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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] Shermo:计算气相分子配分函数和热力学数据的简单程序

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-12-27 09:59:06 | 只看该作者 Only view this author
978142355 发表于 2015-12-26 20:28
首先在这里感谢sob老师编写的程序以及在遇到问题时给予的热心解惑,我将使用sob老师程序的心得(我个人出错 ...


有些地方你说得不准确。
1 线型分子转动对称数不是随便给个负值就行,要不然转动贡献肯定不对,如文档里公式所示转动配分函数是依赖于转动对称数的。线型分子转动对称数是多少就得输入多少,比如H2是2,HCN是1,你额外再在前面加个符号让程序知道这个体系是线型的,以使用对应的公式。

2 关于却怎么确定同位素的,看来这里还要更确切地说一下,比如
C 12.0
H 1.00783
2 2.01410
6 2.01410
程序首先看到C指定为12,程序就扫描所有原子,发现元素名是C,就给它设定为12
然后程序看到H指定为1.00783,程序就扫描所有原子,发现元素名是H,就给它设定为1.00783
之后程序看到原子2号指定为2.01410,就把2号原子质量设为2.01410覆盖前面设的默认值。然后6号原子也是这样。
所以建议先把所有元素进行指定,然后再对个别的需要更改的进行指定,就会覆盖前面元素设定。

3 对于线型分子,不要输入三个转动常数,而应当输入一个值(高斯输出文件里第一个是0,后两个一样,就把后两个之一添到ini里)。对于线型分子Shermo只会读取一个值(从文档里的转动配分函数公式上也可以看到只依赖于一个惯性矩值),所以你写成0.00000  31.66694  31.66694,相当于程序读取的惯性矩是0,这导致结果完全不对,转动配分函数成了0。


PS:所以通过使用Shermo,对于加深概念的理解很有益,能弄清楚细节。

我已经把程序包在1L进行了更新,对于你提到的问题在文档里描述得更详细了一点,并且附加了线型分子和自由基的示例文件。
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发表于 Post on 2015-12-27 11:04:59 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 978142355 于 2015-12-27 12:24 编辑
sobereva 发表于 2015-12-27 09:59
有些地方你说得不准确。
1 线型分子转动对称数不是随便给个负值就行,要不然转动贡献肯定不对,如文档 ...

多谢sob老师提出批评与指正,相关错误我自己也更正了。
原来线性分子那个地方不是随意给的一个负数啊..........我改-3和-1得出的结果是一致的,认为就是随便给个负数就行,看来我是从根上就出错了。
相对原子质量那里我也理解错了,很sorry。
线性分子惯性矩那里是我是完全理解错了,也很sorry,很感谢sob老师及时改正,以免其他人看完出错。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-12-27 13:18:11 | 只看该作者 Only view this author
978142355 发表于 2015-12-27 11:04
多谢sob老师提出批评与指正,相关错误我自己也更正了。
原来线性分子那个地方不是随意给的一个负数啊... ...

不是一致的啊,比如HCN的例子,用-1和-3得到的转动部分的数值明显不同
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发表于 Post on 2015-12-27 16:14:02 | 只看该作者 Only view this author
用了这个程序如何引用?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-12-27 16:28:10 | 只看该作者 Only view this author
虎王 发表于 2015-12-27 16:14
用了这个程序如何引用?

这样吧
Tian Lu, Shermo program, http://http://sobereva.com/315 (access 日期)
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发表于 Post on 2015-12-27 22:07:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-12-27 13:18
不是一致的啊,比如HCN的例子,用-1和-3得到的转动部分的数值明显不同

老师可能误会了,我之前之所以认为Rotational symmetry number写-1和-3(甚至是任何一个负数都行)是因为Moments of inertia地方写成了3个数值(第一个数值是0,第二和第三数值相等),我测试了一下,对于CO,如果Moments of inertia写成3个数值,那么Rotational symmetry number写-1和-3都相同。
最后,还是感谢老师热心而耐心的指导,使我对这个程序的功能有彻底的了解。
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发表于 Post on 2016-1-5 08:34:39 | 只看该作者 Only view this author
要是用Linux的脚本程序编辑就更好了,不过还是谢谢Sob!

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发表于 Post on 2016-3-4 12:25:23 | 只看该作者 Only view this author
我解压了之后是这样子shermo.f90不能正确显示 运行exe文件就只是闪一下 就没了 我应该怎么改啊

[19UNGOG%J_8BJSX3{W_YIN.png (19.56 KB, 下载次数 Times of downloads: 63)

[19UNGOG%J_8BJSX3{W_YIN.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-4 12:50:10 | 只看该作者 Only view this author
北极天99 发表于 2016-3-4 12:25
我解压了之后是这样子shermo.f90不能正确显示 运行exe文件就只是闪一下 就没了 我应该怎么改啊


.f90是源代码,显然你得用文本编辑器打开才能查看
shermo运行后闪了一下就关闭显然是你的输入文件有问题,仔细看使用文档,里面写得很清楚需要把输入文件命名为Shermo.ini。
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发表于 Post on 2016-3-4 15:00:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-4 12:50
.f90是源代码,显然你得用文本编辑器打开才能查看
shermo运行后闪了一下就关闭显然是你的输入文件有问 ...

老师,我运行的是给出的例子 也运行不了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-4 21:41:30 | 只看该作者 Only view this author
北极天99 发表于 2016-3-4 15:00
老师,我运行的是给出的例子 也运行不了


绝对能运行
给了三个例子,把你要运行的例子改名成Shermo.ini就完了,手册里很明确地说程序启动时要读取当前目录下的Shermo.ini。
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发表于 Post on 2016-11-30 14:19:06 | 只看该作者 Only view this author
非常感谢sob!

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发表于 Post on 2017-8-13 23:44:52 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 beefly 于 2017-8-13 23:45 编辑

在程序里,电子对熵的贡献只取决于自旋多重度,这种近似是不是有问题?虽然Gaussian也是这么做的,但我估计原因是Gaussian无法处理简并态。

按照Gaussian的说法,the first and higher excited states are assumed to be inaccessible at any temperature,一般情况下这是正确的。但是假如我们把激发态和基态无限拉近,也就是基态简并的情况,光考虑自旋多重度还不够,轨道角动量的简并度也要考虑。例如自由羟基OH,基态2Pi,总简并度是2*2=4,如果只取自旋多重度,得到的吉布斯自由能是不一样的。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-14 08:16:50 | 只看该作者 Only view this author
beefly 发表于 2017-8-13 23:44
在程序里,电子对熵的贡献只取决于自旋多重度,这种近似是不是有问题?虽然Gaussian也是这么做的,但我估计 ...


是有这个问题,这只能靠有基础知识的用户自己把空间简并度等效归入到自旋多重度里体现了
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发表于 Post on 2017-12-5 20:21:01 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师您好,跟着公式把这个程序写了一遍,仿照着您的程序在写。

程序的第53行,您写的是“rotcst3=h/(8D0*pi**2*inert2*amu2kg*(b2a*1D-10)**2)”

inert2是否是应该是inert3. 是您笔误还是就是这样?应该是笔误了吧?

我用其他的freq的任务,只有改了以后才能和Gaussian的结果对得上。

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