Amber做SMD，小白求教

蓝沐轩_lemshine

大家好，刚接触SMD,打算用amber做，之前用amber跑了CMD，然后用caver预测了小分子解离通道，下一步要对配体小分子施加一个力，将其拉出，在看amber对于这块的教程时，有一些不明白的地方请教大家一：教程里面的反应坐标是两个氨基酸残基CA原子之间的距离，那么对于我的体系的话，我是不是应该把caver预测的通道作为反应坐标，那么这个参数要怎么去设置呢？amber教程里面的设置是iat=9,99，我的体系是不是应该设置为小分子配体和通道出口处的残基距离作为反应坐标呢?
二：教程里面的力常数设置的是7.2，这个数值是定值吗？
三：做ASMD的话，要将通道分为几个小段分析，那么每个阶段应该怎么去选取呢？教程里面是4埃作为一小段，共5段，也就是20埃，那么我要根据我通道的长度进行划分吗？
四：用恒速拉伸，这个速度要怎么选择呢？
amber教程如下，http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial26/section2.ph
大家有用amber做过的，或者有相关资料的，还请赐教，不胜感激！

amber菜鸟

是否可以和您交流一下关于amber做SMD的经验呢

zhmhlp

请问您解决这个问题了吗？可以交流一下经验吗

王家小姐

zhmhlp 发表于 2023-11-15 20:01
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请问您的问题解决了吗？

王家小姐

amber菜鸟 发表于 2022-8-20 14:14
是否可以和您交流一下关于amber做SMD的经验呢

请问您的设置反应坐标的问题解决了吗

惠成功QUB

SMD很难收敛的，能用alchemical free energy解决问题的话还是更稳健的。收敛也很容易判断，也不需要关心过程，只用关注端点

数据挖掘

一：教程里面的反应坐标是两个氨基酸残基CA原子之间的距离，那么对于我的体系的话，我是不是应该把caver预测的通道作为反应坐标，那么这个参数要怎么去设置呢？amber教程里面的设置是iat=9,99，我的体系是不是应该设置为小分子配体和通道出口处的残基距离作为反应坐标呢?


iat=蛋白原子index，小分子原子index
建议选取蛋白口袋中相对稳定的原子，比如α螺旋或者β折叠上的Cα原子；


二：教程里面的力常数设置的是7.2，这个数值是定值吗？

教程中的力常数设置为 7.2 kcal/(mol·Å²)。这并不是固定值，而是需要根据你的体系具体情况调整，
初次尝试时从教程值 7.2 开始，然后根据模拟效果调整。配体拉不出来，就把力调大一点。

三：做ASMD的话，要将通道分为几个小段分析，那么每个阶段应该怎么去选取呢？教程里面是4埃作为一小段，共5段，也就是20埃，那么我要根据我通道的长度进行划分吗？

小分子解离通常是20到30A，如果计算资源允许的化，建议一段1A 。

四：用恒速拉伸，这个速度要怎么选择呢？

速度过大：
    小分子离开太快，体系可能无法达到平衡态。
    拉力会不自然增大，导致非物理结果。
速度过小：
    模拟时间过长，耗费计算资源。

我模拟一段的距离是1A，模拟时长1000ps, 则我的模拟速度是 0.001 A/ps 。
文献中常用范围 0.0005–0.002 A/ps 。