gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具

ZCSco · 发表于 Post on 2016-8-10 12:50:22

sobereva 发表于 2016-8-10 12:34
先找一个构型下的过渡态，然后对这个过渡态结构用gentor产生各个二面角的各种可能情况的结构。优化的时 ...

嗯嗯，明白了，谢谢老师！

ZCSco · 发表于 Post on 2016-8-13 15:07:38

老师好，再请教一下，当生成过渡态的conformer结构时，因为过渡态原子距离比较远，程序判断为没有成键，所以并没有一起旋转。能否在定义转键的时候把要转的片段也定义进去呢？

sobereva · 发表于 Post on 2016-8-14 04:53:18

ZCSco 发表于 2016-8-13 15:07
老师好，再请教一下，当生成过渡态的conformer结构时，因为过渡态原子距离比较远，程序判断为没有成键，所 ...

我更新了一下gentor程序：

gentor.rar (238.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 27)

这个版本可以自定义连接关系、自己设判断成键的阈值，比如gentor.ini的内容：

7-13
e120
5-7
e120
1-5
critbond=1.15
3,6,1
3,8,1
5,7,0

复制代码

就代表两个原子间距离小于它们共价半径和的1.15倍就当成成键。然后再读取额外的设定，把3,6、3,8认为是成键，而把5,7取消成键。

你用用，如果能解决你的问题告诉我一声。

ZCSco · 发表于 Post on 2016-8-15 11:13:25

sobereva 发表于 2016-8-14 04:53
我更新了一下gentor程序：

试用了，很好用！谢谢老师

您是用判断成键的方法，比之前想的每一个都自己定义片段的方法还要方便许多，非常感谢！

ZCSco · 发表于 Post on 2016-11-4 09:44:50

老师好，想写一个类似gentor功能的code，以实现内转动势能面扫描、片段判断和标记、解离曲线扫描等，帮助我处理大批量的分子。想请教一下老师，程序的思路是怎样比较好。我有两种想法，一个是根据键长判断原子的连接关系，把所有有直接或间接联系的原子放进一个新的submolecule，然后再对它进行平移或者旋转；另一种是能不能通过openbabel把直角坐标转化成SMILE或别的分子标记格式，然后再判断是否为同一物种或片段，至于转键或拉伸键长的扫描，是不是用转换成内坐标的格式，然后再操作呢？其实用gentor就非常好了，但是我想把这个和其它后面的处理结合，所以希望能自己学着写一下。我程序方面很弱，不太清楚要怎样用代码实现对分子的相关操作，求指点，谢谢老师！

sobereva · 发表于 Post on 2016-11-4 14:46:10

ZCSco 发表于 2016-11-4 09:44
老师好，想写一个类似gentor功能的code，以实现内转动势能面扫描、片段判断和标记、解离曲线扫描等，帮助我 ...

可以参考truhlar组的MStor程序包里的confgen程序的源码

ZCSco · 发表于 Post on 2016-11-4 19:58:28

对哦！我咋没想到呢谢谢！！

杨小狗 · 发表于 Post on 2017-2-23 15:03:24

文中gentor.inp好像应该是gentor.ini
我正在学习，先按照例子操作操作
另外我有一个问题，购买molclus程序后可否放在SecureCRT中然后再调用集群主机中的动力学程序

sobereva · 发表于 Post on 2017-2-24 01:27:14

杨小狗发表于 2017-2-23 15:03
文中gentor.inp好像应该是gentor.ini
我正在学习，先按照例子操作操作
另外我有一个问题，购买molclus程 ...

molclus并不会调用动力学程序，而是把你单独用动力学程序跑好的xyz轨迹让molclus处理

杨小狗 · 发表于 Post on 2017-2-24 08:38:21

sobereva 发表于 2017-2-24 01:27
molclus并不会调用动力学程序，而是把你单独用动力学程序跑好的xyz轨迹让molclus处理

好的，谢谢老师我懂啦。

janihyhubo · 发表于 Post on 2017-3-7 11:59:58

Sob社长，您好，我按照您帖子里的例子正常运行了，但是一到我自己的分子就成功不了，下面，分别是对应的输入输出文件，我只是想要旋转一个C-H键，但是得到的输出文件，坐标完全一样，麻烦您帮忙看一下，谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2017-3-7 14:09:08

janihyhubo 发表于 2017-3-7 11:59
Sob社长，您好，我按照您帖子里的例子正常运行了，但是一到我自己的分子就成功不了，下面，分别是对应的输 ...

H又没连着其它基团，你转动C-H，显然结构看不出变化

mooninwhere · 发表于 Post on 2017-4-25 20:17:52

感谢大神的介绍！

维维最爱小黄人 · 发表于 Post on 2017-5-28 09:58:51

老师，我在最后调用gaussian进行优化的时候，molclus只一下就闪退，生成的gau.gif里只有一个结构的坐标，是gaussian的原因么？

sobereva · 发表于 Post on 2017-5-28 12:38:29

维维最爱小黄人发表于 2017-5-28 09:58
老师，我在最后调用gaussian进行优化的时候，molclus只一下就闪退，生成的gau.gif里只有一个结构的坐标，是 ...

估计你没正确写模板文件，导致也因此没法正确产生高斯输入文件

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[Molclus] gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具