用ztop构建大分子/聚合物的拓扑文件

aw10279 · 发表于 Post on 2021-11-30 13:26:55

老师，我使用命令：
ztop.py -f "N;p=chit5_NH2.top;x=chit5_NH2.gro;site=B1:41-40,A1:59-60;resname=NH2_M;comment=NH2_med" --savelib
ztop.py -f "H;p=chit5_NH2.top;x=chit5_NH2.gro;site=B1:79-78;resname=NH2_H;comment=H as head" --savelib
ztop.py -f "T;p=chit5_NH2.top;x=chit5_NH2.gro;site=A1:21-22;resname=NH2_T;comment=T as tail" --savelib
将分子切出了头、中间体和尾3个部分，然后使用命令
ztop.py --loadlib -b HNT -o NH2.top,NH2.pdb
尝试连接3个片段，连接点的顺序显示也是正确的，最后得到的结构却完全散开了，您看看是什么原因，其中哪一步有问题呢？另外I will add charge -144.92743462 to every atom to make system reach target charge -10000.000000 这个操作是出于什么考虑呢？

ggdh · 发表于 Post on 2021-11-30 13:40:12

本帖最后由 ggdh 于 2021-11-30 23:57 编辑

aw10279 发表于 2021-11-30 13:26
老师，我使用命令：
ztop.py -f "N;p=chit5_NH2.top;x=chit5_NH2.gro;site=B1:41-40,A1:59-60;resname=NH2 ...

电荷-10000的那个bug已经修复了后面之所以会出现那个散架的问题，是因为你的小分子gro文件中分子跨了周期边界，读取的时候把分子wrap到第一个单胞内，而这个单胞又巨大，导致分子被切割成了两个距离很远的片段
目前这个问题已经修复

Alan123 · 发表于 Post on 2022-2-18 19:46:32

老师，您好，请问我用ztop.py产生这个物质的拓扑结构，但是一直出现这个问题，请问这个是咋回事呢？如何解决呢？

2.zip (2.37 MB, 下载次数 Times of downloads: 0)

ggdh · 发表于 Post on 2022-2-20 16:36:16

Alan123 发表于 2022-2-18 19:46
老师，您好，请问我用ztop.py产生这个物质的拓扑结构，但是一直出现这个问题，请问这个是咋回事呢？如何解 ...

一般是ambertools版本不够高造成的

Alan123 · 发表于 Post on 2022-2-20 22:44:02

ggdh 发表于 2022-2-20 16:36
一般是ambertools版本不够高造成的

老师，我已经把ambertools弄成了19版本，现在还是这个情况，请问现在是咋回事呢？还是版本的问题吗？谢谢老师解答

ggdh · 发表于 Post on 2022-2-21 09:17:49

Alan123 发表于 2022-2-20 22:44
老师，我已经把ambertools弄成了19版本，现在还是这个情况，请问现在是咋回事呢？还是版本的问题吗？谢谢 ...

按提示操作
首先到2_AMBER目录下
cd 2_AMBER
然后运行
tleap -f 2_leapin.in
看看他报什么错
如果还搞不定加我qq 32589927

Alan123 · 发表于 Post on 2022-2-21 14:38:59

ggdh 发表于 2022-2-21 09:17
按提示操作
首先到2_AMBER目录下
cd 2_AMBER

老师，请问ztop.py对于创建的片段的原子数有要求吗？比如小于一定的原子才可以使用呢？我运行您给的离子没有问题，运行其他原子数小于50的片段也没有问题，但是当原子数大于100的时候，好像就不行了，我这个化合物2的原子数为143。然后，我在2_AMBER的文件夹下面，运行tleap -f 2_leapin.in，出现的错误是/home/Alan/anaconda3/bin/teLeap: Fatal Error!
Error from the parser: syntax error

ggdh · 发表于 Post on 2022-2-21 17:19:00

Alan123 发表于 2022-2-21 14:38
老师，请问ztop.py对于创建的片段的原子数有要求吗？比如小于一定的原子才可以使用呢？我运行您给的离子 ...

原子数没有限制, 好像是parmchk2 产生的frcmod有问题, 加我qq我远程看看是啥问题

Alan123 · 发表于 Post on 2022-2-22 08:39:00

ggdh 发表于 2022-2-21 17:19
原子数没有限制, 好像是parmchk2 产生的frcmod有问题, 加我qq我远程看看是啥问题

好的，老师，已经加您了

ggdh · 发表于 Post on 2022-2-22 21:01:48

Alan123 发表于 2022-2-20 22:44
老师，我已经把ambertools弄成了19版本，现在还是这个情况，请问现在是咋回事呢？还是版本的问题吗？谢谢 ...

结果是因为tleap不支持纯数字做变量名
你把文件名改成字母打头的就好

一条君 · 发表于 Post on 2022-7-31 19:49:20

本帖最后由一条君于 2022-7-31 20:19 编辑

(1)请问老师，文中log都可以换成out文件吧
(2)请问老师有打算加入“自规避随机游走”方法吗，（pysimm程序是一个例子），这个方法会有一些优点吗，谢谢

高处裹棉被 · 发表于 Post on 2022-9-29 17:35:39

本帖最后由高处裹棉被于 2022-9-30 18:25 编辑

想请问各位老师，用LigParGen生成的opls-aa力场下小分子拓扑文件能被ztop识别并构建聚合物吗？
我发现用LigParGen载入的拓扑文件生成的大分子拓扑结构出现[pairs]项和灵活二面角项为空白的情况，想请问该如何解决？

domeri2008 · 发表于 Post on 2022-10-5 21:50:07

请问老师，charmm格式的拓扑文件怎么输出啊，用cGenff无法产生str文件，原子数太多了

neocc · 发表于 Post on 2022-12-8 01:29:19

本帖最后由 neocc 于 2022-12-8 02:35 编辑

老师您的例子里面切出的非头尾单元都是中心或者镜面对称的结构吧。如果想做聚乙烯醇长链的话需要怎么办呢？

我的初步想法：对同一个单元正反切两次，得到两个对称性片段A(A1A2),B(B2B1)，
生成的时候写上[AB]n

老师您有更合适的解决方案吗？

ggdh · 发表于 Post on 2022-12-8 22:34:13

neocc 发表于 2022-12-8 01:29
老师您的例子里面切出的非头尾单元都是中心或者镜面对称的结构吧。如果想做聚乙烯醇长链的话需要怎么办呢？ ...

你这个方案挺好啊

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[程序/脚本开发] 用ztop构建大分子/聚合物的拓扑文件