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[辅助/分析程序] 使用gentor和xyz2QC做二面角扫描的超懒脚本scand

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发表于 Post on 2021-7-3 21:24:11 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 ggdh 于 2021-7-4 18:49 编辑

做二面角扫描经常会用到,Gaussian的刚性扫二面角好像做不了,柔性扫描的话,只能一个点一个点的串行优化,不仅效率低,中途要是遇到一个优化振荡的只能无能狂怒。
因此做二面角扫描的最好方案是gentor+xyz2QC的组合,请参考:
[molclus] gentor:扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
详谈使用Gaussian做势能面扫描
[molclus] 将多帧xyz文件转化成量子化学输入文件的工具:xyz2QC
gentor和xyz2QC都很好用,但做柔性扫描的时候,操作步骤还是比用Gaussian多一些,虽然每一步都很简单。但是每次步骤后,容易嵌入刷剧,追番,看综艺,QQ,微信,逛论坛,抖音,看点,玩手游等进程。为了让兄弟们的娱乐时间不被打断,我写了个小脚本把gentor和xyz2QC的步骤合并成一个命令,如下图所示。这样整体操作步骤就和用Gaussian差不多了。
sscand.png
安装
1.把附件中的脚本拷贝到一个PATH路径中,或者把脚本所在的位置加入PATH变量
2.给脚本添加可执行权限
3.确保gentor和xyz2QC可用

运行前准备:
先把优化好的log用Gauss View打开,把其中要扫描的二面角对应的原子编号记下来,比如这里是1-2-3-4,然后保存为比如这里是abc.gjf, 另外xyz格式的文件也是支持的。

查看用法帮助:
  1. scand -h
复制代码

运行默认参数下的柔性扫描:
  1. scand -d 1-2-3-4   abc.gjf
复制代码
该命令,绕2-3键旋转,从0度到180度,间隔10度,因此会产生19个gjf文件,默认的gjf关键词是”opt(modredundant)  pbe1pbe def2SVP em(gd3bj)",%nproc默认是10,%mem默认4G。

修改参数的柔性扫描:
  1. scand -d 1-2-3-4 -a "e5 0 180" -k "m062x def2svp em(gd3)" -n 4 -m 8GB -c "0 3" abc.gjf
复制代码
-a "e5 0 180" 含义同gentor中的设置一样,意思是从0转到180,每隔5度转一下,注意这里不是二面角的绝对度数,而是二面角旋转度数,如果该二面角初始是3度,那么最后得到的就是3 8 13 .......
-k 设定Gaussian的关键词,注意这里即使没有写opt,但是也会自动加上opt(modredundant) 变成柔性扫描
-n 设定%nprocshared
-m 设定%mem
-c 设定电荷自旋多重度

默认参数的刚性扫描:
  1. scand -d 2-3 abc.gjf
复制代码
如果只设定待旋转键的两个原子,那么自动变成刚性扫描

产生柔性扫描的ORCA inp文件:
  1. scan -d 1-2-3-4  -m 8GB -p orca abc.gjf
复制代码
用-p orca 就能产生orca的inp文件
注意-m 8GB 对于orca来说设的是总内存,并且只支持xxGB的格式,会自动转换为%MaxCore
这里如果用-d 2-3 就是刚性扫描
其他的选项和产生gjf的选项含义一样

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