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楼主 Author: 邱美佳
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[xtb] 求助:用xtb做构型搜索的时候结构跑散了怎么办

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发表于 Post on 2021-7-24 06:24:42 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-7-23 23:47
我之前做过显式/隐式混合溶剂的AIMD,发现那样水分子更容易跑飞。这个也容易理解,因为如果不加隐式溶剂 ...

LZ这个目的主要是用于采样,不需要太精准,有球型势造成不当的压力倒是无关紧要,用球型势也不必担心水跑走

ORCA里的动力学模块通过cell设置限制势的时候倒是可以接上elastic和pressure来设置维持成特定的压力
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-7-24 15:09:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-23 23:24
LZ这个目的主要是用于采样,不需要太精准,有球型势造成不当的压力倒是无关紧要,用球型势也不必担心水跑 ...

对,但是提到控压,又会存在另一个问题,就是当考虑隐式溶剂的时候,需要保持水分子不散开的压力远大于1个大气压。因为在使用隐式溶剂模型的时候,水分子之间没有净的吸引作用,导致水分子表现得就像气体一样,需要很大的压力才能保持液体的密度。这就又会涉及一个权衡的问题,压力太小,水分子跑散了;压力太大,等于算的是超高压下的水,不是常压下的水。
我知道lz不需要特别精准,主要是想借楼问一下,假如是在对精度要求比较高的场合,应该怎么办
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2021-7-24 15:14:14 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-7-24 15:09
对,但是提到控压,又会存在另一个问题,就是当考虑隐式溶剂的时候,需要保持水分子不散开的压力远大于1 ...

多加点水类似跑经典MD的处理不用隐式模型?

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发表于 Post on 2021-7-24 15:21:16 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2021-7-24 08:14
多加点水类似跑经典MD的处理不用隐式模型?

嗯,这个确实是一个方法。不过如果有办法可以用混合溶剂模型而不至于出现不好选合适的压力、球形限制势半径等问题,总归还是更好的
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2021-7-25 00:01:40 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-7-24 15:09
对,但是提到控压,又会存在另一个问题,就是当考虑隐式溶剂的时候,需要保持水分子不散开的压力远大于1 ...

对压力比较敏感的话,我看要么水簇取大一些、用不带隐式溶剂模型做指定外压的cell的模拟,要么就显式水周期性模拟了。
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发表于 Post on 2021-7-25 00:23:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-24 17:01
对压力比较敏感的话,我看要么水簇取大一些、用不带隐式溶剂模型做指定外压的cell的模拟,要么就显式水周 ...

嗯,确实可能只能这样。。。谢谢
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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