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楼主 Author: 风飞
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[CP2K] 使用CP2K 做分子动力学模拟,气固模型 建模求助

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发表于 Post on 2021-7-14 22:40:32 | 只看该作者 Only view this author
风飞 发表于 2021-7-14 18:45
老师, 我已经修改了上述内容,
抱歉,是我弄糊涂了,我理了一下,请问关于热浴时间常数理解是如下这样 ...

1 是
2 这和热浴没直接关系。初速度太大导致一开始崩溃了,热浴都还没来及生效
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-15 10:09:55 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 风飞 于 2021-7-15 12:31 编辑
sobereva 发表于 2021-7-14 22:40
1 是
2 这和热浴没直接关系。初速度太大导致一开始崩溃了,热浴都还没来及生效

嗯, 好的, 谢谢老师,我尝试了一下:目标温度为973 K, 热浴时间常数是400 fs, 使用的是CSVR热浴,步长是1 fs, 跑了1300多步,温度和能量随时间的变化如下,感觉温度偏离的有些多,请问是理解为还没有达到平衡呢?还是因为热浴时间常数太大,导致还没有达到目标温度呢?可是,目前的温度明显高于973 K,应该是到了,但是不稳定,感觉起伏太大了,请问这个怎么调节呢?



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发表于 Post on 2021-7-15 12:29:43 | 只看该作者 Only view this author
风飞 发表于 2021-7-15 10:09
嗯, 好的, 谢谢老师,我尝试了一下:目标温度为973K, 热浴时间常数是400fs, 使用的是CSVR热浴,热浴的 ...

没有“热浴的步长”一说

再继续跑跑
另外,时间常数400 fs略大,我大多都用200 fs
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-17 22:05:57 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 风飞 于 2021-7-17 22:07 编辑
sobereva 发表于 2021-7-15 12:29
没有“热浴的步长”一说

再继续跑跑

老师, 您好,我已修改上述错误描述。此外,我尝试使用热浴时间常数200 fs 和400 fs ,目标温度为973K, 步长1fs, 进行模拟,得到的温度随时间的变化如下图,感觉都是偏离目标温度,请问是不是我的其他参数设置有问题呢?
我的输入文件如下:
MgAl2O4-14W-MD.inp (27.97 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)


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发表于 Post on 2021-7-17 23:41:43 | 只看该作者 Only view this author
再继续跑
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-20 14:51:43 | 只看该作者 Only view this author

老师,您好,我现在跑了3925步(3925fs),温度和能量随时间的变化如下,感觉还是没有达到目标温度的趋势,请问是继续跑了,还是?

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发表于 Post on 2021-7-20 18:42:43 | 只看该作者 Only view this author
风飞 发表于 2021-7-20 14:51
老师,您好,我现在跑了3925步(3925fs),温度和能量随时间的变化如下,感觉还是没有达到目标温度的趋势 ...

也许和当前设热浴的部分与设了FIXED_ATOMS的部分有直接成键作用有关,不好说。姑且用当前的结果应该也能说明实际问题
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-22 21:11:23 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 风飞 于 2021-7-22 21:36 编辑
sobereva 发表于 2021-7-20 18:42
也许和当前设热浴的部分与设了FIXED_ATOMS的部分有直接成键作用有关,不好说。姑且用当前的结果应该也能 ...

嗯, 老师,我尝试减少固定原子的数目,又跑了1600多步, 温度还是向之前一样,一直呈现上升趋势,没有稳定趋势,
我固定原子和热浴原子的情况如下,您看是否有问题呢?固定原子部分和热浴部分的确有成键作用,但是感觉不可避免,请问是否有改进建议呢?此外,热浴和固定原子部分的输入文件如下:
如果实在不行,就只能用当前结果了








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发表于 Post on 2021-7-23 03:40:26 | 只看该作者 Only view this author
风飞 发表于 2021-7-22 21:11
嗯, 老师,我尝试减少固定原子的数目,又跑了1600多步, 温度还是向之前一样,一直呈现上升趋势,没有稳 ...

