使用CP2K 做分子动力学模拟，气固模型 建模求助

风飞

sobereva 发表于 2021-7-26 01:06
1 需

2 “且热浴固定原子外的原子”语义不明。如果是指不固定的部分使用热浴，是这样

嗯，好的  谢谢老师，语义不明处已修改，

按照您说的，对于气固模型需要固定原子，

对于之前的问题，我在CP2K的邮件列表问了， 有老师说让我分段进行：
他的建议描述如下：
I forgot to mention, when all commented things work well, if you want to thermalize the system after running a production dynamics, it is advisable to run the thermalization in two steps instead of just one run. I use a two step procedure, running first a thermalization with a short TIMECON (50 or 100 fs) and REGION MASSIVE, to have a strong coupling and fast temperature stabilization, then restart using a higher TIMECON (200 fs or what you want for production) and REGION GLOBAL, restarting the thermostat between step 1 and 2. With this procedure usually you obtain a better thermalization in a short number of steps.’

我尝试了该的方式，发现使用REGION MASSIVE 时和原子位置固定有冲突，但是和热浴原子范围没有冲突，请问我在原子固定的设置方面也是使用分段进行呢？还是？
即，在到达目标温度前，使用REGION MASSIVE  且不固定原子，但是热浴指定原子，到达稳定的目标温度后，设置REGION GLOBA，且开始对非热浴区域进行固定
此外，请问对于TEMP_TOL=0 这个参数，请问对于当温度偏差多大的时候，使用合适呢？
我尝试，在目标温度973K的条件下，使用TEMP_TOL=0，REGION GLOBA   没有固定原子，跑了1.5 ps   发现温度偏差是-29K-42K（即944-1014K） ，请问有必要使用TEMP_TOL这个参数吗？

chen0201

风飞 发表于 2021-7-14 11:14
老师，您好，在文献中看到大多数动力学模拟都有一个预平衡的阶段，然后是采样阶段，此外，感觉大多数文献 ...

您好，我想请问一下，预平衡和平衡的温度设置关键参数怎么设置呢？

sobereva

chen0201 发表于 2023-3-14 21:41
您好，我想请问一下，预平衡和平衡的温度设置关键参数怎么设置呢？

“平衡”指代不明

预平衡的情况，如果想让温度尽快平衡到参考温度，就把热浴的时间常数用小点的，比如50至100（Multiwfn创建的输入文件里默认用200，适合产生相使用）