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楼主 Author: sobereva
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[Molclus] gentor:扫描方式做分子构象搜索的便捷工具

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发表于 Post on 2022-11-16 15:09:43 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 hmx 于 2022-11-16 15:13 编辑

老师您好 想请问一下 我使用的是gentor筛选的氨基酸结构 使用的初始构型为质子化的氨基和去质子化的羧基但是通过gentor和用molclus调用MOPAC初优化之后 这个氨基上的氢会转移到羧基上 尝试使用了示例中固定原子一同旋转也没有解决 有什么办法可以不让它转移吗?

202211161507103879..png (82.1 KB, 下载次数 Times of downloads: 46)

202211161507103879..png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-17 01:53:50 | 只看该作者 Only view this author
带着隐式溶剂模型表现极性溶剂环境才能维持这种状态。真空下计算的话,自然质子会被COO-吸过去
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-11-17 10:42:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-17 01:53
带着隐式溶剂模型表现极性溶剂环境才能维持这种状态。真空下计算的话,自然质子会被COO-吸过去

原来如此 谢谢老师!那请问能gentor和MOPAC可以设定溶剂模型吗 如何设置呢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-17 16:15:33 | 只看该作者 Only view this author
hmx 发表于 2022-11-17 10:42
原来如此 谢谢老师!那请问能gentor和MOPAC可以设定溶剂模型吗 如何设置呢

溶剂模型跟gentor无关
MOPAC里用eps=xxx设置溶剂的介电常数为xxx,显然修改模板文件即可
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-2-19 14:12:06 | 只看该作者 Only view this author
Sober老师,您这篇讲的是在Linux系统下面计算是吗?在Windows下能调用Gaussian吗?我试了几次,没反应,不知道是我操作错了还是必须得用Linux?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-19 14:39:45 | 只看该作者 Only view this author
qyyos 发表于 2024-2-19 14:12
Sober老师,您这篇讲的是在Linux系统下面计算是吗?在Windows下能调用Gaussian吗?我试了几次,没反应,不 ...


运行方式不对
参看北京科音基础(中级)量子化学培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KBQC_content.html)的ppt:




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发表于 Post on 2024-2-19 16:25:08 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 qyyos 于 2024-2-29 10:58 编辑
sobereva 发表于 2024-2-19 14:39

运行方式不对
参看北京科音基础(中级)量子化学培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KBQC_con ...
Sober老师,我按您说的用cmd运行molclus,报错信息如下: 这种是啥情况呢?我把文件放在附件,能麻烦您帮忙看一下吗?试错了几天实在是不知道怎么办了

All frames in the inputted trajectory file will be processed
forrtl: severe (59): list-directed I/O syntax error, unit -5, file Internal List-Directed Read
Image              PC        Routine            Line        Source
molclus.exe        00F3B5C9  Unknown               Unknown  Unknown
molclus.exe        00F2C7F3  Unknown               Unknown  Unknown
molclus.exe        00F2AD11  Unknown               Unknown  Unknown
molclus.exe        00EF2C55  Unknown               Unknown  Unknown
molclus.exe        00F8148F  Unknown               Unknown  Unknown
molclus.exe        00F8188A  Unknown               Unknown  Unknown
KERNEL32.DLL       7686FCC9  Unknown               Unknown  Unknown
ntdll.dll          77B87C5E  Unknown               Unknown  Unknown
ntdll.dll          77B87C2E  Unknown               Unknown  Unknown

54}F]X(PKK8R9`G}]3IHH7S.png (103.24 KB, 下载次数 Times of downloads: 28)

54}F]X(PKK8R9`G}]3IHH7S.png

settings.ini

3.59 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

template.gjf

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traj.xyz

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发表于 Post on 2024-4-8 20:57:32 | 只看该作者 Only view this author
感谢sob老师!我今天实操试验我的分子的时候偶然发现实例2中用RI-PWPB95-D3(BJ)/def2-QZVPP去算单点能的那一段inp文件中多了一行noautostart,如果没有注意到这个会运行报错“ERROR: expect a '$', '!', '%', '*' or '[' in the input”

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-9 10:09:31 | 只看该作者 Only view this author
qaqfdmmj 发表于 2024-4-8 20:57
感谢sob老师!我今天实操试验我的分子的时候偶然发现实例2中用RI-PWPB95-D3(BJ)/def2-QZVPP去算单点能的那 ...

本来这就是ORCA的关键词,看手册
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发表于 Post on 2024-6-18 11:28:42 | 只看该作者 Only view this author
老师好,想问一下这个输入温度值300,是在isostat里直接输入“300K”吗?在另一篇文章里看到说是先输y,再输温度值,但是这两种方法按完回车后出现结果立马就闪退了,应该怎么让结果停在屏幕上呢。

202406181127586403..png (49.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

202406181127586403..png

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发表于 Post on 2024-6-18 13:23:08 | 只看该作者 Only view this author
lynn_nj 发表于 2024-6-18 11:28
老师好,想问一下这个输入温度值300,是在isostat里直接输入“300K”吗?在另一篇文章里看到说是先输y,再 ...

不带“K”,想要多少K,直接输入数字(像图里一样)

微信截图_20240618132219.png (142.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

像这样

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发表于 Post on 2024-6-18 20:06:51 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2024-6-18 13:23
不带“K”,想要多少K,直接输入数字(像图里一样)

感谢老师!按照这个,问题解决好啦

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迷茫的本科生一枚

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发表于 Post on 2024-9-21 06:26:03 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,如果我用gromacs进行动力学采样,但是我的体系是在二氯甲烷溶液中,此时跑动力学需要加溶剂形成溶剂包裹层来跑吗
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-21 23:26:27 | 只看该作者 Only view this author
2877321934 发表于 2024-9-21 06:26
请问老师,如果我用gromacs进行动力学采样,但是我的体系是在二氯甲烷溶液中,此时跑动力学需要加溶剂形成 ...

通常在二氯甲烷溶剂盒子里跑MD
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-9-22 05:53:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-9-21 23:26
通常在二氯甲烷溶剂盒子里跑MD

好的谢谢老师
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