调用Multiwfn计算分子间电荷转移积分的程序[测试版]

snljty · 发表于 Post on 2021-9-13 11:52:44

加了个功能，可以直接从包含dimer的Fock矩阵的NBO .47矩阵读dimer的Fock矩阵，这个比之前读Fock矩阵的方式更方便，也没有逆解Fock矩阵可能遇到的数值问题。对于Gaussian用户的使用方法上面已经提到，也可以用--help手册查看可执行程序或者看README.md里的说明。

zzffzz33 · 发表于 Post on 2021-10-24 20:56:56

snljty 发表于 2021-7-6 17:21
启动一个cmd.exe，在cmd.exe里面cd到文件所以目录，执行calc_coupling.exe，然后照常操作，然后麻烦把输 ...

非常抱歉老师。忘记回复您了，我用CMD指令打开可以正常算，就是直接点击软件运行一段后会闪退。不过是可以算了，非常感谢

zzffzz33 · 发表于 Post on 2021-10-25 11:14:52

请问下楼主，对于激子解离和复合的coupling能否实现？

pizaipizai@5989 · 发表于 Post on 2021-11-2 14:01:34

坐标不改变，在计算的时候怎么实现呢？我试过nosym和给坐标加$方法，程序都会自动把分子重新换个位置然后去scf

snljty · 发表于 Post on 2021-11-2 15:15:13

zzffzz33 发表于 2021-10-25 11:14
请问下楼主，对于激子解离和复合的coupling能否实现？

等我有时间看一下，可能至少得一年...

snljty · 发表于 Post on 2021-11-2 15:15:41

pizaipizai@5989 发表于 2021-11-2 14:01
坐标不改变，在计算的时候怎么实现呢？我试过nosym和给坐标加$方法，程序都会自动把分子重新换个位置然后去 ...

请问你用的软件是...?

pizaipizai@5989 · 发表于 Post on 2021-11-2 16:56:31

snljty 发表于 2021-11-2 15:15
请问你用的软件是...?

我用的orca，我同学跟我讲高斯可以nosym一下貌似就不会变坐标，不过我还没试，想着先来请教一下撸主怎么弄的

snljty · 发表于 Post on 2021-11-2 18:03:09

pizaipizai@5989 发表于 2021-11-2 16:56
我用的orca，我同学跟我讲高斯可以nosym一下貌似就不会变坐标，不过我还没试，想着先来请教一下撸主怎么 ...

我记得ORCA不会自己平移旋转坐标啊。两个monomer的任务把另外一个分子的坐标直接删去试试？

pizaipizai@5989 · 发表于 Post on 2021-11-2 21:40:58

snljty 发表于 2021-11-2 18:03
我记得ORCA不会自己平移旋转坐标啊。两个monomer的任务把另外一个分子的坐标直接删去试试？

我也很迷惑，我目前是这么解决的，比如用dimer算，dimer.inp是一套坐标，dimer.out又是一套坐标；然后算monomer的时候，再从dimer.inp里面把单体坐标抠出来，然后算完了观察一下monomer.out，发现跟dimer.out能对上。但还没有用撸主的程序算积分，我先把scf的bug给de了就去试

pizaipizai@5989 · 发表于 Post on 2021-11-3 00:59:31

撸主，我看上面有一哥们直接运行exe会闪退，我也直接运行了一下，程序走了下面的步骤然后也闪退了。留给你debug用
# Input the name of file contains MO infomation of the dimer.
# If press <Enter> directly, "dimer.fchk" will be used.

