gmx接口高斯QM/MM计算运行问题

greatzdk · 发表于 Post on 2015-12-21 13:43:22

本帖最后由 greatzdk 于 2015-12-21 13:44 编辑

gmx版本4.5.7
gau版本g09
按照http://wwwuser.gwdg.de/~ggroenh/qmmm.html#ex建议，高斯wrap为一个脚本gau。
当使用一个核的时候，可以正常的计算。mdrun使用一个核，产生一个高斯调用请求。调用高斯的时候也是一个核。
但是并行几个核则报错，内存错误（Signal: Segmentation fault (11)）。
例如使用8个核，则有8个高斯计算请求。
感觉是mdrun的并行与分别请求高斯计算，且各个高斯计算之间无法共享信息的原因。只是初步非专业的感觉而已。
诸sob神，指点一下。

sobereva · 发表于 Post on 2015-12-21 15:42:49

网页里的方法我没试过，可能接口本身就没考虑好并行情况。由于量化计算是瓶颈，就串行运行mdrun，但调用高斯时用并行来跑，应该也不会吃亏

greatzdk · 发表于 Post on 2015-12-21 16:27:41

sobereva 发表于 2015-12-21 15:42
网页里的方法我没试过，可能接口本身就没考虑好并行情况。由于量化计算是瓶颈，就串行运行mdrun，但调用高 ...

sob师，有个问题是提交任务的时候mdrun需要指定核数（无论是mpi还是openmp），这个分配始终是个矛盾，只有核数全是1的时候，才没有麻烦。
sob师的建议如何稍微具体的实现呢？

sobereva · 发表于 Post on 2015-12-22 04:20:18

不太清楚你的提交任务的方式
我意思是比如有8个核，mdrun算的时候只让gromacs串行运算，但是到了调用Gaussian的时候，让其中的%nproc为8（可略微改一下代码把nproc固定为8，即便mdrun是串行的）

greatzdk · 发表于 Post on 2015-12-22 09:07:16

sobereva 发表于 2015-12-22 04:20
不太清楚你的提交任务的方式
我意思是比如有8个核，mdrun算的时候只让gromacs串行运算，但是到了调用Gauss ...

这样确实是个好的解决办法。我也考虑过这种思路。谢谢sob神。
我尝试一下。

greatzdk · 发表于 Post on 2016-9-18 18:50:18

GMX高斯接口只允许一个核，不能够并行。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] gmx接口高斯QM/MM计算运行问题