求助如何处理VMD轨迹突然消失的问题

xinggx · 发表于 Post on 2021-7-16 12:54:50

本帖最后由 xinggx 于 2021-7-18 14:53 编辑

各位前辈大家好。

我刚开始接触动力学，在用Amber跑完后，用VMD加载轨迹时发现有一段轨迹消失。之后轨迹又恢复正常。

计算了RMSD之后，发现缺失的这部分的轨迹的RMSD变成了一个恒定值。

想问下各位前辈能不能有什么指令恢复RMSD ？或者是我需要重跑动力学吗？
（我这个问题是论坛里那个周期性边界条件问题吗？）

轨迹存在

轨迹消失

RMSD

Amber帧数坐标重叠警告

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-17 02:21:59

原因不好说，可能是写入轨迹的时候出错。在不能显示出体系的时候，按键盘上的0让体系居中，看体系是否能显示出来。也可以让VMD把异常的那一段保存成xyz轨迹格式，用文本编辑器打开看看里面的坐标是多少。如果异常的话，那只能重新跑；如果你对这段不感兴趣，无视也行

xinggx · 发表于 Post on 2021-7-18 14:45:53

sobereva 发表于 2021-7-17 02:21
原因不好说，可能是写入轨迹的时候出错。在不能显示出体系的时候，按键盘上的0让体系居中，看体系是否能显 ...

好的，谢谢sob老师。我检查了一下，我的轨迹是在VMD里直接消失的，按了0也显示不出来。之后我用amber试着提取了RMSD的值发现异常RMSD的地方会有帧数坐标重叠的警告。应该是坐标的问题吧。我打算重跑试试

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