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[ORCA] 让ORCA 4的输入文件能在ORCA 5中使用的批量转换脚本

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发表于 Post on 2021-7-3 22:28:06 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
ORCA 5.0推出后,有很多人反映ORCA 4.x的某些关键词(主要是Grid、GridX、FinalGrid、FinalGridX、NoFinalGrid、NoFinalGridX)在ORCA 5.0中会报错,致使不方便用ORCA 5.0跑之前准备过的输入文件。实际上这一点我们也有预期,内部也有过不同意见,但是最后的结论仍然是,希望通过这个设置来鼓励用户用新的格点。因为ORCA 5的一些卖点(XC、COSX数值积分精度比以前高一个数量级、假虚频出现概率大大降低、结构优化迭代次数降低、某些涉及数值积分的计算比以前快,等等)只有在用户使用新格点时才能有所体现,但是我们能预期到相当一部分用户会直接把ORCA 4用过的输入文件直接拷过来,把坐标、泛函、基组等改一改,就用ORCA 5来跑新的project,而忘了删掉有关格点设置的关键字,导致计算结果的精度远不如ORCA 5本来能达到的精度那么高,所以我们决定让程序不再识别上述的几个和格点有关的关键字,来强迫用户改用新格点。
考虑到个别用户有大批量重用已有orca输入文件的需求,这里给出一个很简单的bash脚本,可以批量把上述关键字去除:
  1. #!/bin/bash

  2. for f in *.inp; do
  3.         sed -i 's/[^a-zA-Z][gG][rR][iI][dD][0-9]//g' $f
  4.         sed -i 's/[^a-zA-Z][gG][rR][iI][dD][xX][0-9]//g' $f
  5.         sed -i 's/[^a-zA-Z][fF][iI][nN][aA][lL][gG][rR][iI][dD][0-9]//g' $f
  6.         sed -i 's/[^a-zA-Z][fF][iI][nN][aA][lL][gG][rR][iI][dD][xX][0-9]//g' $f
  7.         sed -i 's/[^a-zA-Z][nN][oO][fF][iI][nN][aA][lL][gG][rR][iI][dD]//g' $f
  8.         sed -i 's/[^a-zA-Z][nN][oO][fF][iI][nN][aA][lL][gG][rR][iI][dD][xX]//g' $f
  9. done
复制代码
使用方法:
(1)将上述脚本复制,并保存到一个.sh文件,这个.sh文件应该和你的orca输入文件在同一个目录;
(2)用chmod命令给这个.sh文件赋予可执行权限;
(3)运行这个.sh文件。
注意事项:
(1)仅Linux以及类Linux环境下可用。
(2)该脚本将该目录下所有.inp文件的Grid、GridX、FinalGrid、FinalGridX、NoFinalGrid、NoFinalGridX关键字都删除,而不影响子目录下的.inp文件。
(3)若要修改单个文件,将*.inp换成该文件的文件名即可。但是用这个脚本修改单个文件的意义不大,因为不比手动修改快多少。
(4)%method输入块里的指定格点的关键字不受影响。
(5)个别时候该脚本可能会影响注释的可读性。这是因为它不区分这些关键字是不是写在注释里的,比如说你的注释里写了"# grid4 is too small",用这个脚本处理过就会变成"#  is too small",导致不知所云。
(6)强调一下:ORCA 5的指定格点的关键字为defgrid1、defgrid2、defgrid3,其中默认为defgrid2。defgrid2比ORCA 4默认格点准确得多,但是耗时差别不多。只有发现defgrid2确实不够大,才有必要指定defgrid3。
目前我只知道这些关于格点的关键字是ORCA 4支持但ORCA 5不支持的。如果大家发现有其他ORCA 4的关键字是ORCA 5不支持的,或发现这个脚本有问题,请及时回帖反馈,我会更新脚本。

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发表于 Post on 2021-7-4 07:20:31 | 显示全部楼层 Show all
楼主是ORCA内部开发人员吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-4 14:29:35 | 显示全部楼层 Show all
exity 发表于 2021-7-4 00:20
楼主是ORCA内部开发人员吗?

