gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具

sobereva · 发表于 Post on 2018-6-25 19:32:20

ggdh 发表于 2018-6-25 13:50
今天使用gentor,目的是扫描一个二面角，产生大量xyz文件后，转成gaussian09输入文件，然后计算某些性质，在 ...

刚更新了molclus 1.4.3版，现在里面的gentor可以用比如e5 120 140来让片段依次旋转120,125,130,135,140度，也可以用e-5 140 120来反过来扫。

Daniel_Arndt · 发表于 Post on 2018-11-3 05:51:24

我想问一下，gentor或者MSTor中的ConfGen能否应用于一些大环化合物的构象搜索？

sobereva · 发表于 Post on 2018-11-3 07:49:33

Daniel_Arndt 发表于 2018-11-3 05:51
我想问一下，gentor或者MSTor中的ConfGen能否应用于一些大环化合物的构象搜索？

不能。因为旋转环当中的一个键会导致环的破坏

Daniel_Arndt · 发表于 Post on 2018-11-6 03:35:49

sobereva 发表于 2018-11-3 07:49
不能。因为旋转环当中的一个键会导致环的破坏

多谢。看来我只能尝试分子动力学的方法了。

TMULYU · 发表于 Post on 2019-1-24 10:56:54

我是一个研一小菜鸟，请问您，我目前在处理一个柔性比较大的链状分子，先做构象搜索，然后优化，打算找全局的最优构象，但是需要考虑的键10-12个，整个分子有86个原子，其他软件也试过，系统搜索什么的，但是构象太多，最后以失败告终，请问可以用您的这个软件吗，您可以分享给我一些思路吗

黎明前夜 · 发表于 Post on 2019-1-27 16:47:15

你好老师，我想问一下出现图一上面的找不到*.out是什么意思，我哪里弄错了么？始终无法攻克这一步，望指点

sobereva · 发表于 Post on 2019-1-28 01:12:31

黎明前夜发表于 2019-1-27 16:47
你好老师，我想问一下出现图一上面的找不到*.out是什么意思，我哪里弄错了么？始终无法攻克这一步， ...

不是报错，不用管。本来当前就没有那些文件

sobereva · 发表于 Post on 2019-1-28 01:13:58

TMULYU 发表于 2019-1-24 10:56
我是一个研一小菜鸟，请问您，我目前在处理一个柔性比较大的链状分子，先做构象搜索，然后优化，打算找全局 ...

用gromacs做周期性模拟退火，把每次退火循环中对应0K的帧写入traj.xyz（用VMD可以导出此文件），比如这样搞出100帧或更多帧，再用molclus处理

黎明前夜 · 发表于 Post on 2019-1-28 22:43:10

本帖最后由黎明前夜于 2019-1-28 22:46 编辑

SOB老师，调用高斯的时候出现图1这样的情况，该如何解决呀，试了好多次没有攻克。先行感谢！

sobereva · 发表于 Post on 2019-1-28 23:06:09

黎明前夜发表于 2019-1-28 22:43
SOB老师，调用高斯的时候出现图1这样的情况，该如何解决呀，试了好多次没有攻克。先行感谢！

没有叫TZVP*的基组

黎明前夜 · 发表于 Post on 2019-1-28 23:38:32

可改成如图2那样子也会出现像图1一样的报错。。。

sobereva · 发表于 Post on 2019-1-29 00:08:40

黎明前夜发表于 2019-1-28 23:38
可改成如图2那样子也会出现像图1一样的报错。。。

如果你是Windows 32bit版Gaussian，显然%mem和%nproc不能设这么大，这里提了
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

sobereva · 发表于 Post on 2019-2-13 12:34:36

molclus 1.6已发布，见http://bbs.keinsci.com/thread-12134-1-1.html，其中对gentor做了更新，加入了扭转项间的同步旋转设定。本文也做了相应更新、添加了新的例子

胡说 · 发表于 Post on 2019-3-5 20:52:41

老师你好请教一个我在使用gentor和molclus时碰到的问题：
我用gentor旋转某些键产生了上千个结构，xtb优化后，使用isostat默认的能量和结构阈值可以得到三百多个结构，发现能量间相差很小，分布很密集，最大的能量差也小于2kcal/mol。用VMD观察，发现很多结构肉眼无法分辨差别。我不想只取前几或几十个结构DFT优化，但此步产生结构数量实在是多。
这种情况我想设大 isostat 阈值，能量设为0.5 kcal/mol 结构设为0.25 angstorm。这样最后产生的结构就只有几十个结构。用VMD观察产生的结构，也无觉得不妥。
请问这种情况下的这种做法是否安全可取？
谢谢。

sobereva · 发表于 Post on 2019-3-6 07:14:38

胡说发表于 2019-3-5 20:52
老师你好请教一个我在使用gentor和molclus时碰到的问题：
我用gentor旋转某些键产生了上千个结构，xtb ...

可取

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