gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-1 10:56:28

pcxlm1 发表于 2019-6-26 20:58
sob老师，请问我运行gentor以后输出的traj.xyz文件是空的，linux和windows版本都一样，这可能是什么原因？

仔细看gentor运行过程的提示，每个词都仔细看。如果正常运行完了，而且至少有一个是成功生成的，不可能是空的。

如果说不明白，把你的gentor.ini和相关的分子xyz文件都打包传上来

pcxlm1 · 发表于 Post on 2019-7-5 10:49:53

sobereva 发表于 2019-7-1 10:56
仔细看gentor运行过程的提示，每个词都仔细看。如果正常运行完了，而且至少有一个是成功生成的，不可能是 ...

压缩包内是我的mol.xyz和gentor.ini，结果显示应该289个构型生成，但是traj.xyz是空文件，请sob老师多指教。

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-5 16:07:51

pcxlm1 发表于 2019-7-5 10:49
压缩包内是我的mol.xyz和gentor.ini，结果显示应该289个构型生成，但是traj.xyz是空文件，请sob老师多指 ...

诸如e5 180 90应当写为e5 90 180，你的扫描是每步增大，不能初值比终值还大

pcxlm1 · 发表于 Post on 2019-7-6 16:56:58

sobereva 发表于 2019-7-5 16:07
诸如e5 180 90应当写为e5 90 180，你的扫描是每步增大，不能初值比终值还大

谢谢老师，已经解决了

欢乐多 · 发表于 Post on 2019-8-4 09:49:52

本帖最后由欢乐多于 2019-8-4 12:57 编辑

sob老师，将PM6-DH改为PM7后，将不能输出isomers文件，或者输出的isomers文件是空白的？这是MOPAC没有装好吗？怎么办？什么时候能把操作步骤做成视频或图像啊，这语言叙述的对于初学者很抽象。有些时候有一点不一样的，或者我们无意识做的不一样的，您的结果就出不来，而有时候都要折腾很长时间，心力交瘁，万念俱灰啊

sobereva · 发表于 Post on 2019-8-5 01:51:31

欢乐多发表于 2019-8-4 09:49
sob老师，将PM6-DH改为PM7后，将不能输出isomers文件，或者输出的isomers文件是空白的？这是MOPAC没有装好 ...

仔细查看输出文件，8成是关键词没写对

文中描述得非常清楚，在描述上已经极力避免歧义。注意理解文章每一步的命令的含义，这样有点自己理解不清楚的稍微一动脑就能弄明白

欢乐多 · 发表于 Post on 2019-8-5 14:09:40

sobereva 发表于 2019-8-5 01:51
仔细查看输出文件，8成是关键词没写对

文中描述得非常清楚，在描述上已经极力避免歧义。注意理解文章 ...

老师，安照博文，这一步过不去了。怎么回事，是高斯输入文件有问题吗？请老师指教

欢乐多 · 发表于 Post on 2019-8-5 15:04:56

sobereva 发表于 2019-8-5 01:51
仔细查看输出文件，8成是关键词没写对

文中描述得非常清楚，在描述上已经极力避免歧义。注意理解文章 ...

这一步MOPAC优化中将PM7 precise 改为M06-2X/def2-SVP,就不能优化了，烦请老师指教。

sobereva · 发表于 Post on 2019-8-6 07:46:39

欢乐多发表于 2019-8-5 14:09
老师，安照博文，这一步过不去了。怎么回事，是高斯输入文件有问题吗？请老师指教

文中明确写了关键词是M062X，你写成了M06-2X，不要随意自行发挥

sobereva · 发表于 Post on 2019-8-6 07:47:33

欢乐多发表于 2019-8-5 15:04
这一步MOPAC优化中将PM7 precise 改为M06-2X/def2-SVP,就不能优化了，烦请老师指教。

文中写明了，这步调用的是MOPAC，关键词也说了是PM7 precise，你怎么能把Gaussian里的关键词写到MOPAC模板文件里？

欢乐多 · 发表于 Post on 2019-8-6 17:08:04

sobereva 发表于 2019-8-6 07:46
文中明确写了关键词是M062X，你写成了M06-2X，不要随意自行发挥

老师，经过多次尝试，深入研究发现setting.int中itask改为0优化，计算才得以顺利进行。开心。

欢乐多 · 发表于 Post on 2019-8-6 17:26:28

本帖最后由欢乐多于 2019-8-6 17:34 编辑

sobereva 发表于 2019-8-6 07:47
文中写明了，这步调用的是MOPAC，关键词也说了是PM7 precise，你怎么能把Gaussian里的关键词写到MOPAC模 ...

好的，老师，多次琢磨尝试，setting.int中energyterm= MP2=改为energyterm= HF=,计算得以实现，此时，开心地发现余已初步掌握molclus的基本使用方法，内心开始清明，对诸多量化软件的使用逐步领悟，多日折腾与摸索，不懈追求与尝试开始出现了一点进步，但是对量化的认识还不是很清楚，还不知道符号背后的故事，希望参加即将到来的量化班培训，能够使自己对量化认识的更加清楚，同时，更希望能够学以致用，让博大精深的量化理论配合切实精妙的实践来提高我博士研究课题的质量，攻克实际研究过程中的壁垒，完美化解实验过程遇到的问题。

欢乐多 · 发表于 Post on 2019-10-1 15:53:40

本帖最后由欢乐多于 2019-10-1 16:14 编辑

sobereva 发表于 2019-3-31 05:00
1 这种情况应当做动力学，不适合gentor。如此文里的MD+molclus的做法
使用molclus程序做团簇构型搜索和 ...

老师，对于附图中这样的分子，进行构象搜索时，用gentor可以吗?还是用您说的MD程序？
我认为这样：这种类型的分子虽然存在船椅式的不同，不管用gentor还是MD，搜索到的构象进行优化，最终优化的结果区别应该不是很大。
当然，如果这样，gentor进行构象搜索太方便了。

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-3 03:26:26

欢乐多发表于 2019-10-1 15:53
老师，对于附图中这样的分子，进行构象搜索时，用gentor可以吗?还是用您说的MD程序？
我认为这样：这种 ...

若想考虑船式、椅式的差别，只能用MD产生初始的traj.xyz。xtb做基于GFN-xTB理论的MD还是挺快挺方便的，都不用管力场的事。实际上我之前就打算写个基于xtb做MD结合molclus做环状体系构象搜索的帖子，暂时没时间，这个月找时间写出来

欢乐多 · 发表于 Post on 2019-10-4 18:34:16

sobereva 发表于 2019-10-3 03:26
若想考虑船式、椅式的差别，只能用MD产生初始的traj.xyz。xtb做基于GFN-xTB理论的MD还是挺快挺方便的，都 ...

好的，老师，时刻关注xtb做分子模拟搜索构象的教程。

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