gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具

胡说 · 发表于 Post on 2019-3-6 09:40:22

sobereva 发表于 2019-3-6 07:14
可取

多谢老师

cep · 发表于 Post on 2019-3-18 16:20:16

老师，像包结物AB，假设A分子是固定的，要想知道B分子位于A分子哪个位置比较好可以采用构象搜索吗？包结物AB之间没有键连接

sobereva · 发表于 Post on 2019-3-18 17:03:07

cep 发表于 2019-3-18 16:20
老师，像包结物AB，假设A分子是固定的，要想知道B分子位于A分子哪个位置比较好可以采用构象搜索吗？包结物A ...

这属于团簇构型搜索问题，应当用genmer，看
genmer：生成团簇初始构型的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

cep · 发表于 Post on 2019-3-18 21:13:08

sobereva 发表于 2019-3-18 17:03
这属于团簇构型搜索问题，应当用genmer，看
genmer：生成团簇初始构型的超便捷工具
http://bbs.keinsci ...

好的，谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2019-3-30 07:19:24

对本文进行了重要更新，增加了第4节，是xtb结合ORCA搜索高度柔性的尺寸不算小的分子构象的例子

happyknighthawk · 发表于 Post on 2019-3-30 16:28:25

Sob老师，有两个小问题想请教您：
1、对于存在柔性环系（如六元环、七元环等）的化合物，在构象搜索中需要涉及到类似船式、椅式这样的翻转，这个时候在gentor.ini中应如何设置，才能使环上的原子flip从而产生翻转的效果？
2、如果想比较客观的去比较和评价几款构象搜索软件在构象筛选过程中的表现（主要针对分子量大概在300—1000之间的、主要含CHON等原子的化合物），对于评价方法您有什么建议？
非常感谢您

sobereva · 发表于 Post on 2019-3-31 05:00:48

happyknighthawk 发表于 2019-3-30 16:28
Sob老师，有两个小问题想请教您：
1、对于存在柔性环系（如六元环、七元环等）的化合物，在构象搜索中需要 ...

1 这种情况应当做动力学，不适合gentor。如此文里的MD+molclus的做法
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html

2 分子量是次要的，关键是可旋转的键的数目
评价标准：
1 费用
2 能支持的理论方法种类、精度
3 确保找到能量最低构象花费的总耗时（这个最关键，但很不好严格比）
4 使用方便程度、支持的操作系统种类
5 使用流程的灵活性
6 对体系种类的普适性、体系里能存在的元素种类
等等

happyknighthawk · 发表于 Post on 2019-3-31 10:06:18

sobereva 发表于 2019-3-31 05:00
1 这种情况应当做动力学，不适合gentor。如此文里的MD+molclus的做法
使用molclus程序做团簇构型搜索和 ...

非常感谢Sob老师这么细致的回复，谢谢。

captain · 发表于 Post on 2019-4-1 11:48:26

请问大神
在这个ORCA计算中，
! RI-PWPB95 D3 def2-QZVPP def2/J def2-QZVPP/C RIJCOSX nopop gridx4 grid4 tightscf noautostart
辅助基组 def2-QZVPP/C 是用在相关部分计算中的吗？
不加 def2-QZVPP/C，也可以吧？

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-1 11:53:24

captain 发表于 2019-4-1 11:48
请问大神
在这个ORCA计算中，
! RI-PWPB95 D3 def2-QZVPP def2/J def2-QZVPP/C RIJCOSX nopop gridx4 gri ...

是
得加，要不然MP2部分RI没法用

captain · 发表于 Post on 2019-4-1 12:09:56

sobereva 发表于 2019-4-1 11:53
是
得加，要不然MP2部分RI没法用

明白了谢大神

asl1994 · 发表于 Post on 2019-5-11 16:54:53

老师，我参考实例1做了构想搜索，有个审稿人问在计算PM7结构时设置的energy cut-off是多少，但是好像没有特别设置，请问要如何回答呢？

sobereva · 发表于 Post on 2019-5-11 17:14:02

asl1994 发表于 2019-5-11 16:54
老师，我参考实例1做了构想搜索，有个审稿人问在计算PM7结构时设置的energy cut-off是多少，但是好像没有特 ...

我不知道你说的cutoff具体指什么
如果是指把相对于最低构象多少能量以下的取出来用于下一步精确计算，这个标准是你自己定的

sobereva · 发表于 Post on 2019-6-12 20:31:52

今日更新了molclus 1.8.4，其中gentor增加了critskip参数，可以设定初始结构中两个原子距离小于二者共价半径和的多少倍就被刨去。原先程序默认值是0.5，现在用户可以自己改了。

pcxlm1 · 发表于 Post on 2019-6-26 20:58:59

sob老师，请问我运行gentor以后输出的traj.xyz文件是空的，linux和windows版本都一样，这可能是什么原因？

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