对,不过ORCA 5我的贡献很小,只是改了几个bug,所以可能看不到我的名字在上面

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发表于 Post on 2021-7-5 14:20:17 | 显示全部楼层 Show all
厉害了

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发表于 Post on 2021-7-9 10:37:30 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 biogon 于 2021-7-9 10:38 编辑

我发现这个也会报错,从报错看似乎是coord部分的问题,但是看手册没看出来问题在哪
%pal nprocs 64 end
%maxcore 1000
! TightSCF
%casscf
nel 6
norb 6
maxiter 200
ActOrbs NatOrbs
end
%scf
Thresh 1e-12
Tcut 1e-14
end
%coords
Units = angs
Charge = 3
Mult = 7
Coords
Tb(1)       0.00000000       0.00000000       0.00000000
  DelECP
  NewGTO
    S   5
    1   7.26729820E+04   3.78091942E-03
    2   1.09894670E+04   2.81874062E-02
    3   2.52711750E+03   1.31967125E-01
    4   7.21010200E+02   3.84011037E-01
    5   2.26918200E+02   5.74412924E-01
    S   1
    1   4.60846000E+01   1.00000000E+00
    S   1
    1   3.05157000E+01   1.00000000E+00
    S   1
    1   1.57632000E+01   1.00000000E+00
    S   1
    1   4.03940000E+00   1.00000000E+00
    S   1
    1   2.06600000E+00   1.00000000E+00
    S   1
    1   7.49600000E-01   1.00000000E+00
    S   1
    1   3.23900000E-01   1.00000000E+00
    S   1
    1   5.61000000E-02   1.00000000E+00
    S   1
    1   2.31000000E-02   1.00000000E+00
    P   6
    1   4.39266750E+03   1.34155207E-03
    2   1.04128910E+03   1.12307073E-02
    3   3.34500700E+02   5.34321025E-02
    4   1.20981100E+02   1.66927408E-01
    5   3.22707000E+01   1.26378038E+00
    6   2.28378000E+01  -4.27131014E-01
    P   1
    1   1.62183000E+01   1.00000000E+00
    P   1
    1   5.79870000E+00   1.00000000E+00
    P   1
    1   2.88980000E+00   1.00000000E+00
    P   1
    1   1.25360000E+00   1.00000000E+00
    P   1
    1   5.91400000E-01   1.00000000E+00
    P   1
    1   2.56000000E-01   1.00000000E+00
    P   1
    1   8.00000000E-02   1.00000000E+00
    D   6
    1   4.10830700E+02   1.12825757E-03
    2   1.23835500E+02   9.21875471E-03
    3   4.70131000E+01   3.79182252E-02
    4   2.02989000E+01   6.69007567E-02
    5   8.01380000E+00   4.00847721E-01
    6   4.08550000E+00   5.95595077E-01
    D   1
    1   2.05160000E+00   1.00000000E+00
    D   1
    1   9.83800000E-01   1.00000000E+00
    D   1
    1   3.42000000E-01   1.00000000E+00
    D   1
    1   1.05800000E-01   1.00000000E+00
    F   5
    1   1.28966600E+02   6.74068874E-03
    2   4.67861000E+01   6.40027514E-02
    3   2.10021000E+01   2.12857669E-01
    4   9.57730000E+00   4.00254105E-01
    5   4.37160000E+00   5.19585452E-01
    F   1
    1   1.93430000E+00   1.00000000E+00
    F   1
    1   7.96000000E-01   1.00000000E+00
    F   1
    1   2.86600000E-01   1.00000000E+00
    G   4
    1   2.10021000E+01   5.02711732E-02
    2   9.57730000E+00   1.63318250E-01
    3   4.37160000E+00   3.52968006E-01
    4   1.93430000E+00   6.44150883E-01
    G   1
    1   7.96000000E-01   1.00000000E+00
    G   1
    1   2.86600000E-01   1.00000000E+00
  end
  NewECP
   N_core  28
   lmax h
   s 1
    1  2.49529560E+01  6.68597155E+02 2
   p 1
    1  1.76108990E+01  2.66980475E+02 2
   d 1
    1  1.29760090E+01  9.75065960E+01 2
   f 1
    1  2.42488690E+01 -5.21757570E+01 2
   g 1
    1  2.31306720E+01 -2.86942680E+01 2
   h 1
    1  1.00000000E+00  0.00000000E+00 2
  end
end
end



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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-9 15:35:37 | 显示全部楼层 Show all
biogon 发表于 2021-7-9 03:37
我发现这个也会报错,从报错看似乎是coord部分的问题,但是看手册没看出来问题在哪
%pal nprocs 64 end
% ...

看起来是因为手册上写的在坐标部分写DelECP的写法有问题。去掉DelECP,或者改成在%basis里面写DelECP,就可以了。
对于你这个情况,不写DelECP也可以,因为NewECP本来也会把原来的ECP覆盖掉。不过还是建议你在orca论坛上面报一下这个问题,我们看一下是改代码还是改手册
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