论计算机采购时内存的重要性

truemantwo

卡开发发 发表于 2014-11-11 17:22
Forcite我测试的情况一直放了1000个H2O，这个时候4节点以内并行才达到线性。
我估计和DMol3类似的SIESTA ...

小弟测试Forcite时，用的是16核*2节点，感觉它的速度比16核*1节点没快多少，当然我的模型只有3000个原子左右，可能太小了。

不知道您测试时每节点用了多少个核？

truemantwo

jiewei 发表于 2014-11-11 18:01
这不一定哦，比如说有机分子C2/C空间群里面有8个分子， dmol算能带的时候kpoint6*6*6，撒点多，k点取值多 ...

有理。
总之搞计算化学，内存不足是最要命的问题。
内存决定了算多大/精确，CPU决定了算多快。

卡开发发

truemantwo 发表于 2014-11-11 19:31
小弟测试Forcite时，用的是16核*2节点，感觉它的速度比16核*1节点没快多少，当然我的模型只有3000个原子 ...

我看了一眼报告，前面说错了，当时算的是2700个水分子的固定时长动力学计算四阶段才有比较好的并行效率。当时用的应该是12核心的服务器，1~4节点全都测试了。我们测试了100、800、2700个，100的时候完全没加速，800的时候2节点最好，2700才呈现近似直线的曲线。

truemantwo

卡开发发 发表于 2014-11-11 19:39
我看了一眼报告，前面说错了，当时算的是2700个水分子的固定时长动力学计算四阶段才有比较好的并行效率。 ...

谢谢，您的测试结果和经验很有参考价值。

卡开发发

truemantwo 发表于 2014-11-11 19:46
谢谢，您的测试结果和经验很有参考价值。

恩，多交流么，大家相互学校:lol

jiewei

最近在算一个 200多原子的体系， 一个分子在晶胞里面， 用dmol或者castepk点基本不能算太大， 64G内存是完全不够用的节奏了...

jiewei

内存太重要...

lou_cheung

我觉得有时候在这个平台发一些机构的性能测试，让我们能规划好自己的资源使用

psfan

主要看每核内存配比，CPU访问内存是很吃带宽的。

captain

现在内存怎么那么贵 涨了一倍还多
另外采购时原装内存太贵 可以自己扩展

lao7

truemantwo 发表于 2014-11-11 14:03
机器内存64G，泪流满面地路过~~~~~
当初在讨论配置的时候，有两种方案：
1. 内存从64G升到128G，计算节点 ...

楼主CPU什么的？

truemantwo

lao7 发表于 2015-1-4 16:57
楼主CPU什么的？

Intel Xeon E5-26XX系列
貌似是个很常见的方案

lao7

truemantwo 发表于 2015-1-4 20:41
Intel Xeon E5-26XX系列
貌似是个很常见的方案

我最近想配台E5 v3处理器的工作站，有推荐的CPU吗？双路，结构优化，能量计算。

zhanfei

请问下作计算的机器一般配的是ecc内存还是ecc-reg内存，如果之后再加内存会不会容易出问题？

truemantwo

lao7 发表于 2015-1-5 14:59
我最近想配台E5 v3处理器的工作站，有推荐的CPU吗？双路，结构优化，能量计算。

sobereva有个帖，讲如何选择CPU的，你不妨看看。