gaussian09D 计算NTO 系数不能归一化？如何办？

ZHANGZY

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Gaussian 09:  ES64L-G09RevD.01 24-Apr-2013
                14-Dec-2015
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%OldChk=TD1ZNpcmcamGROUND.chk
%Chk=state1.chk
%mem=3500MB
%nproc=4
Will use up to    4 processors via shared memory.
Copying data from "TD1ZNpcmcamGROUND.chk" to current chk file "state1.chk".
----------------------------------------------------------------------
# Geom=AllCheck ChkBas Guess=(Read,Only) Density=(Check,Transition=1)
Pop=(Minimal,NTO,SaveNTO)
----------------------------------------------------------------------
Warning!  Basis set taken from checkpoint file.
1/29=7,38=1/1;
2/12=2,40=1/2;
3/5=7,6=2,11=9,14=-4,16=1,25=1,30=1,67=1,89=1,116=-2/1,2,3;
4/5=1/1;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,11=2,22=-10,28=1,29=1,89=11/1;
99/5=2/99;
Structure from the checkpoint file:  "state1.chk"
-------------------
Title Card Required
-------------------
Charge =  0 Multiplicity = 1
........
**********************************************************************

   Populations using transition density between ground and state  1.

**********************************************************************
.......
Alpha  occ. eigenvalues --    0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000
Alpha  occ. eigenvalues --    0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000
Alpha  occ. eigenvalues --    0.00000   0.00000   0.00001   0.00001   0.00001
Alpha  occ. eigenvalues --    0.00001   0.00001   0.00001   0.00001   0.00001
Alpha  occ. eigenvalues --    0.00001   0.00001   0.00001   0.00001   0.00001
Alpha  occ. eigenvalues --    0.00001   0.00001   0.00001   0.00001   0.00002
Alpha  occ. eigenvalues --    0.00002   0.00002   0.00002   0.00002   0.00002
Alpha  occ. eigenvalues --    0.00002   0.00002   0.00003   0.00003   0.00003
Alpha  occ. eigenvalues --    0.00003   0.00004   0.00004   0.00004   0.00005
Alpha  occ. eigenvalues --    0.00005   0.00006   0.00006   0.00007   0.00007
Alpha  occ. eigenvalues --    0.00007   0.00008   0.00008   0.00009   0.00009
Alpha  occ. eigenvalues --    0.00011   0.00011   0.00012   0.00013   0.00014
Alpha  occ. eigenvalues --    0.00014   0.00017   0.00019   0.00020   0.00024
Alpha  occ. eigenvalues --    0.00028   0.00031   0.00034   0.00036   0.00040
Alpha  occ. eigenvalues --    0.00051   0.00063   0.00075   0.00089   0.00104
Alpha  occ. eigenvalues --    0.00113   0.00119   0.00131   0.00139   0.00174
Alpha  occ. eigenvalues --    0.00194   0.00246   0.00278   0.00303   0.00441
Alpha  occ. eigenvalues --    0.00447   0.00575   0.00626   0.00689   0.00724
Alpha  occ. eigenvalues --    0.00773   0.00957   0.01207   0.01316   0.01456
Alpha  occ. eigenvalues --    0.01885   0.02116   0.02327   0.02932   0.03278
Alpha  occ. eigenvalues --    0.04001   0.04810   0.05895   0.07009   0.11930
Alpha  occ. eigenvalues --    0.16555   0.17037   0.23261   0.34833   0.45409
Alpha  occ. eigenvalues --    0.61912   1.05667   1.17062   2.15846   2.86203
Alpha  occ. eigenvalues --   85.80430 310.92960
Alpha virt. eigenvalues --  310.37549  85.46746   2.84003   2.15420   1.16835
Alpha virt. eigenvalues --    1.05282   0.61810   0.45319   0.34727   0.23182
Alpha virt. eigenvalues --    0.16924   0.16337   0.11856   0.06897   0.05870
Alpha virt. eigenvalues --    0.04780   0.03976   0.03234   0.02911   0.02310
Alpha virt. eigenvalues --    0.02100   0.01878   0.01444   0.01293   0.01198
Alpha virt. eigenvalues --    0.00942   0.00761   0.00715   0.00680   0.00621
Alpha virt. eigenvalues --    0.00562   0.00440   0.00434   0.00295   0.00273
Alpha virt. eigenvalues --    0.00241   0.00190   0.00168   0.00133   0.00128
Alpha virt. eigenvalues --    0.00116   0.00108   0.00102   0.00086   0.00072
Alpha virt. eigenvalues --    0.00057   0.00048   0.00038   0.00034   0.00031
Alpha virt. eigenvalues --    0.00027   0.00026   0.00022   0.00019   0.00017
Alpha virt. eigenvalues --    0.00014   0.00013   0.00011   0.00010   0.00010
Alpha virt. eigenvalues --    0.00010   0.00009   0.00007   0.00007   0.00006
Alpha virt. eigenvalues --    0.00006   0.00006   0.00005   0.00005   0.00004
Alpha virt. eigenvalues --    0.00004   0.00003   0.00003   0.00003   0.00003
Alpha virt. eigenvalues --    0.00002   0.00002   0.00002   0.00002   0.00002
Alpha virt. eigenvalues --    0.00002   0.00002   0.00002   0.00001   0.00001
Alpha virt. eigenvalues --    0.00001   0.00001   0.00001   0.00001   0.00001
Alpha virt. eigenvalues --    0.00001   0.00001   0.00001   0.00001   0.00001
Alpha virt. eigenvalues --    0.00001   0.00001   0.00001   0.00000   0.00000
Alpha virt. eigenvalues --    0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000
Alpha virt. eigenvalues --    0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000
Alpha virt. eigenvalues --    0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000
系数不能归一化？如何办？

