用ztop构建大分子/聚合物的拓扑文件

neocc

ggdh 发表于 2022-12-8 22:34
你这个方案挺好啊

请问钟老师，我用ztop生成的带苯环的（刚性较大）的大长链，大概100个单元，放到了200nm*200nm*200nm的格子里才能避免旁边盒子里的分子的干扰，
然后用gmx能量最小化想让聚合物长链分子收缩，结果说我内存不够，


我觉得可能是我的mdp写的不对，这个长链大分子能量最小化的mdp怎么写比较合适呢

1. define                           = -DFLEXIBLE
   
2. integrator                       = steep
   
3. nsteps                           = 50000
   
4. nstlist                          = 1
   
5. ns_type                          = grid
   
6. rlist                            = 1
   
7. coulombtype               = PME
   
8. rcoulomb                  = 1
   
9. vdwtype                          = cut-off
   
10. rvdw                             = 1               
    
11. emtol                            = 100.0       
    
12. emstep                           = 0.01
    
13. pbc                              = xyz
    

复制代码

渡边京介

钟老师，像这种方法生成的大分子结构，和用xTB直接计算大分子结构，哪一种更适合做MD呢

huifeideyu

高处裹棉被 发表于 2022-9-29 17:35
想请问各位老师，用LigParGen生成的opls-aa力场下小分子拓扑文件能被ztop识别并构建聚合物吗？
我发现用Li ...

我就是用的LigParGen生成的oplss-aa拓扑，用ztop整合，目前看没问题，生成的文件都是完整的。

821533922

按照例子处理，却一直报错，不知道是哪里安装出了问题

huifeideyu

821533922 发表于 2023-11-30 21:45
按照例子处理，却一直报错，不知道是哪里安装出了问题

同样的问题，你咋解决的？

821533922

huifeideyu 发表于 2023-12-2 16:01
同样的问题，你咋解决的？

还没解决，以前用过老版本没有问题，不知道是不是更新原因

Azrael

钟老师，我按照您的步骤安装和跑例子报错了，是不是更新的问题

ggdh

821533922 发表于 2023-11-30 21:45
按照例子处理，却一直报错，不知道是哪里安装出了问题

目前重新下载应该没有我问题了，还有问题直接加我qq说

一条君

neocc 发表于 2022-12-8 01:29
老师您的例子里面切出的非头尾单元都是中心或者镜面对称的结构吧。如果想做聚乙烯醇长链的话需要怎么办呢？ ...

您好，分享一下我的想法，不知可行否
【4.连接位点命名和连接规则 a.第一个字符通常和片段的标签一致，不用来匹配连接位点】文中说通常一样，但是好像也可以不一样，比如【d.比如一个片段上有位点A1，A2，另外一个片段上有位点A1，B2，】，出现了两个不同字母，所以
非对称结构，切片后直接命名为A1，B1，根据【第一个字符不同的优先度更高】，程序运行时应该会形成A1B1A1B1结构吧
————————————更新
实测可行

一条君

老师，10.接口参数处理，以及电荷处理中  提到【这个电荷调整会输出在屏幕上】，我的好像看不到，是bug还是调整了呢
site-pair to connect is H1-P1, Left site: P2_1
site-pair to connect is P2_1-A21, Left site: A22_2
....
site-pair to connect is D11_40-P1, Left site: P2_41
site-pair to connect is P2_41-T2, Left site:
HP[APDP]10T build susscessful
_________________
答：看帮助 有个选项把电荷调为0

821533922

期待老师能出一个含随机函数的，方便构建无规共聚