我个人也没什么额外建议,更多的只有开发者能给出comment了,可以到邮件列表问问
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发表于 Post on 2021-7-23 03:52:37 | 只看该作者 Only view this author
我觉得你最好找找相关的文献,看看别人怎么模拟的,否则可能会白费工夫。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-23 13:41:27 | 只看该作者 Only view this author
get-it 发表于 2021-7-23 03:52
我觉得你最好找找相关的文献,看看别人怎么模拟的,否则可能会白费工夫。

嗯,相关文献,我综合起来看过, 但是他的描述都没那么的细,请问您那边是否有推荐呢?我主要是做固体表面的吸附反应动力学

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-23 13:41:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-23 03:40
我个人也没什么额外建议,更多的只有开发者能给出comment了,可以到邮件列表问问

嗯, 好的 谢谢老师,我也再去找找

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-25 05:51:58 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 风飞 于 2021-7-26 12:14 编辑
sobereva 发表于 2021-7-23 03:40
我个人也没什么额外建议,更多的只有开发者能给出comment了,可以到邮件列表问问

老师,您好,

1.  请问对于气固模型,在进行表面吸附构型以及吸附能等相关研究时,往往需要固定固体表面模型的底部原子,请问对于在高温下进行AIMD模拟时,请问还需要固定底部原子吗?

2.  此外,在使用CP2K跑AIMD时,有如下两种设置:设置1(不固定底部原子,且只热浴指定范围原子) 和 设置2(固定底部原子且热浴非固定原子),请问设置1和设置2的区别是?
    我的理解是,设置1,底部原子会随着热浴原子的运动而运动,即底部原子坐标会变化;
                      设置2, 底部原子不会随着热浴原子的运动运动,即底部原子坐标不会发生变化;
    请问是这样的理解的吗?
3. 此外,请问在高温下(973K)下进行NVT模拟时,请问需要设置TEMP_TOL的值吗?  默认值为0









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发表于 Post on 2021-7-26 01:06:29 | 只看该作者 Only view this author
风飞 发表于 2021-7-25 05:51
老师,您好,

1.  请问对于气固模型,在进行表面吸附构型以及吸附能等相关研究时,往往需要固定固体表 ...

1 需

2 “且热浴固定原子外的原子”语义不明。如果是指不固定的部分使用热浴,是这样

3 一般用默认的0就行。如果不为零,则实际温度与参考温度偏差超过这个值,会被强行scale到这个范围内
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-26 12:57:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-26 01:06
1 需

2 “且热浴固定原子外的原子”语义不明。如果是指不固定的部分使用热浴,是这样

嗯,好的  谢谢老师,语义不明处已修改,

按照您说的,对于气固模型需要固定原子,

对于之前的问题,我在CP2K的邮件列表问了, 有老师说让我分段进行:
他的建议描述如下:
I forgot to mention, when all commented things work well, if you want to thermalize the system after running a production dynamics, it is advisable to run the thermalization in two steps instead of just one run. I use a two step procedure, running first a thermalization with a short TIMECON (50 or 100 fs) and REGION MASSIVE, to have a strong coupling and fast temperature stabilization, then restart using a higher TIMECON (200 fs or what you want for production) and REGION GLOBAL, restarting the thermostat between step 1 and 2. With this procedure usually you obtain a better thermalization in a short number of steps.’

我尝试了该的方式,发现使用REGION MASSIVE 时和原子位置固定有冲突,但是和热浴原子范围没有冲突,请问我在原子固定的设置方面也是使用分段进行呢?还是?
即,在到达目标温度前,使用REGION MASSIVE  且不固定原子,但是热浴指定原子,到达稳定的目标温度后,设置REGION GLOBA,且开始对非热浴区域进行固定
此外,请问对于TEMP_TOL=0 这个参数,请问对于当温度偏差多大的时候,使用合适呢?
我尝试,在目标温度973K的条件下,使用TEMP_TOL=0,REGION GLOBA   没有固定原子,跑了1.5 ps   发现温度偏差是-29K-42K(即944-1014K) ,请问有必要使用TEMP_TOL这个参数吗?



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