gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具

华理小妮 · 发表于 Post on 2020-12-14 16:25:43

snljty 发表于 2020-12-14 00:09
你这么贴别人根本不知道你template.gjf后面有几个空行。
规定应该有一个空行，但是由于一些省略很多字的 ...

我空了两行，主要是点了molclus以后没有反应，没出来molclus窗口

snljty · 发表于 Post on 2020-12-14 16:51:06

华理小妮发表于 2020-12-14 16:25
我空了两行，主要是点了molclus以后没有反应，没出来molclus窗口

用cmd命令行调用debug。无非是一些计算机常识类的问题

sobereva · 发表于 Post on 2020-12-15 02:29:33

华理小妮发表于 2020-12-14 16:24
soebr老师，点molclus没反应，根本没有出来molclus窗口

不可能没反应。顶多是报错崩溃了
先进入命令行再启动molclus，免得molclus崩溃导致窗口自动关了
启动时崩溃要么settings.ini内容被改坏了，导致没法正常读取，要么是traj.xyz文件内容不符合xyz文件基本规范

华理小妮 · 发表于 Post on 2020-12-21 09:45:12

本帖最后由华理小妮于 2020-12-21 09:52 编辑

sobereva 发表于 2020-12-15 02:29
不可能没反应。顶多是报错崩溃了
先进入命令行再启动molclus，免得molclus崩溃导致窗口自动关了
启动时 ...

sober老师，template.gjf是这样设置吗，我都检查了一遍包括traj.xyz settings.ini 现在就不知道template.gjf是否设置错误了
C:\Users\good\Desktop\qq.png

sobereva · 发表于 Post on 2020-12-21 13:50:39

华理小妮发表于 2020-12-21 09:45
sober老师，template.gjf是这样设置吗，我都检查了一遍包括traj.xyz settings.ini 现在就不知道template.gj ...

如果你用的是32bit版Gaussian，%mem肯定不能设2GB，此文说了
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

华理小妮 · 发表于 Post on 2020-12-21 19:24:55

sobereva 发表于 2020-12-21 13:50
如果你用的是32bit版Gaussian，%mem肯定不能设2GB，此文说了
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
ht ...

好的谢谢sober老师

Marc0 · 发表于 Post on 2021-10-20 10:49:23

请教sob大大：isostat输出结果中：

# 1 Count: 1  E=  -1029.559646 a.u.  DGmin= 0.29  DE= 0.00 kcal/mol
# 2 Count: 1  E=  -1029.558436 a.u.  DGmin= 0.33  DE= 0.76 kcal/mol
# 3 Count: 2  E=  -1029.557705 a.u.  DGmin= 0.33  DE= 1.22 kcal/mol
# 4 Count: 1  E=  -1029.557276 a.u.  DGmin= 0.48  DE= 1.49 kcal/mol
# 5 Count: 2  E=  -1029.555755 a.u.  DGmin= 0.29  DE= 2.44 kcal/mol

DGmin和DE分别代表什么意思？谢谢！

snljty · 发表于 Post on 2021-10-20 13:13:32

Marc0 发表于 2021-10-20 10:49
请教sob大大：isostat输出结果中：

DGmin和DE分别代表什么意思？谢谢！

看官方手册
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索

有用户对isostat程序的运行机制感兴趣，这里具体交代一下。isostat使用能量和几何结构偏差作为判断两个结构是否相似的标准，同时小于两个阈值才算相似。几何结构在判断时是基于距离矩阵来比较的（因此对比前isostat并不会对两个结构做对齐(align)，也不要求原子间序号顺序一致）。isostat会循环输入的.xyz里的每个isomer。对于输入文件里第一个isomer，或者当前isomer和之前已有的所有簇都不相似，那么这个isomer将被作为一个新的簇，此簇的能量、结构也等同于这个isomer。若当前isomer与之前某个簇相似，那么这个isomer就被认为归入了这个簇，因此这个簇的容量会+1；如果与此同时这个isomer的能量比这个簇的能量更低，那么这个isomer将被作为这个簇的代表，即使用这个isomer的能量和结构作为这个簇的能量和结构。等所有isomer都循环完之后，程序就会输出各个簇的绝对能量，相对于能量最低的簇的能量差(DE)，以及这个簇与与它结构最相近的另一个簇的原子间距偏差最大值(DGmin)。显然，最终得到的簇的数目<=isomer的数目。

Marc0 · 发表于 Post on 2021-10-20 13:25:05

snljty 发表于 2021-10-20 13:13
看官方手册
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索

收到，谢谢。原帖还是看得不够认真啊我。。

jingetiema6112 · 发表于 Post on 2021-10-23 18:28:08

老师您好，像下图，我想固定红色区域内的空间结构不变，研究24处的三元环的空间结构。在gentor.ini设置了1-2 e30和3-4 e30，为什么构象搜索完以后，红色区域内的结构空间位置也变了呢？请老师指点。谢谢老师C:\Users\A\Desktop\无标题.png

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-24 02:51:36

jingetiema6112 发表于 2021-10-23 18:28
老师您好，像下图，我想固定红色区域内的空间结构不变，研究24处的三元环的空间结构。在gentor.ini设置了1- ...

molclus调用计算程序优化的时候你若不把桔黄色区域的坐标冻结住（molclus的settings.ini里的freeze选项），自然结构会变

jingetiema6112 · 发表于 Post on 2021-10-24 07:50:47

sobereva 发表于 2021-10-24 02:51
molclus调用计算程序优化的时候你若不把桔黄色区域的坐标冻结住（molclus的settings.ini里的freeze选项） ...

谢谢老师指导，认真学习一下

influenza · 发表于 Post on 2022-2-21 14:44:19

弱弱地问一下各位，在Linux系统中，使用什么命令调用gentor?

sobereva · 发表于 Post on 2022-2-21 20:11:31

influenza 发表于 2022-2-21 14:44
弱弱地问一下各位，在Linux系统中，使用什么命令调用gentor?

输入路径直接运行
如果这都不知道，自学基本Linux常识

influenza · 发表于 Post on 2022-2-22 09:21:26

sobereva 发表于 2022-2-21 20:11
输入路径直接运行
如果这都不知道，自学基本Linux常识

谢谢卢老师！

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