gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具

欢乐多 · 发表于 Post on 2019-10-25 23:45:33

本帖最后由欢乐多于 2019-10-26 00:22 编辑

sobereva 发表于 2019-10-3 03:26
若想考虑船式、椅式的差别，只能用MD产生初始的traj.xyz。xtb做基于GFN-xTB理论的MD还是挺快挺方便的，都 ...

老师，gentor构象搜索后，用xtb进行优化，优化结果能量排序，较低能量结构显示有些碳原子连在一起了，多出一个碳键（图1），还有一些结构显示很怪异（图2），这个怎办？
注：用的是molclus1.8.9；附件中有分子的初始结构，及构象搜索后用xtb优化的结果

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-26 05:00:13

欢乐多发表于 2019-10-25 23:45
老师，gentor构象搜索后，用xtb进行优化，优化结果能量排序，较低能量结构显示有些碳原子连在一起了，多 ...

图2的情况通常是整个isomers.xyz里有些结构和第一帧的成键关系不同所致。对于一个稳定的有机分子，应当批量优化出来的结构里成键关系都是相同的。
你的问题，有可能是对键的旋转设置有问题，导致初始结构里就有一些不甚合理，应当仔细检查traj.xyz；也有可能是当前计算级别对这个体系描述得不太理想。

IIIO_OIII · 发表于 Post on 2020-2-18 01:57:47

本帖最后由 IIIO_OIII 于 2020-2-18 02:46 编辑

社长，我用gentor产生构象的时候，氨基酸侧链末端的NH3不跟着相连的C一起走。用了windows版本molclus1.9.3。

找到原因了。初始构象里C-NH3键太长了, 所以没有被识别。打扰了。

Lx315 · 发表于 Post on 2020-5-25 17:07:51

老师，我在做分子构象搜索实例1：多巴胺（利用MOPAC+Gaussian）的时候出现一个问题，使用VMD查看traj.xyz初始结构是没有问题的，有九个构象，之后用MOPAC优化、运行isostat存在重复构象，排序出来的cluster.xyz就只有四个构象了，我不知道是哪出了问题，是用MOPAC优化出了问题吗？

snljty · 发表于 Post on 2020-5-25 18:26:10

Lx315 发表于 2020-5-25 17:07
老师，我在做分子构象搜索实例1：多巴胺（利用MOPAC+Gaussian）的时候出现一个问题，使用VMD查看traj.xyz初 ...

这不是再正常不过了么...

sobereva · 发表于 Post on 2020-5-26 16:14:28

Lx315 发表于 2020-5-25 17:07
老师，我在做分子构象搜索实例1：多巴胺（利用MOPAC+Gaussian）的时候出现一个问题，使用VMD查看traj.xyz初 ...

去除重复的可不就减少了么

Lx315 · 发表于 Post on 2020-5-26 17:43:53

sobereva 发表于 2020-5-26 16:14
去除重复的可不就减少了么

可是为什么我的用MOPAC优化后会有重复构象，我问了同学们都没有这个问题，我用gaussview建立了好多次初始结构都还是有这个问题，用同学给我的数据就没有这个问题了。

sobereva · 发表于 Post on 2020-5-27 05:07:26

Lx315 发表于 2020-5-26 17:43
可是为什么我的用MOPAC优化后会有重复构象，我问了同学们都没有这个问题，我用gaussview建立了好多次初始 ...

显然取决于初始结构，两个初始结构都在同一个势能面极小点附近自然会收敛到同一个结构取。仔细看molclus的教程
倘若不可能有重复构象的话isostat去重的功能还有什么意义

赤铜彩皮兽 · 发表于 Post on 2020-8-14 09:51:40

老师好，我用gentor进行化学键旋转，但是所有的构型都没有通过distance check，我的结构实际上是一个自由基，请问出现这样的结果应该如何解决好呢？
216 conformations were originally generated
216 conformations did not pass distance check and thus be ignored
Final number of conformations: 0

sobereva · 发表于 Post on 2020-8-15 09:57:11

赤铜彩皮兽发表于 2020-8-14 09:51
老师好，我用gentor进行化学键旋转，但是所有的构型都没有通过distance check，我的结构实际上是一个自由基 ...

我得有你的具体输入文件才能判断

赤铜彩皮兽 · 发表于 Post on 2020-8-15 10:54:21

sobereva 发表于 2020-8-15 09:57
我得有你的具体输入文件才能判断

你好老师，这个是我的xyz文件和gentor的配置文件，可以帮我看看问题出在哪么？

sobereva · 发表于 Post on 2020-8-16 10:35:46

赤铜彩皮兽发表于 2020-8-15 10:54
你好老师，这个是我的xyz文件和gentor的配置文件，可以帮我看看问题出在哪么？

写成这样
2-4
e15

critskip=0.75

默认的阈值有点太严，会导致氰基的C、N原子间距离被认为太近而导致通不过检测。下个版本会改进这一点。

SSSjjjiao · 发表于 Post on 2020-9-19 14:24:08

高斯装在服务器上，是不是mopac 也要装在服务器上 moclus也要装在服务器上，有在服务器上安装的方法吗？我没有在服务器上安装过软件

sobereva · 发表于 Post on 2020-9-20 08:14:28

SSSjjjiao 发表于 2020-9-19 14:24
高斯装在服务器上，是不是mopac 也要装在服务器上 moclus也要装在服务器上，有在服务器上安装的方法吗？我 ...

MOPAC的安装方法
http://sobereva.com/262（http://bbs.keinsci.com/thread-303-1-1.html）
molclus不需要安装，直接用。

不会就摸索，或者找懂的人告诉你

tiaozi · 发表于 Post on 2020-10-28 17:15:30

谢谢老师

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