计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] Shermo:计算气相分子配分函数和热力学数据的简单程序

  [复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

31#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-5 23:45:35 | 只看该作者 Only view this author
让你变成回忆 发表于 2017-12-5 20:21
Sob老师您好,跟着公式把这个程序写了一遍,仿照着您的程序在写。

程序的第53行,您写的是“rotcst3=h/( ...


是inert3,后来修改过这个bug,貌似当时忘了重新上传了。刚才已重新上传。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

46

帖子

0

威望

835

eV
积分
881

Level 4 (黑子)

32#
发表于 Post on 2018-1-27 00:02:50 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,我在windows 32位下测试,为什么出错了?错误信息为:

q.PNG (14.2 KB, 下载次数 Times of downloads: 74)

q.PNG

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

33#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-27 00:50:36 | 只看该作者 Only view this author
清微 发表于 2018-1-27 00:02
请问老师,我在windows 32位下测试,为什么出错了?错误信息为:

Shermo.ini不在当前目录
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

46

帖子

0

威望

835

eV
积分
881

Level 4 (黑子)

34#
发表于 Post on 2018-3-28 18:50:46 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,零点振动能的物理意义是什么?
我们知道,在统计热力学中,计算振动配分函数时,有两种零点参考方法,一种以势能面最低点,另一种以振动基态,基于两者配分函数算出的内能就差了ZPE这一项。所以可以这么理解么:零点振动能仅仅是因为零点取得不同导致的,如果以振动基态作为零点,就不存在零点振动能了?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

35#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-28 19:28:28 | 只看该作者 Only view this author
清微 发表于 2018-3-28 18:50
请问老师,零点振动能的物理意义是什么?
我们知道,在统计热力学中,计算振动配分函数时,有两种零点参考 ...


求解核的振动能级,即便是振动基态时能量也不为零,这个值就是ZPE
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

46

帖子

0

威望

835

eV
积分
881

Level 4 (黑子)

36#
发表于 Post on 2018-3-28 19:49:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-28 19:28
求解核的振动能级,即便是振动基态时能量也不为零,这个值就是ZPE

您在Shermo程序里,求振动对内能的贡献:第二个式子是以振动基态作为零点求得的Ev(V=0),而第一式加上第二式相当于以势能面最低点作为零点求得的Ev(BOT),量化程序一般选用后者作为零点,得到Ev(BOT),然后从里面拿掉0.5hv这一项叫做零点能,而把其余部分叫做振动的贡献,这样做有什么必要?为什么不直接把整个Ev(BOT)再加上平动和转动叫做对内能的热力学校正量?

BH.PNG (35.97 KB, 下载次数 Times of downloads: 66)

振动对体系内能的贡献

振动对体系内能的贡献

46

帖子

0

威望

835

eV
积分
881

Level 4 (黑子)

37#
发表于 Post on 2018-3-28 19:57:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-28 19:28
求解核的振动能级,即便是振动基态时能量也不为零,这个值就是ZPE

统计热力学公式里:直接用Ev(BOT)可以么?

图片.png (111.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 81)

振动对内能的贡献

振动对内能的贡献

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

38#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-28 23:00:36 | 只看该作者 Only view this author
清微 发表于 2018-3-28 19:49
您在Shermo程序里,求振动对内能的贡献:第二个式子是以振动基态作为零点求得的Ev(V=0),而第一式加上第二 ...


ZPE本身就算是振动产生的贡献的一部分
基于Q(V=0)计算升温导致的U的增加,将之与ZPE独立考虑,更便于分别讨论两部分贡献。而且Q(V=0)的数量级显著大于Q(BOT),后者太小

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

46

帖子

0

威望

835

eV
积分
881

Level 4 (黑子)

39#
发表于 Post on 2018-3-29 12:55:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-28 23:00
ZPE本身就算是振动产生的贡献的一部分
基于Q(V=0)计算升温导致的U的增加,将之与ZPE独立考虑,更便于 ...

1.那么其实Gaussian用到的还是以势能面最低点作为零点求得的Ev(BOT),只是拆分成了ZPVE和Ev(V=0)两项,事实上就只应该采用BOT作为零点,V=0为零点只是个辅助说明。
2.求解核的振动能级才能得到ZPVE,它的值是否严格等于Σi0.5hvi?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

40#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-29 16:08:15 | 只看该作者 Only view this author
清微 发表于 2018-3-29 12:55
1.那么其实Gaussian用到的还是以势能面最低点作为零点求得的Ev(BOT),只是拆分成了ZPVE和Ev(V=0)两项,事 ...

1 姑且可以这么理解
2 仅在谐振近似下是这样
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-14 07:02 , Processed in 0.590623 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list