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[Gaussian/gview] Gaussian可识别的GAFF和GAFF2力场文件

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发表于 Post on 2021-6-7 13:26:47 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
Gaussian软件的势能面扫描等功能非常强大,可以多种方式指定限制性优化等功能。但是起内置的分子力场种类较少,目前只有Amber,Dreiding和UFF力场,缺乏常见的描述有机小分子的GAFF力场。虽然用Gromacs(AmberTools应该也有很多类似功能,这里不提)的rerun即可完成力场下的单点能计算功能,但是对于柔性扫描(限制型优化),就显得比较麻烦,通常做法是对要被限制的变量加一个非常大的限制势,然后做收敛阈值很小的能量极小化。不过虽然原理上能量极小化和量子化学常说的几何优化很相似,终究目的不一样,而且Gromacs这方面收敛阈值也不如Gaussian条件更多。如果可以在Gaussian中使用GAFF力场进行限制型优化,也许会方便一些。考虑到GAFF和Amber力场形式完全相同,Gaussian有内置的Amber力场,原理上应该可行。为此,从AmberTools20里面找到了gaff.dat和gaff2.dat的力场文件,对照Gaussian16自带的amber.prm,写了个Python脚本将其转化为Gaussian能接受的形式。
使用的时候请自行指定原子类型,连接方式,原子电荷。将相关的力场文件在合适的位置用@引用即可。如果不了解怎么引用,可以参考卢老师博文http://sobereva.com/60 第5小节。几何优化类任务一定要有Opt=NoMicro关键词。力场的关键词要有Amber=SoftOnly。

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qinzhong605 + 5 谢谢分享
ggdh + 5 还有这种操作?
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发表于 Post on 2021-6-7 21:24:32 | 显示全部楼层 Show all
高能!!!

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发表于 Post on 2022-11-3 22:42:55 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 ginlpein 于 2022-11-3 22:55 编辑

请问大佬有在Gaussian上用GAFF力场做柔扫的输入文件范例吗?我采用您上传的gaff2.prm做柔扫,但是一直报L101错误,卡在L101这里无法顺利运行。
我输入文件格式:
  1. %chk=XXXXX.chk
  2. #p geom=connectivity opt=(modredundant,NoMicro) amber=SoftOnly
  3. 【空一行】
  4. XXXXXX
  5. 【空一行】
  6. 0 1
  7. 【原子坐标】
  8. 【空一行】
  9. 【原子键接信息】
  10. 【空一行】
  11. D 72 73 76 93 S  30 3.00000
  12. 【空一行】
  13. @./gaff2.prm
复制代码
输出的log尾部:
  1. Generating MM parameters.
  2. Read MM parameter file:
  3. Define C3         1
  4. End of file in RdPar.
  5. Error termination via Lnk1e in /share/apps/g16/A03/l101.exe at Thu Nov  3 22:21:16 2022.
  6. Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes 13.2 seconds.
  7. Elapsed time:       0 days  0 hours  0 minutes  3.4 seconds.
  8. File lengths (MBytes):  RWF=      6 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1
复制代码
输出的log文件开头:
  1. Entering Gaussian System, Link 0=g16
  2. Input=RTPEcage_opt.com
  3. Output=RTPEcage_opt.log
  4. AtFile(1): ./gaff2.prm
  5.             ! Generated by FF_Amber2Gaussian.py
  6.             !
  7.             ! Non-bonded interaction
  8.             !
  9.             NonBon 3 1 -10 0 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 -1.200
  10.             !
  11.             ! Stretches
  12.             !
  13.             HrmStr1 ow hw  553.0  0.9572
  14.             HrmStr1 hw hw  553.0  1.5136
  15.             HrmStr1 br br   81.0  2.5420
  16.             HrmStr1 br c1  227.0  1.7870
复制代码
程序刚运行进入L101时的输出:
  1. (Enter /share/apps/g16/A03/l101.exe)
  2. -------------------
  3. XXXXXX
  4. -------------------
  5. Symbolic Z-matrix:
  6. Charge =  0 Multiplicity = 1
  7. 【原子笛卡尔坐标】
  8. 【空一行】
  9. The following ModRedundant input section has been read:
  10. D 72 73 76 93 S  30 3.00000
  11. 【空一行】
  12. ITRead=  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  13. ITRead=  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  14. ITRead=  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  15. ITRead=  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  16. ITRead=  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  17. ITRead=  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  18. ITRead=  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  19. 【省略】
复制代码


从输出文件看似乎力场是正常读取并加载了,原子笛卡尔坐标也有正确读入,但是程序始终卡在L101出错,不知道是哪里格式出问题了。
有考虑可能是原子键接信息这块导致读取出问题,但是力场计算键接信息不可少,也不可能删掉来避错。
请问大佬是否有成功的输入案例借我参考一下?

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