分子对接方法富集因子的考察

yangjunfeng

分子对接方法富集因子的考察   请问哈，有谁做过这个？求指教,谢谢

greatzdk

先将阳性分子（已知作用位点和活性）混同诱饵分子（或随机或与阳性结构物化性质类似且无活性的分子）对接，按照打分排列，然后按照比例计算这次实验的真阳和假阳的比例。具体计算ROC方法参考http://alexkong.net/2013/06/introduction-to-auc-and-roc/

yangjunfeng

greatzdk 发表于 2015-12-9 16:03
先将阳性分子（已知作用位点和活性）混同诱饵分子（或随机或与阳性结构物化性质类似且无活性的分子）对接， ...

嗯，谢谢老师的指导，我按您的试试

yangjunfeng

greatzdk 发表于 2015-12-9 16:03
先将阳性分子（已知作用位点和活性）混同诱饵分子（或随机或与阳性结构物化性质类似且无活性的分子）对接， ...

老师，您好，又要麻烦您指导哈，那个阳性分子混同诱饵分子这个怎么弄？或者在哪里寻找？谢谢

greatzdk

@yangjunfeng两种办法去找诱饵分子，
一，你可以用一个软件叫decoyfinder，输入阳性分子的结构，他会搜索符合条件的诱饵分子。
二，可以用DUDE，类似方法寻找诱饵分子。去https://dude.docking.org/查看一下。
得到诱饵分子后，就将诱饵分子和阳性分子分别打分，然后按照之前说的，去做曲线即可。