gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具

小苹果 · 发表于 Post on 2017-7-9 08:34:43

运行gentor for linux 版，出现如下错误，而运行win版本正常得到结果，请问为什么？谢谢！

Criterion for determining bonding: 1.1500
Recognized bonds:
1 - 9 1 - 21 2 - 11 2 - 22 3 - 6 3 - 19 3 - 20 4 - 5 4 - 6 4 - 12 4 - 13 5 - 7 5 - 8 6 - 14 6 - 15 7 - 9 7 - 16 8 - 10 8 - 17 9 - 11 10 - 11 10 - 18

At line 70 of file gentor.f90 (unit = 10, file = 'gentor.ini')

Fortran runtime error: End of file

sobereva · 发表于 Post on 2017-7-9 09:06:06

小苹果发表于 2017-7-9 08:34
运行gentor for linux 版，出现如下错误，而运行win版本正常得到结果，请问为什么？谢谢！

Criterion f ...

gentor.ini末尾加几个空行再试

小苹果 · 发表于 Post on 2017-7-9 09:31:03

一个空行，解决问题，谢谢！

茶新味 · 发表于 Post on 2017-8-15 08:35:55

Sob老师，读不懂您说的什么意思，文中“我们用molclus调用MOPAC2012在PM7级别下对各个结构进行优化。把traj.xyz放到molclus目录下，确认MOPAC的模板输入文件里的关键词是PM7 precise，确保molclus的settings.ini的文件里的iprog为2。然后启动molclus，程序就会调用MOPAC进行优化“那我是放在molclus-MOPAC2012下，还是molclus-1.3.5-Win-free下面呢？软件中的genmer又有什么作用呢？有没有直接调用Gauss的方法。

sobereva · 发表于 Post on 2017-8-15 12:07:37

茶新味发表于 2017-8-15 08:35
Sob老师，读不懂您说的什么意思，文中“我们用molclus调用MOPAC2012在PM7级别下对各个结构进行优化。把traj ...

molclus帖子一开头就给出了genmer的帖子
genmer：生成团簇初始构型的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2369

怎么调用Gaussian在贴子里说得很详细了

文中已经说了，traj.xyz必须放在molclus目录下，从来没说要放到MOPAC目录下

茶新味 · 发表于 Post on 2017-9-4 10:54:58

Sob老师，您好。我想请教一下，您帖子里说先molclus调用MOPAC2012在PM7级别下对各个结构进行优化，删掉之前的traj.xyz，把cluster.xyz改名为traj.xyz使得刚才优化好的结构作为初始结构，再调用Gaussian，那可不可以直接把gentor输出的traj.xyz直接用molclus调用Gaussian来优化呢？

sobereva · 发表于 Post on 2017-9-4 11:19:32

茶新味发表于 2017-9-4 10:54
Sob老师，您好。我想请教一下，您帖子里说先molclus调用MOPAC2012在PM7级别下对各个结构进行优化，删掉之前 ...

可

茶新味 · 发表于 Post on 2017-9-4 14:49:16

Sob老师，用Gaussian程序的人比较多，是不是可以分开写分别用MOPAC2012和Gaussian的，而不是混合写在一起，这样可能看起来会不会更简明一些呢。我按照帖子算例，把traj.xyz放到molclus目录下，把settings里面改成1，然后启用molclus程序，闪一下就关闭了，没有显示调动起来Gaussian程序，也没有结果输出在isostat里，请问怎么回事呢？是哪里有问题吗

茶新味 · 发表于 Post on 2017-9-4 21:00:45

Sob老师，按照帖子算例，直接调用高斯程序，不用MOPAC2012其中setting中的ieneonly设为1还是0呢，直接调用高斯总会出现图一的错误，isostat里面没有输出文件，图二到图四分别是我在setting，template1和template2设置的关键字，请问Sob老师，是什么原因算不过去呢？

sobereva · 发表于 Post on 2017-9-4 22:56:11

茶新味发表于 2017-9-4 14:49
Sob老师，用Gaussian程序的人比较多，是不是可以分开写分别用MOPAC2012和Gaussian的，而不是混合写在一起， ...

完全没有必要分开，不会造成任何使用上的麻烦，只会增加便利

sobereva · 发表于 Post on 2017-9-4 22:57:16

茶新味发表于 2017-9-4 21:00
Sob老师，按照帖子算例，直接调用高斯程序，不用MOPAC2012其中setting中的ieneonly设为1还是0呢，直接调用 ...

molclus帖子里写得很明确：
gaussian_path：Gaussian的可执行文件的路径，比如"/sob/g09/g09"、"d:\study\g09w\g09.exe"。也可以只写"g09"，前提是程序所在目录已经加入到了PATH环境变量里。如果路径中有空格，则必须有双引号，没空格的话无所谓，后同

不要指向g09w.exe

茶新味 · 发表于 Post on 2017-9-5 08:06:30

Sob老师，您好。

路径问题按照您说的改好了改好了，可是算的过程中出现了图一的错误，算出的gau.gif都打不开，isostat里面没有输出文件。Sob老师的帖子是在MOPAC2012计算的基础上得到可靠的数据再用高斯，我直接用Gaussian顺序是不是应该先优化ieneonly设为0，在计单点ieneonly设为1呢？

sobereva · 发表于 Post on 2017-9-5 10:59:07

茶新味发表于 2017-9-5 08:06
Sob老师，您好。路径问题按照您说的改好了改好了，可是算的过程中出现了图一的错误，算出的gau.gif都打 ...

单点还是优化随意，没有顺序，molclus的执行流程是超级灵活的
当前没设GAUSS_EXEDIR所致

茶新味 · 发表于 Post on 2017-9-5 14:03:02

谢谢Sob老师，非常受用。

ggdh · 发表于 Post on 2018-6-25 13:50:56

本帖最后由 ggdh 于 2018-6-26 09:46 编辑

今天使用gentor,目的是扫描一个二面角，产生大量xyz文件后，转成gaussian09输入文件，然后计算某些性质，在sob帮助下解决了，分享在此：
1.使用脚本产生大量角度
假设想转60度，每0.3度转一次，那么一共会产生60/0.3=200个结构，这样手动输入比较麻烦
在linux下可以输入
for i in `seq 200`; do echo -n `echo "$i*0.3" | bc`" " ; done >> gentor.ini
在window下可以
用excel生成个数列，然后把换行符替换成空格填进gentor.ini

2.把traj.xyz分割成多个文件，需要安装obabel
obabel -i xyz traj.xyz -o xyz -m -O confor.xyz
这时会产生confor1.xyz confor2.xyz ....... confor200.xyz 每个xyz中一个结构。
然后用脚本把这些xyz转换为gjf文件，或者orca的输入文件，就可以为所欲为了

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