sobereva

把乱七八糟的关键词都去掉，写一个最普通最正经的NTO任务的输入文件

ZHANGZY

# Geom=AllCheck ChkBas Guess=(Read,Only) Density=(Check,Transition=1) Pop=(Minimal,NTO,SaveNTO)

问题依旧

sobereva

别弄那么多read、check，写个最正经的输入文件，别依赖于之前的。pop里也别写Minimal

ZHANGZY

把乱七八糟的关键词都去掉，写一个最普通最正经的NTO任务的输入文件:
已经是最简单了，还能怎么写？求助，多谢多谢

sobereva

诸如B3LYP/6-31G* TD Density=Transition=1 pop(saveNTO,NTO)
效仿此文的例子
跃迁密度分析方法-自然跃迁轨道(NTO)简介
http://sobereva.com/91

虎王

NTO为何需要归一化？

虎王

直接给跃迁组成就可以。我还没见有人用NTO然后给出100%的跃迁组成的。

sobereva

虎王 发表于 2015-12-16 22:03
直接给跃迁组成就可以。我还没见有人用NTO然后给出100%的跃迁组成的。

因为原理上NTO是归一化的，如果结果明显加和不为1，说明计算是有问题的。这仅仅是为了检验合理性目的，放到文中没必要提归一化问题。

ZHANGZY

又出问题了！！！
开壳层NTO  alpha电子跃迁加和beta电子跃迁 又大于一。这次是真的从头算，没有利用任何read，结果：
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#p td=(nstates=35,singlet) cam-b3lyp/genecp scrf=(solvent=methanol,pcm
) nosymm geom=connectivity scf=(maxcycle=80,xqc) Density=(Transition=2
2) Pop=(NTO,SaveNTO) test
----------------------------------------------------------------------

**********************************************************************

   Populations using transition density between ground and state 34.

**********************************************************************


Alpha  occ. eigenvalues --    0.00045   0.00048   0.00053   0.00056   0.00059
Alpha  occ. eigenvalues --    0.00071   0.00073   0.00082   0.00091   0.00110
Alpha  occ. eigenvalues --    0.00183   0.00215   0.00247   0.00272   0.00284
Alpha  occ. eigenvalues --    0.00427   0.00632   0.00830   0.01618   0.03101
Alpha  occ. eigenvalues --    0.15564   0.29507
Alpha virt. eigenvalues --    0.29507   0.15564   0.03101   0.01618   0.00830
Alpha virt. eigenvalues --    0.00632   0.00427   0.00284   0.00272   0.00247
Alpha virt. eigenvalues --    0.00215   0.00183   0.00110   0.00091   0.00082
Alpha virt. eigenvalues --    0.00073   0.00071   0.00059   0.00056   0.00053



Beta  occ. eigenvalues --    0.00049   0.00052   0.00072   0.00081   0.00106
  Beta  occ. eigenvalues --    0.00124   0.00228   0.00252   0.00296   0.00318
  Beta  occ. eigenvalues --    0.00349   0.00498   0.00556   0.00586   0.02500
  Beta  occ. eigenvalues --    0.02984   0.04263   0.12258   1.24403
  Beta virt. eigenvalues --    1.24403   0.12258   0.04263   0.02984   0.02500
  Beta virt. eigenvalues --    0.00586   0.00556   0.00498   0.00349   0.00318
  Beta virt. eigenvalues --    0.00296   0.00252   0.00228   0.00124   0.00106

开壳层计算，理解上应该所有的跃迁alpha+beta加和应该为一？
望高手指教，多谢多谢

sobereva

ZHANGZY 发表于 2015-12-17 12:38
又出问题了！！！
开壳层NTO  alpha电子跃迁加和beta电子跃迁 又大于一。这次是真的从头算，没有利用任何r ...

高斯的输出比较特殊，基态开壳层的话，貌似alpha和beta总和是2，但不是各自归一的。

ZHANGZY

基态开壳层的话，貌似alpha和beta总和是2
有例子吗？或者相关文献？

ZHANGZY

我曾用orca算开壳层NTO，不会出现系数大于1的情况。可惜ORCA没有PCM模型，所以想看看已发表的文献gaussian怎么处理这种情形，可惜找了半天，没发现这样的例子，望高手不吝赐教，多谢多谢

sobereva

ZHANGZY 发表于 2015-12-17 18:56
基态开壳层的话，貌似alpha和beta总和是2
有例子吗？或者相关文献？

没有文献。只不过高斯自己以这种形式输出的。

sobereva

ZHANGZY 发表于 2015-12-17 22:09
我曾用orca算开壳层NTO，不会出现系数大于1的情况。可惜ORCA没有PCM模型，所以想看看已发表的文献gaussian ...

没PCM就用COSMO就行了，一般不会有太大差异。