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[综合交流] 基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格

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发表于 2015-12-10 18:59:05 | 显示全部楼层 |阅读模式
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格

Created by Sobereva @北京科音
First release:2015-Dec-10  Last update:2018-Feb-16

这个是基于过渡态理论计算单分子和双分子反应速率常数的Excel表格,把Gaussian等程序计算的活化自由能,或者反应物和过渡态的配分函数填进去,并且填入反应温度T、反应路径简并度σ和透射系数κ就可以得到反应速率常数。单分子和双分子反应都支持。

其中第三个工作表是用来计算隧道效应透射系数κ的表格,支持三种比较简单的方法。可以把这里算出来的κ填入计算反应速率常数的表格中的κ的位置。

表格使用方式非常简单,而且表格里有详细注释,稍微一看就明白。

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首席卖萌官

发表于 2015-12-10 19:23:49 | 显示全部楼层
起立鼓掌!
She doesn't love me.
Even so,
my heart has been taken away by her.

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发表于 2015-12-10 22:59:46 | 显示全部楼层
超赞!!

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发表于 2015-12-30 07:46:53 | 显示全部楼层
Zan!

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发表于 2017-2-25 11:37:33 | 显示全部楼层
老师,我之前问过您关于Excel表格里的配分函数的选择,想和您再讨论一下,我查阅了一些资料,我还是认为Q(bot)包含了零点能,Q(v=0)则没有,之所以在速率计算的时候,选择了Q(v=0),是因为使用了freq命令后,能量值的数据的用的Sum of electronic and thermal Free Energies,包含了零点能,且是经过相应的校正后的能量。具体理由如下:
1.The lines labeled BOT are for the vibrational partition function computed with the zero of energy being the bottom of
the well, while those labeled with (V=0) are computed with the zero of energy being the first vibrational level. Again, special lines are printed out for the low frequency modes.(这句话出自Thermochemistry in Gaussian,这篇关于介绍Gaussian计算反应热力学的文章,您之前也在网站上分享过,说建议初学者看看我不记得是哪个帖子了)
2.为别人关于“TST理论求反应速率中配分函数的选择”的讨论截图
3.是gaussian使用手册的截图(新手一个,若有不对的地方请多多指教!谢谢您)
7PFV7{BVWN}M}0GN(%Q~6X8.png
SNQNG$@7L(%8JC`IVBXK95K.jpg

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 楼主| 发表于 2017-2-25 16:04:03 | 显示全部楼层
clvn 发表于 2017-2-25 11:37
老师,我之前问过您关于Excel表格里的配分函数的选择,想和您再讨论一下,我查阅了一些资料,我还是认为Q( ...

我并不知道你想讨论什么,和我前面说的完全没有任何矛盾
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发表于 2017-5-2 20:44:49 | 显示全部楼层
想问老师wigner维的 方式和Eckart 方式,多维零曲率( ZCT )以及小曲率(SCT )方式四种隧道穿透系数主要的不同适用范围,因为处理的时候不知道用哪一种,Eckart方式的计算公式老师方便交一下吗?看英文资料没有看明白。

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 楼主| 发表于 2017-5-3 09:56:39 | 显示全部楼层
SKY诺烯 发表于 2017-5-2 20:44
想问老师wigner维的 方式和Eckart 方式,多维零曲率( ZCT )以及小曲率(SCT )方式四种隧道穿透系数主要 ...


wigner是最粗糙的,和eckart同为一维,但精度不如eckart,公式在kisthelp原文里就有。要求不高的时候wigner就行,不嫌麻烦的话用eckart。
至于后两者就得用polyrate等更专门的程序了,相对更复杂,可以看看Reviews in Computational Chemistry, Volume 23第三章。
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发表于 2017-5-3 21:27:08 | 显示全部楼层
非常感谢老师的解答

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 楼主| 发表于 2018-2-16 03:56:56 | 显示全部楼层
对表格进行了更新,把计算透射系数的功能单独作为第三个表格出现,并且支持了比Wigner更好的Skodje-Truhlar方法。
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发表于 2018-2-17 05:39:55 | 显示全部楼层
请问表格中Q对于于计算文件的哪个值? sum of electronic value?

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 楼主| 发表于 2018-2-17 08:01:51 | 显示全部楼层
laomalao 发表于 2018-2-17 05:39
请问表格中Q对于于计算文件的哪个值? sum of electronic value?

配分函数。表格的注释里写了

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laomalao + 5 谢谢

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发表于 2018-2-19 02:17:58 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-2-17 08:01
配分函数。表格的注释里写了

谢谢,找到了!我再学习下物理意义和化学意义


Zero-point correction=                           0.044791 (Hartree/Particle)
Thermal correction to Energy=                    0.047658
Thermal correction to Enthalpy=                  0.048602
Thermal correction to Gibbs Free Energy=         0.027479
Sum of electronic and zero-point Energies=            -40.448591
Sum of electronic and thermal Energies=               -40.445725
Sum of electronic and thermal Enthalpies=             -40.444781
Sum of electronic and thermal Free Energies=          -40.465904

                     E (Thermal)             CV                S
                      KCal/Mol        Cal/Mol-Kelvin    Cal/Mol-Kelvin
Total                   29.906              6.440             44.457
Electronic               0.000              0.000              0.000
Translational            0.889              2.981             34.261
Rotational               0.889              2.981             10.114
Vibrational             28.128              0.478              0.081
                       Q            Log10(Q)             Ln(Q)
Total Bot       0.229396D-12        -12.639414        -29.103327
Total V=0       0.918747D+08          7.963196         18.335937
Vib (Bot)       0.250996D-20        -20.600333        -47.434020
Vib (V=0)       0.100526D+01          0.002277          0.005244
Electronic      0.100000D+01          0.000000          0.000000
Translational   0.252295D+07          6.401908         14.740939
Rotational      0.362252D+02          1.559011          3.589754

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发表于 2018-7-24 14:00:45 | 显示全部楼层
sobereva老师,想请问下,用KiSThelP算反应速率时,得到Wigner隧道校正或Eckart隧道校正的数值是不是就是相当于透射系数呢?

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 楼主| 发表于 2018-7-24 14:14:13 | 显示全部楼层
陈丢丢 发表于 2018-7-24 14:00
sobereva老师,想请问下,用KiSThelP算反应速率时,得到Wigner隧道校正或Eckart隧道校正的数值是不是就是相 ...

“校正的数值”不知道你具体指代什么
如果是把这个值乘上原始的k就变成了考虑了隧道效应的k,这个值就是指的透射系数(kappa)
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