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楼主 Author: sobereva
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[Molclus] gentor:扫描方式做分子构象搜索的便捷工具

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发表于 Post on 2020-11-7 20:01:06 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,我按照步骤学习。当做到下面这一步时:“然后把settings.ini里的iprog设为1,itask设为1。Gaussian模板文件template.gjf里面关键词写M062X/TZVP,并设好%nproc和%mem。然后启动molclus。算完之后能量都会记录到当前目录下的isomer.xyz中。运行isostat,按三次回车对isomer.xyz进行统计,结果为.....”
我按照步骤把iprog设为1,itask设为1,然后把Gaussian模板文件template.gjf里面的“# B3LYP/6-31G* em=GD3BJ OPT” 改为“# M062X/TZVP em=GD3BJ”。template2.gjf里面的内容没有改动,然后三次回车后,界面闪退是什么原因?感谢老师指点迷津!

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发表于 Post on 2020-11-8 14:39:29 | 只看该作者 Only view this author
jingetiema6112 发表于 2020-11-7 20:01
sob老师您好,我按照步骤学习。当做到下面这一步时:“然后把settings.ini里的iprog设为1,itask设为1。Gau ...

你为什么要去掉OPT?
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

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发表于 Post on 2020-11-8 18:27:37 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-11-8 14:39
你为什么要去掉OPT?

你好, 这一步按照步骤是算单点能,并且运行后系统也提示了,不应出现opt关键词

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-8 19:13:33 | 只看该作者 Only view this author
jingetiema6112 发表于 2020-11-7 20:01
sob老师您好,我按照步骤学习。当做到下面这一步时:“然后把settings.ini里的iprog设为1,itask设为1。Gau ...

每次按回车后都仔细阅读屏幕上的提示。第三次回车对应的是结束isostat,此时结果文件cluster.xyz就已经在当前目录下了
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发表于 Post on 2020-11-9 17:03:06 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 jingetiema6112 于 2020-11-9 17:50 编辑
sobereva 发表于 2020-11-8 19:13
每次按回车后都仔细阅读屏幕上的提示。第三次回车对应的是结束isostat,此时结果文件cluster.xyz就已经在 ...

谢谢老师指导。现在存在的问题按照帖子教程算单点能,把Gaussian模板文件template.gjf里面的“# B3LYP/6-31G* em=GD3BJ OPT” 改为“# M062X/TZVP em=GD3BJ”。template2.gjf里面的内容没有改动,启动molclus直接闪退,一开始以为是高斯路径没设置对,设置后还是闪退

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-10 03:27:55 | 只看该作者 Only view this author
jingetiema6112 发表于 2020-11-9 17:03
谢谢老师指导。现在存在的问题按照帖子教程算单点能,把Gaussian模板文件template.gjf里面的“# B3LYP/6- ...

这是量子化学和Gaussian的基本知识问题,和molclus没有直接关系
此文里明确说了M06-2X不能搭配D3(BJ)
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210

你先确保用当前关键词能跑完一个最简单体系
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发表于 Post on 2020-11-10 08:10:12 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 jingetiema6112 于 2020-11-10 20:21 编辑
sobereva 发表于 2020-11-10 03:27
这是量子化学和Gaussian的基本知识问题,和molclus没有直接关系
此文里明确说了M06-2X不能搭配D3(BJ)
D ...

好的,感谢老师指导。 这个问题已解决。还有以下几个问题请老师指导:
1、写gentor.ini文件时,能旋转的单键可以做个大致判断,但是旋转角度如何选择呢,如60  120  180.....
2.研究对象是柔性环系(如六元环、七元环等)的化合物时,如果该化合物有单晶结构,并且我只想改变环状化合物侧链的官能团,不改变环的母体结构。此时是不是直接从导出的单晶结构上修饰就行了,就不用考虑环的构象搜寻了?直接可以用gentor?
3.如果需要考虑环状区域的构象搜寻时,需要用molclus+MD。但是电脑是win的,好像跑不了xtb。麻烦老师给推荐一下适用于win的速度比较快的MD软件。个人台式机核数太少(4核)
4.生成cluster.xyz拖到VMD窗口时,显示的结构有0 1 2 3(图1),这个顺序是对应运行isostat输出图2中的1count   2count   3count 4count还是运行isostat输出energy of isomer 1,energy of isomer 2, energy of isomer 3,energy of isomer 4?
谢谢老师

