martini蛋白lincs问题

yuhai · 发表于 Post on 2021-7-1 12:27:23

本帖最后由虔诚的人于 2018-5-10 21:25 编辑

sob老师，您好
我在martini跑蛋白和极化水体系中，跑nvt遇到这样的问题，请问这么解决：
[td]WARNING 1 [file CG.top, line 18]:

The bond in molecule-type Protein_A between atoms 1 BB and 3 BB has an

estimated oscillational period of 9.7e-02 ps, which is less than 5 times

the time step of 2.0e-02 ps.

  Maybe you forgot to change the constraints mdp option.[/td]

我的mdp文件，其他都是正常的设置。
; Bond parameters
constraints          = none    ; No constraints except for those defined explicitly in the topology
constraint_algorithm = Lincs    ; LINear Constraint Solver
continuation          = no       ;
lincs_order          = 4       ; also related to accuracy
lincs_iter          = 1       ; accuracy of LINCS
lincs_warnangle       = 90    ; maximum angle that a bond can rotate before LINCS will complain

这虽然是个警告，-maxwarning 1可以是模拟进行，但是后面就会报原子超出约束90  我想了一些方法解决这个问题，但是还是报错

[td]Step 435516, time 2177.58 (ps)  LINCS WARNING

relative constraint deviation after LINCS:

rms 0.110531, max 11.324476 (between atoms 89 and 90)

bonds that rotated more than 90 degrees:

atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length

Wrote pdb files with previous and current coordinates[/td]恳请sob老师指教！

k64_cc · 发表于 Post on 2021-7-1 16:48:54

Martini跑蛋白应该用elastic network啊，为啥LINCS。

你这帖子排版神了。

yuhai · 发表于 Post on 2021-7-1 17:16:26

用martinize生成也会有约束的，而且极化水模型也有约束的

yuhai · 发表于 Post on 2021-7-1 17:16:51

我理解的对吗

yuhai · 发表于 Post on 2021-7-1 17:18:45

第一次发帖，请见谅，复制粘贴的着急就没改。我改了之后又同样的发了一次，您可以查阅，如果方便我可以加您微信吗，我这个问题有点棘手，我搞了两天崩溃边缘，毕业论文的内容。感谢您——好心人

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-2 02:41:56

yuhai 发表于 2021-7-1 17:18
第一次发帖，请见谅，复制粘贴的着急就没改。我改了之后又同样的发了一次，您可以查阅，如果方便我可以加您 ...

发帖时候别老提微信，你多个帖子里都反复提微信，有什么问题直接在论坛里发帖问，谁会那么主动上赶加你微信一对一回复

帖子格式有问题就赶紧编辑原帖进行修改

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-2 02:43:23

yuhai 发表于 2021-7-1 17:16
我理解的对吗

一次性把话说完整，别来来来回回零零碎碎发多个回帖，之前发回复忘写进去的直接编辑回帖补充

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[粗粒化/DPD] martini蛋白lincs问题