求助：使用gromacs进行蛋白质分子动力学模拟到160ns时系统崩溃

wwl

各位老师们好，我在网站上下载的蛋白质pdb文件，删除掉结晶水以后，使用gromacs命令构建的蛋白质盒子，并使用命令添加了10033个水分子，和8个氯离子平衡电荷，模拟进行了160ns的时候，系统突然崩溃，out文件中出现如下的报错：36 particles communicated to PME rank 5 are more than 2/3 times the cut-off out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension x. This usually means that your system is not well equilibrated.
我的md.mdp文件如下所示：
; Run parameters
integrator  = md        ; leap-frog integrator
nsteps      = 2500000    ; 2 * 500000 = 1000 ps (1 ns)
dt          = 0.001     ; 2 fs
comm-grps   = Protein
comm-mode   = angular
; Output control
nstxout             = 5000      ; save coordinates every 10.0 ps
nstvout             = 5000      ; save velocities every 10.0 ps
nstenergy           = 5000      ; save energies every 10.0 ps
nstlog              = 5000      ; update log file every 10.0 ps
nstxout-compressed  = 5000      ; save compressed coordinates every 10.0 ps
                                ; nstxout-compressed replaces nstxtcout
compressed-x-grps   = System    ; replaces xtc-grps
; Bond parameters
continuation            = yes       ; Restarting after NPT
constraint_algorithm    = lincs     ; holonomic constraints
constraints             = h-bonds ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained
lincs_iter              = 1         ; accuracy of LINCS
lincs_order             = 4         ; also related to accuracy
; Neighborsearching
cutoff-scheme   = Verlet
ns_type         = grid      ; search neighboring grid cells
nstlist         = 10        ; 20 fs, largely irrelevant with Verlet scheme
rcoulomb        = 1.0       ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
rvdw            = 1.0       ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
; Electrostatics
coulombtype     = PME       ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
pme_order       = 4         ; cubic interpolation
fourierspacing  = 0.16      ; grid spacing for FFT
; Temperature coupling is on
tcoupl      = V-rescale             ; modified Berendsen thermostat
tc-grps     = Protein Non-Protein   ; two coupling groups - more accurate
tau_t       = 0.2     0.2           ; time constant, in ps
ref_t       = 358     358           ; reference temperature, one for each group, in K
; Pressure coupling is on
pcoupl              = Parrinello-Rahman     ; Pressure coupling on in NPT
pcoupltype          = isotropic             ; uniform scaling of box vectors
tau_p               = 2.0                   ; time constant, in ps
ref_p               = 1.0                   ; reference pressure, in bar
compressibility     = 4.5e-5                ; isothermal compressibility of water, bar^-1
; Periodic boundary conditions
pbc     = xyz       ; 3-D PBC
; Dispersion correction
DispCorr    = EnerPres  ; account for cut-off vdW scheme
; Velocity generation
gen_vel     = no        ; Velocity generation is off

麻烦各位大佬帮忙看看是怎么回事。我觉得我的top文件什么的应该没有事，毕竟都是用命令自动生成的。而且跑了这么久系统才崩溃，所以应该可以排除top文件的问题。我也不清楚到底是什么原因造成的。非常感谢各位大佬，谢谢。

sobereva

把压浴改成Berendsen重新跑再试
并且仔细看之前模拟的轨迹以及盒子尺寸变化有无异常