计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 5150|回复 Reply: 4

[Multiwfn使用咨询] 一下子把所有out文件中的紫外光谱信息都画出来的脚本

[复制链接 Copy URL]

312

帖子

1

威望

3106

eV
积分
3438

Level 5 (御坂)

发表于 Post on 2021-7-4 12:17:31 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 exity 于 2021-7-4 19:09 编辑

研究分子可见-紫外吸收光谱时经常会使用不同的条件进行tddft计算,以研究泛函、基组、溶剂模型等计算条件对输出光谱的影响。例如,ORCA里有时候就会评估cosx或tda开启对“耗时-精度”的影响,需要集中输出多组光谱用于对比。
虽然multiwfn已经能很便利的输出紫外光谱“波长-强度”的txt文件,但如果要把多个光谱txt画在一张excel或origin里还是需要用到excel的数据分列或文本编辑器的按列选择,不是特别方便也容易出错。

利用shell脚本能把多个out文件的波长-强度的文件整合到一起,然后

全选-黏贴到excel-直接插入曲线图就可以了出图

非常爽,推荐使用3~4个out文件体验一下。

这个啰里啰唆的脚本实现了如下功能:

1. 自动调用multiwfn输出指定波长范围的紫外光谱
2. 多个tddft计算的out文件中的吸收光谱信息合并后输出为一个完整的txt,直接贴到excel中,无需任何格式改动直接绘图。
3. 对应的列数据的第一行为out文件的文件名

使用环境要求
multiwfn 已加入环境变量并能顺利调用
dos2unix 工作正常(如果你是纯linux环境就不是必须,如果你在win和unix反复横跳则必须)

使用方法:
把所有输出的out文件和本脚本放在同一文件夹中
chmod +x allinOne.sh
运行之
就能得到allinOne.txt 里面是各个out文件里的光谱汇总,直接全选黏贴到excel就能绘图了(无需任何格式更改或者分列操作)

脚本的前面几行是设置光谱的起始范围和步长的,根据需要进行调节即可,例如你想看300-500 nm 步长为10,就修改成下面的样子就行了。

#设置光谱输出范围和步长
from=300 #nm
end=500  #nm
step=10
#设置完毕




运行后会出现一个名为tmpbackup的文件夹,是脚本运行过程时产生的临时文件,包括单独的光谱文件,可能会在某些特殊情况下有使用价值,故特意保留了。
如果不需要此文件夹
在脚本最后添加
rm -r tmpbackup
即可




allinOne.sh

1.66 KB, 下载次数 Times of downloads: 35

评分 Rate

参与人数
Participants 9
eV +43 收起 理由
Reason
clivia + 2
lonemen + 5 好物!
zsu007 + 5 谢谢分享
ggdh + 5 赞!
fffff + 5
sobereva + 10
JamesBourbon + 4 谢谢分享
hdhxx123 + 5 谢谢分享
Aridea + 2 赞!

查看全部评分 View all ratings

877

帖子

36

威望

4803

eV
积分
6400

Level 6 (一方通行)

发表于 Post on 2021-7-4 18:47:54 | 显示全部楼层 Show all
请问这里的out文件是哪来的啊?orca计算得到的么?

312

帖子

1

威望

3106

eV
积分
3438

Level 5 (御坂)

 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-4 19:03:34 | 显示全部楼层 Show all
ggdh 发表于 2021-7-4 18:47
请问这里的out文件是哪来的啊?orca计算得到的么?

高斯 orca都行,只要是tddft的输出文件。
钟叔这个问题怪怪的啊

877

帖子

36

威望

4803

eV
积分
6400

Level 6 (一方通行)

发表于 Post on 2021-7-4 21:19:27 | 显示全部楼层 Show all
exity 发表于 2021-7-4 19:03
高斯 orca都行,只要是tddft的输出文件。
钟叔这个问题怪怪的啊

哦哦 因为gaussian的输出文件是*.log把
你怎么兼容一下,不然我还得重命名啊。。。

312

帖子

1

威望

3106

eV
积分
3438

Level 5 (御坂)

 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-4 21:32:52 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 exity 于 2021-7-4 21:37 编辑
ggdh 发表于 2021-7-4 21:19
哦哦 因为gaussian的输出文件是*.log把
你怎么兼容一下,不然我还得重命名啊。。。

钟老师自己rename 's/.log/.out/g' *.log 一下嘛,我这个脚本写的啰嗦的很,我怕改了就会报错,我自己水平菜一时半会儿还查不出来。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2023-2-2 22:26 , Processed in 0.201227 second(s), 25 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list