求助，使用pymol显示md模拟后的多聚体结构不全

5撇到3撇 · 发表于 Post on 2021-8-2 23:31:18

请教各位老师，在模拟三聚体的md之后，用vmd查看轨迹（结构显示正常），保存最后一帧的坐标（.pdb）之后，用pymol打开只显示一个单体结构，选中某一个残基会有另外对称的残基显示，导致ligplus无法正常识别，但VMD正常显示。用文本编辑软件查看发现一个残基序号下包含了3个同名的残基坐标。后来我直接从轨迹中提取了最后一帧（.gro），然后用gmx editconf 转换格式成.pdb，结果还是不行。可能描述的不是很清楚，已把结构上传至附件，希望老师可以帮助解答，谢谢！

raysist · 发表于 Post on 2021-8-4 23:03:21

在pdb文件里每个链用A,B,C分别表示

5撇到3撇 · 发表于 Post on 2021-8-4 23:31:46

raysist 发表于 2021-8-4 23:03
在pdb文件里每个链用A,B,C分别表示

请问是用文本编辑器打开操作吗？现在的情况是：比如ALA162这个残基，它的坐标信息同时包括三条链上的ALA162。不知道现在要怎么编辑了

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[综合交流] 求助，使用pymol显示md模拟后的多聚体结构不全

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