使用CP2K进行过渡态计算经验[dimer篇]

djjj148 · 发表于 Post on 2021-9-12 09:14:02

风飞发表于 2021-9-11 20:58
老师，您好，我安装了Anaconda，也安装了python3.7 请问这个目录怎么修改呢？
export PATH=$PATH:$H ...

这取决于你把dimer.tar.gz解压到了哪里，和用那个python版本没有关系

Riszzz · 发表于 Post on 2021-10-14 10:19:28

您好，请问如果想通过CI-NEB和dimer结合的方法的话，DIMER_VECTOR文件该怎么设置呀

丁越 · 发表于 Post on 2021-11-22 20:07:17

请教老师一个问题：我看了sob老师对dimer算法介绍的博文（http://sobereva.com/44），该算法有两个过程，旋转和平移过程。对于下图中第一个dimer过程结束后，这里的 ENERGY| Total FORCE_EVAL ( QS ) energy [a.u.]: -1593.699241516124857 应该就是体系在第一个dimer过程后的体系总能量了吧？可是在第一步的信息中（Informations at step）中，出现了个Total Energy = 0.0056990086，这个能量是啥呀？我咋不太理解，还请老师解答一下。

bajia · 发表于 Post on 2021-11-23 16:09:14

老师，我进行dcc操作后没有出现dimmode.xyz，这个可以怎么修改代码得到，我是在虚拟机上进行操作的

seven111 · 发表于 Post on 2021-12-2 21:20:20

你好我想问一下，我在插点的这一步出现了这种问题，请问怎么解决啊？

seven111 · 发表于 Post on 2021-12-6 21:06:54

风飞发表于 2021-9-11 11:14
老师，您好，我尝试使用：xyz2mode.py 0.xyz 5.xyz 生成DIMER_VECTOR 结果出现如下错误提示
请问该 ...

你好，请问你这个问题现在解决了吗？我也碰到了这个问题，但是我也安装了python3的呀，想问下你最终怎么解决这个问题的？

liudong123 · 发表于 Post on 2022-3-6 11:26:07

运行dcc脚本为啥有这个错误啊
File "/home/wangyang/hsw/320Li/test1tran/dimer/dimer/dcc", line 6
while getopts ":h" optname
^
SyntaxError: invalid syntax

bblovelp · 发表于 Post on 2022-5-16 12:59:54

用DIMER计算了NiPd金属吸附解离氧气的过渡态，用30个核跑了3天才跑了14次迭代，感觉已经绝望！！

planet5460 · 发表于 Post on 2022-11-10 03:27:27

有点复杂哈，其实只要化学直觉较好，给出一个比较合适的初猜，基于这个初猜计算频率（固定住大多数原子，只放开参与反应的原子），然后选择虚频中需要的振动模式，保存为dimer_VECTOR即可。

h840473807 · 发表于 Post on 2022-12-1 23:37:59

请问CP2K能实现始末态晶胞参数不同的过渡态搜索吗,如果可以的话怎样载入始末态的晶胞参数呢?

qzm · 发表于 Post on 2023-1-10 16:14:24

你好，我是CP2K新手，看了您的博文，想问下如何
使用脚本 cif2pos
生成POSCAR文件和CP2K的结构输入文件coord.inc。

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-13 05:41:55

qzm 发表于 2023-1-10 16:14
你好，我是CP2K新手，看了您的博文，想问下如何
使用脚本 cif2pos
生成POSCAR文件和CP2K的结构输入文件c ...

Multiwfn载入cif文件，主功能100的子功能2就能导出POSCAR
按下文就能产生CP2K输入文件，如果你想把坐标部分抠出来单独弄个文件就自己抠
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587（http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html）

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-13 05:52:20

h840473807 发表于 2022-12-1 23:37
请问CP2K能实现始末态晶胞参数不同的过渡态搜索吗,如果可以的话怎样载入始末态的晶胞参数呢?

原理上不行。变胞优化是专门的CELL_OPT任务，dimer所属的GEO_OPT任务不考虑变胞
但也可以考虑对前后结构取中点结构和晶胞参数去用dimer搜索过渡态结构当个近似，然后可以再冻结反应部分的原子做变胞优化，反复弄几个来回直到收敛

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-13 06:00:17

Riszzz 发表于 2021-10-14 10:19
您好，请问如果想通过CI-NEB和dimer结合的方法的话，DIMER_VECTOR文件该怎么设置呀

可以自己用TS相邻的两个点的结构求差，这近似对应于TS位置的反应路径的方向

sedmond · 发表于 Post on 2023-3-11 23:37:27

sobereva 发表于 2023-2-13 06:00
可以自己用TS相邻的两个点的结构求差，这近似对应于TS位置的反应路径的方向

社长这个思路更贴合一些，楼主用的初态和终态获取vector，感觉是下猛药。另外，装了anaconda 1.11.0后（内置python3.9.13, perl 5.26.3），采用附件里提供的dcc时（想看初猜结合向量的效果），一直出现报错（/usr/bin/env: 'perl\r': Not a directory）。尝试采用”dos2unix *“，问题依旧，不知道大家有没有遇到这个情况。

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