谈谈ORCA 5.0的新特性和改变

lsc840927 · 发表于 Post on 2021-7-6 17:07:08

zjxitcc 发表于 2021-7-6 16:54
这分子不小，而且你用的基组估计也不小。还是那句话，先算水分子，有问题再贴出来。算H2也行。

单核计算的文件
! b3lyp svp
%scf
BrokenSym 1,1
end
* xyz -2 3
Cu    4.852433 9.015737 5.302831
Cu    4.916151 12.709392 5.172675
Cl    3.613676 7.505019 6.580085
Cl    6.035168 7.373755 4.139996
Cl    6.005289 10.803213 4.126033
Cl    3.762627 10.921890 6.347736
Cl    3.723183 14.350579 6.327413
Cl    6.164831 14.220890 3.906936
*
并行计算的文件
! b3lyp svp PAL8
%scf
BrokenSym 1,1
end
* xyz -2 3
Cu    4.852433 9.015737 5.302831
Cu    4.916151 12.709392 5.172675
Cl    3.613676 7.505019 6.580085
Cl    6.035168 7.373755 4.139996
Cl    6.005289 10.803213 4.126033
Cl    3.762627 10.921890 6.347736
Cl    3.723183 14.350579 6.327413
Cl    6.164831 14.220890 3.906936
*
并行计算一直在SHARK模块，即使不是使用SHARK模块，仍然是一直卡在orca_gtoint_mpi模块，无法进行计算。

zjxitcc · 发表于 Post on 2021-7-6 17:08:41

lsc840927 发表于 2021-7-6 16:59
单核计算耗时1 minutes 30 seconds 168 msec，16核或8核并行计算，30minutes后还是在orca_gtoint_mpi模块 ...

建议贴出：
（1）你的openmpi安装步骤；
（2）在计算的这台机器上运行
which mpirun
mpirun --version
的运行结果（截图展示）。

lsc840927 · 发表于 Post on 2021-7-6 17:14:45

（1）你的openmpi安装步骤(root用户安装的)
1 ./configure --prefix=/opt/openmpi411 threads=multiple
2. make all
3. make install
4. 环境变量
#openmpi-4.1.1
export PATH=/opt/openmpi411/bin:$PATH
export PATH=/opt/openmpi411/sbin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/openmpi411/lib:$LD_LIBRARY_PATH
（2）运行结果
shenxw@gues:~$ which mpirun
/opt/openmpi411/bin/mpirun
shenxw@gues:~$ mpirun --version
mpirun (Open MPI) 4.1.1

Report bugs to http://www.open-mpi.org/community/help/

zjxitcc · 发表于 Post on 2021-7-6 17:20:39

lsc840927 发表于 2021-7-6 17:07
单核计算的文件
! b3lyp svp
%scf

这个并行的文件我试了下可以正常算。你试试把threads=multiple去掉，重新编译一下openmpi 4.1.1

lsc840927 · 发表于 Post on 2021-7-6 17:40:48

zjxitcc 发表于 2021-7-6 17:20
这个并行的文件我试了下可以正常算。你试试把threads=multiple去掉，重新编译一下openmpi 4.1.1

我去掉threads=multiple，重新编译openmpi-4.1.1，重启服务器，还是一样的，仍然停留在orca_gtoint_mpi模块。我的系统是debian 9.

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-7-6 17:48:03

lsc840927 发表于 2021-7-6 10:40
我去掉threads=multiple，重新编译openmpi-4.1.1，重启服务器，还是一样的，仍然停留在orca_gtoint_mpi模 ...

同一台服务器上有其他用到openmpi的程序吗（不一定是同一个openmpi版本）？那些程序能跑吗？

lsc840927 · 发表于 Post on 2021-7-6 17:52:49

wzkchem5 发表于 2021-7-6 17:48
同一台服务器上有其他用到openmpi的程序吗（不一定是同一个openmpi版本）？那些程序能跑吗？

没有。molcas8.4软件没有安装成功并行版，用单核计算。gaussian用不到openmpi。

michaelm · 发表于 Post on 2021-7-7 10:50:48

借楼问一个问题。以前我算反应，通常是优化后，用dlpno-ccsd(t)/cc-pvtz算单点能，再加上smd的溶解能。现在orca5能直接算dlpno-ccsd(t)/cpcm了，那么现在直接算，不用smd，和之前的做法，哪个更合理？
谢谢。

冰释之川 · 发表于 Post on 2021-7-7 11:18:27

michaelm 发表于 2021-7-7 10:50
借楼问一个问题。以前我算反应，通常是优化后，用dlpno-ccsd(t)/cc-pvtz算单点能，再加上smd的溶解能。现在 ...

算溶解自由能还是采用博文的方法最严谨：
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）

比SMD算溶解自由能更好的溶剂模型uESE的使用
http://sobereva.com/593（http://bbs.keinsci.com/thread-22879-1-1.html）

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-8 12:31:50

michaelm 发表于 2021-7-7 10:50
借楼问一个问题。以前我算反应，通常是优化后，用dlpno-ccsd(t)/cc-pvtz算单点能，再加上smd的溶解能。现在 ...

还是老办法算

JohnCase · 发表于 Post on 2022-4-21 11:07:31

求问，ORCA5.0的TDDFT支持RIJK了么？看起来估计还是只有RIJCOSX。我想用RIJK来和自己的toy code做个验证来着。。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-4-21 17:06:46

JohnCase 发表于 2022-4-21 04:07
求问，ORCA5.0的TDDFT支持RIJK了么？看起来估计还是只有RIJCOSX。我想用RIJK来和自己的toy code做个验证来 ...

不支持。因为RIJK只有对于小体系才有明显加速，对于大体系反倒比不加RIJK还要慢，而如果算小体系的话没有必要用TDDFT，用STEOM-CCSD更好，所以orca实现TDDFT支持RIJK的意义不是太大

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-4-21 17:14:21

JohnCase 发表于 2022-4-21 04:07
求问，ORCA5.0的TDDFT支持RIJK了么？看起来估计还是只有RIJCOSX。我想用RIJK来和自己的toy code做个验证来 ...

我刚看到Frank Neese在orca论坛上回复你了，正确答案是可以做，但是需要用一些技巧来绕过orca的一些检查。。。我把链接转到这里来，这样其他网友也能看到
https://orcaforum.kofo.mpg.de/viewtopic.php?f=10&t=9036

JohnCase · 发表于 Post on 2022-4-22 13:38:46

wzkchem5 发表于 2022-4-21 17:14
我刚看到Frank Neese在orca论坛上回复你了，正确答案是可以做，但是需要用一些技巧来绕过orca的一些检查 ...

啊。。。。社死瞬间。。。。

lao7 · 发表于 Post on 2022-4-23 06:30:07

我用了一下，感觉最大的进步是稳定了。之前的4.0.2的版本，经常控制不了内存，跑崩溃。现在至少你分配好内存后，不会跑崩溃了。

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