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[Amber] 求助:请问关于环肽的构象搜索问题

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发表于 2021-7-27 09:33:14 | 显示全部楼层 |阅读模式
看到有文献说,因为环肽的柔性较大,存在的构象空间较大,所以采用了增强采样,然后利用REMD,GaMD等。但是也有人用传统的CMD就跑了10ns作用,然后从中选取构象,请问各位大神,哪种方法更可靠一些呢?

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发表于 2021-7-27 10:34:48 | 显示全部楼层
我觉得通过动力学采样是一种不错的方法。
传统动力学虽然可以延长时间达到长时间采样,但由于构象能垒的存在,该方法可能不容易越过能垒。相比之下,副本交换可以更好的解决这个问题

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发表于 2021-7-27 10:36:25 | 显示全部楼层
如果温度够高,10 ns的普通动力学采样往往也够了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 2021-7-27 12:25:41 | 显示全部楼层
肯定是enhanced sampling更靠谱,10 ns brute-force md能不能看到构象变化都难说。

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 楼主| 发表于 2021-7-27 16:50:14 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2021-7-27 10:36
如果温度够高,10 ns的普通动力学采样往往也够了

那老师温度多高合适呢,如果是用amber跑普通动力学采样只需要改变加热的温度的参数吗,其他不用改动是吗

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 楼主| 发表于 2021-7-27 16:52:38 | 显示全部楼层
panernie 发表于 2021-7-27 10:34
我觉得通过动力学采样是一种不错的方法。
传统动力学虽然可以延长时间达到长时间采样,但由于构象能垒的存 ...

嗯嗯,我也是看到有说副本交换是个不错的选择,就是不知道实际操作起来难度如何,因为我是个新手
非常感谢!

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发表于 2021-7-28 01:21:14 | 显示全部楼层
zjn 发表于 2021-7-27 16:50
那老师温度多高合适呢,如果是用amber跑普通动力学采样只需要改变加热的温度的参数吗,其他不用改动是吗

跟具体体系有关。实际跑跑轨迹看看,看是否构象在模拟过程中发生了较多、较自如的变化便知。用周期性退火也可以,我也更推荐,采样效率更高
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 楼主| 发表于 2021-7-28 10:24:38 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2021-7-28 01:21
跟具体体系有关。实际跑跑轨迹看看,看是否构象在模拟过程中发生了较多、较自如的变化便知。用周期性退火 ...

好的老师,那得到的构象是要做聚类吗,如何判断哪些构象是更合理可能存在的呢?是接下来个跟复合物再一起跑传统MD吗,根据RMSD和MMPBSA吗

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发表于 2021-7-28 17:41:11 | 显示全部楼层
为什么不试试xtb+crest?用metadynamic增强采样,xtb优化结构?

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发表于 2021-7-29 02:12:05 | 显示全部楼层
zjn 发表于 2021-7-28 10:24
好的老师,那得到的构象是要做聚类吗,如何判断哪些构象是更合理可能存在的呢?是接下来个跟复合物再一起 ...

如果直接跑MD,每隔一定帧数将结构做能量极小化,对比哪个结构是能量最低的

如果是周期性退火,把对应0K参考温度的结构都拿出来做能量极小化,对比哪个结构是能量最低的

复合物是另一码事,你得交代清楚具体情况
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 楼主| 发表于 2021-7-29 09:35:42 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2021-7-29 02:12
如果直接跑MD,每隔一定帧数将结构做能量极小化,对比哪个结构是能量最低的

如果是周期性退火,把对应 ...

好的,老师,我的情况是从复合物蛋白相互作用界面上截取了一段,设计一个环肽抑制剂,所以就想先找到找个肽的最低的能量构象,然后再对接,跑cmd分析相互作用

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 楼主| 发表于 2021-7-30 19:48:31 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2021-7-29 02:12
如果直接跑MD,每隔一定帧数将结构做能量极小化,对比哪个结构是能量最低的

如果是周期性退火,把对应 ...

请问老师如果是环肽和蛋白的复合物的话为什么是另外一回事呢,那应该怎么处理呢

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发表于 2021-8-1 05:52:02 | 显示全部楼层
zjn 发表于 2021-7-30 19:48
请问老师如果是环肽和蛋白的复合物的话为什么是另外一回事呢,那应该怎么处理呢

你一开始说的是环肽,后面又不知道怎么冒出来一个复合物。只是环肽的构象搜索牵扯不到复合物的事
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