液液体系怎么限制水分子跑到另一相

sun666 · 发表于 Post on 2021-7-12 19:55:54

对于液液体系（水相+有机相），做SMD时，从水相拉动溶质到有机相的过程中水分子会被携带到有机相。怎么设置让可以让水分子不超过初始的界面位置呢。因为我想比较拉动溶质到有机相的过程中有水一起转移和没有水一起转移的自由能是否有差别。

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-13 16:45:25

给水加平底限制势，超过一定坐标范围就受到回复力回去

k64_cc · 发表于 Post on 2021-7-13 17:15:57

加限制势会影响界面，导致自由能算出来的不一样。建议加一个配位数的CV跑2D自由能。

sun666 · 发表于 Post on 2021-7-18 00:05:42

本帖最后由 sun666 于 2021-7-18 00:12 编辑

k64_cc 发表于 2021-7-13 17:15
加限制势会影响界面，导致自由能算出来的不一样。建议加一个配位数的CV跑2D自由能。

谢谢您，我想请教您，体系上面为有机相，下面为水。做两个CV，一个是溶质与水相质心的距离，一个是溶质与水的配位数。这样做2D的自由能图可以吗。是应该做metadynamic吗。我想用plumed做，这个距离怎么设置为z方向，且是正方向的呢。

k64_cc · 发表于 Post on 2021-7-18 10:44:35

sun666 发表于 2021-7-18 00:05
谢谢您，我想请教您，体系上面为有机相，下面为水。做两个CV，一个是溶质与水相质心的距离，一个是溶质与 ...

1. 实践上用溶质与有机相质心距离好一点，有机相多放点，放得多了COM波动就小了。

2. 用MetaD、eABF一类方法的用户体验会好一点。其他方法肯定也能做，但是会更麻烦。

3. 哪边是z方向是你建模时候决定的，建slab的时候怎么摆两个slab完全是自己说了算。

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