使用gentor和xyz2QC做二面角扫描的超懒脚本scand

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做二面角扫描经常会用到，Gaussian的刚性扫二面角好像做不了，柔性扫描的话，只能一个点一个点的串行优化，不仅效率低，中途要是遇到一个优化振荡的只能无能狂怒。
因此做二面角扫描的最好方案是gentor+xyz2QC的组合，请参考：
[molclus] gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
详谈使用Gaussian做势能面扫描
[molclus] 将多帧xyz文件转化成量子化学输入文件的工具：xyz2QC
gentor和xyz2QC都很好用，但做柔性扫描的时候，操作步骤还是比用Gaussian多一些，虽然每一步都很简单。但是每次步骤后，容易嵌入刷剧，追番，看综艺，QQ，微信，逛论坛，抖音，看点，玩手游等进程。为了让兄弟们的娱乐时间不被打断，我写了个小脚本把gentor和xyz2QC的步骤合并成一个命令，如下图所示。这样整体操作步骤就和用Gaussian差不多了。

安装 ：
1.把附件中的脚本拷贝到一个PATH路径中，或者把脚本所在的位置加入PATH变量
2.给脚本添加可执行权限
3.确保gentor和xyz2QC可用

运行前准备：
先把优化好的log用Gauss View打开，把其中要扫描的二面角对应的原子编号记下来，比如这里是1-2-3-4，然后保存为比如这里是abc.gjf, 另外xyz格式的文件也是支持的。

查看用法帮助：

1. scand -h

复制代码

运行默认参数下的柔性扫描：

1. scand -d 1-2-3-4   abc.gjf

复制代码

该命令，绕2-3键旋转，从0度到180度，间隔10度，因此会产生19个gjf文件，默认的gjf关键词是”opt(modredundant)  pbe1pbe def2SVP em(gd3bj)",%nproc默认是10，%mem默认4G。

修改参数的柔性扫描：

1. scand -d 1-2-3-4 -a "e5 0 180" -k "m062x def2svp em(gd3)" -n 4 -m 8GB -c "0 3" abc.gjf

复制代码

-a "e5 0 180" 含义同gentor中的设置一样，意思是从0转到180，每隔5度转一下，注意这里不是二面角的绝对度数，而是二面角旋转度数，如果该二面角初始是3度，那么最后得到的就是3 8 13 .......
-k 设定Gaussian的关键词，注意这里即使没有写opt，但是也会自动加上opt(modredundant) 变成柔性扫描
-n 设定%nprocshared
-m 设定%mem
-c 设定电荷自旋多重度

默认参数的刚性扫描：

1. scand -d 2-3 abc.gjf

复制代码

如果只设定待旋转键的两个原子，那么自动变成刚性扫描

产生柔性扫描的ORCA inp文件：

1. scan -d 1-2-3-4  -m 8GB -p orca abc.gjf

复制代码

用-p orca 就能产生orca的inp文件
注意-m 8GB 对于orca来说设的是总内存，并且只支持xxGB的格式，会自动转换为%MaxCore
这里如果用-d 2-3 就是刚性扫描
其他的选项和产生gjf的选项含义一样

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2021-7-3 21:06 上传 Uploaded

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