coloring method 里没有 isosurface？
A:
drawing method
----------------------------------------------------
2015.12.07 20:26:00
Q:
老师，我想问一下QST2寻找过渡态中，要输入反应物A+B与产物C，那么这个A+B是A与B形成的中间体呢，还是A、B的单独结构呢？
A:
不是中间体，而是复合物
Q:
A与B形成的复合物？就是把A的结构摆在B的旁边优化一下，再同产物C一起用QST2找过渡态？
A:
y
Q:
那么A摆在B的什么位置有讲究么？比如这个复合物优化的不好，会影响到找过渡态的成功与否？
A:
会
摆成最接近过渡态，最可能发生反应的朝向
----------------------------------------------------
2015.12.07 20:37:34
Q:
不要吗？直接NPT体系会崩溃@Sobereva
A:
NVT嘛
最小化时候跑得乱七八糟肯定拓扑文件和力场参数也有毛病
Q:
哦，Sob老师的意思，先跑个NVT，在跑个NPT
A:
一直NVT就完了。如果确实要跑NPT，那freeze有时候会不兼容而出现奇怪的问题
----------------------------------------------------
2015.12.07 21:08:57
Q:
[图片]跪求请教NTO后面的LE, CT, HLCT是怎么区分的，如果只按电子云看好像很不好分辨
A:
图解电子激发的分类
http://sobereva.com/284
Q:
谢谢 ,我先看看，再请教
老师，这种情况，[图片]有没有规定说转移到什么程度可以忽略归属为LE
A:
本来就是人为划分的，模棱两可的时候公说公有理婆说婆有理
CT和LE没有具体界限，只是CT程度大小的问题
Multiwfn里有大量指标衡量CT程度，看手册4.18.1、4.18.3节的例子
[图片]
[图片]
----------------------------------------------------
2015.12.07 21:49:30
Q:
老师，比如一个自由基，[图片]，如何知道这个孤对电子分布在氧上，而不是中心的碳上？
A:
你是问单电子还是孤对电子分布？
Q:
就是这个乙酰丙酮烯醇式分子受激发后，可以生成自由基，我怎么判断生成什么自由基
A:
看自旋密度图
Q:
这个自由基单电子的分布呢
A:
Sobereva(190258442) 21:53:52
看自旋密度图
Q:
老师能具体点么？用multiwfn怎么分析啊
A:
主功能5绘制等值面，函数选择spin density
手册4.5节有一大堆绘制等值面的例子
[图片]
Q:
[图片]做出来怎么说明呢
老师
A:
单电子主要分布在两个氧和C1上
如果要获得自旋布居来定量考察，看手册4.A.2节
Q:
那就说明这个单电子标在氧上不准备了？
A:
显然是臆测的
----------------------------------------------------
2015.12.07 22:25:40
Q:
请教：水分子解离吸附在二氧化钛表面，解离为OH+H
那个吸附能公式应该怎样计算？
即：水分子吸附的时候，binding energy公式为
E=E(H2O+Sub)-E(sub)-E(H2O)
那么解离吸附的时候，公式是一样的，还是
E=E(HOH+Sub)-E(sub)-E(H)-E(OH)
还是？谢谢！
A:
后者
Q:
谢谢Sob老师！
此外，E(H)理解为H原子的单原子能量，E(OH)是不是同理在一个大晶胞中，放入OH，优化后的能量？
A:
我看错了，公式还是第一个
解离这事已经体现在E(HOH+Sub)里面了
----------------------------------------------------
2015.12.07 23:19:20
Q:
请问一个问题，amber这样的MD程序，在MD过程中，对原子电荷进行实时更新吗？
A:
否
那种是浮动电荷力场
----------------------------------------------------
2015.12.08 02:03:24
Q:
请教sob老师 gaussian有CAS-DFT的功能吗？
A:
没有
----------------------------------------------------
2015.12.08 15:32:54
Q:
请教各位老师，热力学量的校正因子在什么地方能够查到？
A:
谈谈谐振频率校正因子
http://sobereva.com/22
----------------------------------------------------
2015.12.08 15:32:54
Q:
[图片]老师跟您请教一下，静电势最小值的原因解释为pai电子云不知是否准确。
A:
就是因为pi电子