# Neither "dimer.fchk" nor "dimer.fch" found!
# Input again.
dimer.molden.input
# Input the name of file contains MO infomation of the 1st monomer.
# If press <Enter> directly, "monomer1.fchk" will be used.
mono1.molden.input
# Input the name of file contains MO infomation of the 2nd monomer.
# If press <Enter> directly, "monomer2.fchk" will be used.
mono2.molden.input
# Using "dimer.molden.input" for dimer.
# Using "mono1.molden.input" for monomer1.
# Using "mono2.molden.input" for monomer2.
# Calling Multiwfn to obtain amount of orbitals and electrons of monomer1 ...
# Reading amount of orbitals and electrons of monomer1 ...
# Calling Multiwfn to obtain amount of orbitals and electrons of monomer2 ...
# Reading amount of orbitals and electrons of monomer2 ...
# Calling Multiwfn to obtain amount of orbitals and electrons of dimer ...
# Reading amount of orbitals and electrons of dimer ...
# number of electrons of monomer1/monomer2/dimer:
#                            126    126 252
# number of  orbitals of monomer1/monomer2/dimer:
#                         1206 1206  2412
# Calling Multiwfn to obtain amount of orbitals and electrons of monomer1 ...
# Reading coefficient matrix of monomer1 ...
# Calling Multiwfn to obtain amount of orbitals and electrons of monomer2 ...
# Reading coefficient matrix of monomer2 ...
# Calling Multiwfn to obtain amount of orbitals and electrons of dimer ..
# Reading overlap matrix of dimer ...
# Reading coefficient matrix of dimer ...
# Inversing coefficient matix of dimer ...
# Calculating Fock matrix ...

pizaipizai@5989 · 发表于 Post on 2021-11-3 22:10:29

撸主，我拿相同体系放到超算上跑了一遍，也报了个什么内存引用错误。留着给你debug用吧

# Using "dimer.molden.input" for dimer.
# Using "mono1.molden.input" for monomer1.
# Using "mono2.molden.input" for monomer2.
# Calling Multiwfn to obtain amount of orbitals and electrons of monomer1 ...
# Reading amount of orbitals and electrons of monomer1 ...
# Calling Multiwfn to obtain amount of orbitals and electrons of monomer2 ...
# Reading amount of orbitals and electrons of monomer2 ...
# Calling Multiwfn to obtain amount of orbitals and electrons of dimer ...
# Reading amount of orbitals and electrons of dimer ...
# number of electrons of monomer1/monomer2/dimer:
#                            126    126 252
# number of  orbitals of monomer1/monomer2/dimer:
#                         1206 1206  2412
# Calling Multiwfn to obtain amount of orbitals and electrons of monomer1 ...
# Reading coefficient matrix of monomer1 ...
# Calling Multiwfn to obtain amount of orbitals and electrons of monomer2 ...
# Reading coefficient matrix of monomer2 ...
# Calling Multiwfn to obtain amount of orbitals and electrons of dimer ...
# Reading overlap matrix of dimer ...
# Reading coefficient matrix of dimer ...
# Inversing coefficient matix of dimer ...

Program received signal SIGSEGV: Segmentation fault - invalid memory reference.

Backtrace for this error:
#0  0x4c3cba
#1  0x4c3653
#2  0x51a05f
#3  0x40e1f5
#4  0x40c8d5
#5  0x40bd8a
#6  0x402ebf
#7  0x40ba93
#8  0x40089e
#9  0x50c308
#10  0x4013e9
Segmentation fault (core dumped)

snljty · 发表于 Post on 2021-11-4 13:47:33

pizaipizai@5989 发表于 2021-11-3 22:10
撸主，我拿相同体系放到超算上跑了一遍，也报了个什么内存引用错误。留着给你debug用吧
# Using "dimer ...

麻烦上传一下文件。另外是否用unlimit修改了程序堆内存的使用上限？

Larry2022 · 发表于 Post on 2022-2-25 20:14:42

本帖最后由 Larry2022 于 2022-2-25 20:18 编辑

你好，非常感谢您的分享，对我帮助很大，此外我想请问一下您这个程序使用的什么方法来计算电荷转移积分的呢？最后，在发表论文时该怎么引用您的程序呢？谢谢

snljty · 发表于 Post on 2022-2-25 20:44:14

Larry2022 发表于 2022-2-25 20:14
你好，非常感谢您的分享，对我帮助很大，此外我想请问一下您这个程序使用的什么方法来计算电荷转移积分的呢 ...

格点能修正法(前面正文里有提到)，这个方法的文献可以找一下然后引用，Multiwfn建议引用，目前这个程序不用引用。

Larry2022 · 发表于 Post on 2022-2-25 20:59:20

snljty 发表于 2022-2-25 20:44
格点能修正法(前面正文里有提到)，这个方法的文献可以找一下然后引用，Multiwfn建议引用，目前这个程序不 ...

好的

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[辅助/分析程序] 调用Multiwfn计算分子间电荷转移积分的程序[测试版]