AUTODOCK VINA 的问题

vandenberg · 发表于 Post on 2021-7-21 11:59:12

最近投了篇稿子，编辑问了几个autodock vina的问题

How manydocking runs were performed per template-ligand pair and

which was the RMSDlimit for clustering the solutions?

做了几次好理解，后面的问题我当时只是选了最好的构象，没有做聚类，
难道结果做聚类是通用分析方法？？
请老师解惑。

panernie · 发表于 Post on 2021-7-21 12:31:55

事实上Vina采用的算法是不需要聚类的，通常会选择排名靠前（第一）的模型。
我觉得编辑再问你docking有没有做重复，对接跑了几次，几次结果如何。
此外，Vina中的RMSD值是以最优的结果作为基点，其他的pose依次跟第一个进行比较。

vandenberg · 发表于 Post on 2021-7-21 15:19:46

谢谢老师

xking · 发表于 Post on 2021-11-16 18:22:00

请问有vina的安装包吗，现在官网已经没了win版安装包了、

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[分子对接] AUTODOCK VINA 的问题