----------------------------------------------------
2015.12.08 15:32:54
Q:
请问这个大神，怎样对一个整体进行能量分解，分解为相互作用能和变形能
A:
单体在复合物里结构算单点能，和单体自身优化后算单点能，差值就是变形能
----------------------------------------------------
2015.12.08 15:32:54
Q:
求助一下 [图片]，我计算的拉曼修正时候是不是应该用第二个，但是我发现低频段用第一个比较准，高频用第三个比较准。还有就是Method的R和D有什么区别。整了好久越整越迷了
A:
频率校正用fundamentals那一列
细节看原文
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2015.12.08 15:32:54
Q:
请问vdW力里那三个，色散力诱导力取向力，一般而言强弱是怎么排序的？
我记得色散力是最强的来着，比别的俩强得多
不过给另一个小伙伴提起的时候她说取向力是最强的，色散力最弱……
A:
量化角度vdW作用根本就不是这么分的，这么分的都是中学课本上谬传
----------------------------------------------------
2015.12.08 15:32:54
Q:
老师，什么样的泛函适合计算激发态和基态的偶极矩呢？
A:
还是看体系而定。这都写了
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265
Q:
谢谢老师
----------------------------------------------------
2015.12.08 15:32:55
Q:
请教一下啊，就是对于氢键的描述，是不是PBE不太好啊？PW91呢，还有更好的泛函么？
有没有推荐的帖子啊？对氢键的描述的啊？
泛函
A:
定量精度都不理想，看此文
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
最简单就是加个色散校正改进立竿见影
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2015.12.08 15:32:55
Q:
amber力场parm10.dat 中，定义[图片]，但是它的修改文件frcmod.ff12SB中，又定义了[图片]
这会不会引起冲突？
amber中有一个问题，
对于键伸缩项，它没有指定键级，同一对原子，单键和双键的力常数肯定不一样吧。
高斯手册中讲了这么一个问题[图片]
CM-CM 就有两种类型
一种是双键，一种单键
但amber的力场文件就只有一项
CM-CM 549.0 1.350
这样的话，如果用amber力场，那会把双键当成单键处理，岂不是错大了？
请问一下，大家做出成果来了，老师有什么奖励吗？
我有一个直觉，在QMMM模型下做势能面扫描，还不如用Mopac中的PM7半经验量化方法做势能面扫描。
请问，高斯里面的原子类型索引表在哪个文件里呀？
[图片]请问一下，g09 目录下的这两个文件是什么关系？
A:
gaff不一定是那么定义的，可以用antechamber生成一个1,3丁二烯看看
amber98.prm那个是半成品，没法直接用，要不然官方直接就支持了
----------------------------------------------------
2015.12.08 15:32:55
Q:
请教各位老师，在进行热力学量的计算时，是不是一定要加上对温度和压强的设置？
A:
计算必须得设，因为依赖它们，但程序都有默认值。
----------------------------------------------------
2015.12.08 15:32:55
Q:
老师在外加电场的NaCl溶液里面钠离子和氯离子的迁移率哪个更大谢谢
A:
Chan 不知道，但跑跑动力学模拟可以得知。
----------------------------------------------------
2015.12.08 15:34:23
Q:
老师，M06L算弱作用体系怎么样？
A:
不好
Q:
那体系又含弱作用，又有O3，是否要用M06L加色散就好了，还是有更好的选择？
A:
就这个
Q:
M06L EmpiricalDispersion=GD3是这样吗？M06L不能用GD3BJ吧？
A:
y
Q:
好，谢谢老师，还有一问，算自由基反应，那种泛函最好呢？
A:
没有什么特殊的
M062X一般就不错
----------------------------------------------------
2015.12.08 15:47:17
Q:
amber98.prm那个是半成品，没法直接用，要不然官方直接就支持了
=====================
谢谢，您的意思是，gaussian 调用的是 amber.prm?