1.jpg (294.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 70)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-11 00:48:40 | 只看该作者 Only view this author
jingetiema6112 发表于 2020-11-10 08:10
好的,感谢老师指导。 这个问题已解决。还有以下几个问题请老师指导:
1、写gentor.ini文件时,能旋转的 ...

1 对于sp3杂化的,通常就是每120旋转一次。如果缺乏化学直觉,用此文的做法自动产生:
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html

2 是

3 论坛里有windows版xtb
http://bbs.keinsci.com/thread-18116-1-1.html

你装个虚拟机跑xtb也一样,我经常在Win7 64bit主机下用VMware虚拟机里的CentOS客户机跑xtb

4 就是截图里最后输出的那四个,即经过去重和能量排序的最终结果
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本帖最后由 jingetiema6112 于 2020-11-13 20:08 编辑
sobereva 发表于 2020-11-11 00:48
1 对于sp3杂化的,通常就是每120旋转一次。如果缺乏化学直觉,用此文的做法自动产生:
将Confab或Frog2 ...

收到,感谢老师详细解答
老师,又产生了一个疑问,文中提到”e60   //每60度旋转一次直到360度”。60度在空间中试如何旋转的?比如说甲苯,Ring-CH3这个单键,是像打开的雨伞那样旋转呢?还是像胳膊肘屈伸一样,可以沿垂直苯环的面的方向上转动呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-15 08:46:55 | 只看该作者 Only view this author
jingetiema6112 发表于 2020-11-11 10:05
收到,感谢老师详细解答
老师,又产生了一个疑问,文中提到”e60   //每60度旋转一次直到360 ...

显然是绕着键轴旋转。本帖里都有动画演示了
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发表于 Post on 2020-11-15 12:23:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-15 08:46
显然是绕着键轴旋转。本帖里都有动画演示了

好的 ,谢谢老师解答,再认真学习下

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发表于 Post on 2020-12-13 21:27:26 | 只看该作者 Only view this author
sober老师,我想问一下我利用MOPAC+Gaussian搜索柔性小分子分子构象时发现用Gaussian在更好的M06-2X/TZVP级别下对它们算单点能这一步启动molclus没有反应,isomer.xyz里面是空文件这是什么原因呢
我的template.gjf文件内容是
%nproc=2
%mem=2GB
# M062X/TZVP

Template file

0 1
[GEOMETRY]

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发表于 Post on 2020-12-14 00:09:58 | 只看该作者 Only view this author
华理小妮 发表于 2020-12-13 21:27
sober老师,我想问一下我利用MOPAC+Gaussian搜索柔性小分子分子构象时发现用Gaussian在更好的M06-2X/TZVP级 ...

你这么贴别人根本不知道你template.gjf后面有几个空行。
规定应该有一个空行,但是由于一些省略很多字的原因,最好空两行。屏幕提示的报错信息你也没贴。先确认手动算其中一个任务能算。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-14 01:25:02 | 只看该作者 Only view this author
华理小妮 发表于 2020-12-13 21:27
sober老师,我想问一下我利用MOPAC+Gaussian搜索柔性小分子分子构象时发现用Gaussian在更好的M06-2X/TZVP级 ...

起码把molclus窗口的截图发出来,否则根本没法猜
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发表于 Post on 2020-12-14 16:24:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-14 01:25
起码把molclus窗口的截图发出来,否则根本没法猜

soebr老师,点molclus没反应,根本没有出来molclus窗口

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