QMMM中QM区和MM区分子之间的LENNARD-JONES势设定

马博士 · 发表于 Post on 2021-6-21 12:08:35

最近再用CP2K计算QMMM，但是总是提示QM atoms must be fully contained in the same image of the QM box - No wrapping of coordinates is allowed.查看轨迹发现是QM区的水分子和MM区的Cl离子结合造成的，因此可能需要指定QM区H原子和MM区Cl原子之间的LJ势。在已经知道每个原子的SIGMA和EPSILON，怎么计算两个分子之间的SIGMA和EPSILON呢？有什么公式可以依据吗？请大家多多指教。

beyond · 发表于 Post on 2021-6-21 18:23:15

https://www.cp2k.org/howto:biochem_qmmm

Parmed reads the prmtop file and allows you to modify the parameters defined in it. The parmed command we are going to use is: changeLJSingleType, which changes the LJ type for all of the atoms that share the LJ type, or addLJType, for more selective modifications. We will change their LJ parameters to those of a GAFF2 type alcohol that has 0.3019 0.047 values for the LJ type.

在这里例子里面有提到，但是也不知道合理不合理，
在cp2k的google group 问过，但是没有人回答

wuzhiyi · 发表于 Post on 2021-6-21 18:32:41

https://manual.gromacs.org/docum ... d-interactions.html
看combination rules

马博士 · 发表于 Post on 2021-6-24 09:33:36

beyond 发表于 2021-6-21 18:23
https://www.cp2k.org/howto:biochem_qmmm

Parmed reads the prmtop file and allows you to modify the ...

我也是，发过几次邮件到论坛里，一直都没收到回信

马博士 · 发表于 Post on 2021-6-24 09:39:27

wuzhiyi 发表于 2021-6-21 18:32
https://manual.gromacs.org/documentation/2019-rc1/reference-manual/functions/nonbonded-interactions. ...

非常感谢

tbw@zyc · 发表于 Post on 2022-12-4 18:09:46

楼主你的问题解决了吗？我遇到了和你leis 的问题，发现是水分子结构很奇怪可能是受到周围S- 离子的影响

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[Amber] QMMM中QM区和MM区分子之间的LENNARD-JONES势设定

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