A:
对
Q:
谢谢
[图片]
我用amber力场方法做优化，但我把g09目录下的amber.prm,amber98.prm都删除了，优化却正常进行结束。
[图片]
A:
amber.prm的参数是内置在程序里面的，而不是计算时从中读取
Q:
Missing atomic parameters for atom 379
是不是还要一个一个地将缺失的参数补进去？
A:
恩
----------------------------------------------------
2015.12.08 15:47:17
Q:
算价层TDDFT，M062X和PBE0也差不多吗？
A:
价层还是PBE0好
----------------------------------------------------
2015.12.08 15:47:17
Q:
sob老师，那在进行几何优化时不用设置温度和压强，只需要在进行频率分析设置吧？
A:
几何优化与此无关
----------------------------------------------------
2015.12.08 15:53:54
Q:
请问各位老师高斯09程序中振动分辨的电子光谱的纵坐标是什么呀？
A:
摩尔吸收系数
----------------------------------------------------
2015.12.08 16:04:50
Q:
错误提示error reading timestep， file does not match format
A:
[图片]
确认没选错
转成xtc再试
----------------------------------------------------
2015.12.08 16:16:08
Q:
Sobereva老师，我用您的sobMECP程序，运行runMECP.sh时出错
[user2 sobMECP1]$ bash ./runMECP.sh
./runMECP.sh: line 56: syntax error: unexpected end of file
试了dos2unix没有用，想问问您有没有什么解决办法，谢谢！
A:
不要同时在论坛问、又在群里问、又私聊！
----------------------------------------------------
2015.12.08 16:17:13
Q:
想请教一下我们在算td的时候可以考虑温度的影响吗
A:
不能
----------------------------------------------------
2015.12.08 16:17:13
Q:
老师，要做个同时含Mg、Al、Fe的氧化物体系的常规计算（基态的结构优化），泛函用M06还M062X？基组就用6-311G**可以吗？
A:
基组可以。用M06
----------------------------------------------------
2015.12.08 16:17:35
Q:
高斯中可以用SoftOnly关键字指定外部力场（并完全忽略内部的硬连接参数集），
# amber=SoftOnly
Read-in force field example
分子说明
请问，****.prm文件的格式和g09目录下的amber.prm格式一样就可以了吗？
A:
对
----------------------------------------------------
2015.12.08 16:29:31
Q:
Sob 明年gromacs 班大概收多少
A:
一千多一点点吧
Q:
良心价
学校要我去参加燕山石化培训，三天收6000多
A:
社会上很多培训都这么黑
----------------------------------------------------
2015.12.08 16:32:07
Q:
老师定啥时候了吗
培训
A:
预计明年5月
关注www.keinsci.com就行了
Q:
这回只是单纯的gromacs么？还是也有量化的部分
A:
分子动力学+gromacs
量化也一起讲一个礼拜都不够用
----------------------------------------------------
2015.12.08 16:48:52
Q:
我把amber.prm剪切到C盘根目录（win系统），更名为pp.prm。然后在输入文件里加上# opt amber=qeq geom=connectivity amber=SoftOnly 关键字
分子说明的尾部加上
运行
出错
Internal consistency failure #1 in ROv08.
A:
amber别写两处，qeq和softonly合一起写
----------------------------------------------------
2015.12.08 17:15:45
Q:
七彩虹 GTX Titan-6GD5 CH 质量怎么样？
最低报价：￥ 7999
A:
七彩虹还是算了，这么高价的东西，用个好点的牌子，尽管都是公版
Q:
哪个牌子比较好？
市场上也就7款GTX Titan Black
A:
技嘉
Q:
[图片]9000
OK，就这个了。
[图片]
390交火
[图片]
titan black
淘宝上1万就能买28核，可信吗
便宜3000多块，性能翻几番
[图片]
测试版的CPU
A:
买titan black是冲着CUDA+高性能FP64去的
Q:
做计算模拟的需要这么高的配置么？
也就是说，计算机最重要的就是显卡的配置了
A:
有一定风险，得先问清楚保修、退货问题，最好把淘宝旺旺对话截个图留个证据
----------------------------------------------------
2015.12.08 17:34:33
Q:
老师，算关于Cu的体系，输入文件中Cu 0
F 1 1.00
3.525 0.1000000000D+01
****
3.525后面那个值应该怎么写
不是，那是看的别的金属的输入文件
意思是这样写也可以吧
A:
你不都知道了
这都无所谓，程序自动归一化
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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2015.12.08 17:50:40
Q:
弱弱问下，啥叫价层tddft
不考虑里德堡的TDDFT？[表情]
A:
而且也不涉及核电子激发的
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2015.12.08 18:47:52
Q:
我就是按照您的那个意思做的，不过是在溶剂中做的做出来的E值和相互作用能变性能就不对，那我就想请教一下老师，能量分解是不是只能在气相中做？
A:
苏培峰的GKS-EDA方法专门考虑了溶剂下做能量分解
一般的都在气相下做
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[群聊Q&A整理] 公社群聊Q&A整理：2015.12.05 13 ~ 2015.12.08 18

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