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[Quantum ESPRESSO] QE 6.8安装记录

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发表于 Post on 2021-8-3 18:03:44 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 funok 于 2021-8-9 19:44 编辑

安装QE 6.8 并使用pslibrary 1.0.0 生成相应的赝势文件

系统:centos linux release 7.6.1810
预装软件:Intel parallel studio xe 2015(软件安装路径:/opt/intel2015)(intel 2019也可以使用)

下载地址:
QE6.8 :https://github.com/QEF/q-e/releases
pslibrary 1.0.0: https://github.com/dalcorso/pslibrary

(1) 安装QE6.8:
source /opt/intel2015/bin/compilervars.sh intel64
source /opt/intel2015/mkl/bin/mklvars.sh intel64
source /opt/intel2015/impi/5.0.3.049/intel64/bin/mpivars.sh

./configure --prefix=/home/qe


make all install

make.inc 文件中的编译选项为:
MPIF90=mpiifort
F90=ifort
CC=icc


注:运行./configure --prefix=/home/qe之后,当显示如下内容代表并行环境配置成功。
Parallel environment detected successfully.\
Configured for compilation of parallel executables.

(2) 使用pslibrary 1.0.0 生成相应的赝势文件:
在pslibrary 1.0.0 文件夹中,修改QE_path文件中的QE的路径为对应QE安装包的路径,而后运行以下命令即可生成相应的赝势文件
  1. ./make_all_ps
复制代码
注:使用同样的方法安装qe-6.6,而后使用社长的帖子http://sobereva.com/562中提供的测试例子,可以正常计算,但后续使用pslibrary 1.0.0生成相应的赝势文件无法使用。
      赝势文件可以使用./make_all_test进行测试。

参考网址:
https://www.cnblogs.com/HPC-TOP/p/13259676.html
http://sobereva.com/562
https://yyyu200.github.io/DFTboo ... 01/InstallandLinux/
https://github.com/dalcorso/pslibrary

2021.08.08注:使用上述方法安装的QE在跨节点计算时,会报错(可能是我哪里配置的不对)

2021.08.09注:参照上述方法,只声明mkl的环境变量,并使用openmpi-3.1.4,安装qe-6.8时,可以正常安装,并可以使用pslibrary正常生成赝势文件。
make.inc文件的部分内容:

MPIF90         = mpif90
F90           = gfortran
CC             = gcc

BLAS_LIBS      =   -lmkl_gf_lp64  -lmkl_sequential -lmkl_core

SCALAPACK_LIBS = -lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_blacs_openmpi_lp64

在同一台机器上,运行社长提供的diamond例子时,intelmpi+icc+ifort+intle_mkl编译生成的执行程序略快于使用openmpi+gcc+gfortran+intel_mkl编译生成的pw.x。



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发表于 Post on 2021-8-4 09:24:52 | 显示全部楼层 Show all
我们年初增加的DORI的部分(http://bbs.keinsci.com/thread-21546-1-1.html)现在也被加入到了QE6.8的版本,欢迎大家讨论。

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发表于 Post on 2021-8-4 22:24:29 | 显示全部楼层 Show all
这个赝势和在https://www.materialscloud.org/d ... ciency#sssp-license里下载的哪个好些啊?

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发表于 Post on 2021-8-4 22:50:23 | 显示全部楼层 Show all
renzhogn424 发表于 2021-8-4 22:24
这个赝势和在https://www.materialscloud.org/discover/sssp/table/efficiency#sssp-license里下载的哪个好 ...

PSLib的赝势还可以,SSSP的库中一部分用的是PSLib的。不过实际使用最好还是小心测试。
近期不及时回复。欢迎无偏见非商业的学术讨论,但是看家本领和课题组的传统艺能别人会毫无保留告诉你?

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发表于 Post on 2021-8-5 08:15:51 | 显示全部楼层 Show all
卡开发发 发表于 2021-8-4 22:50
PSLib的赝势还可以,SSSP的库中一部分用的是PSLib的。不过实际使用最好还是小心测试。

是的,好像SSSP是个混合库,虽然测评但还是担心不同体系的赝势一致性的问题。不知道PSLib的一致性是不是更好。也奇怪,赝势既然是文本文件,为啥pslib还要去生成一下,直接下载不是更方便。

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从头算界孔乙己

发表于 Post on 2021-8-5 09:25:32 | 显示全部楼层 Show all
renzhogn424 发表于 2021-8-5 08:15
是的,好像SSSP是个混合库,虽然测评但还是担心不同体系的赝势一致性的问题。不知道PSLib的一致性是不是 ...

一致性方面倒是没什么问题,不过可能会遇到的情况是,如果要使用模守恒和超软赝势混合的情况仍然需要较大的动能截断,这样超软赝势(或PAW)引入补偿电荷来降低波函数部分的动能截断的优势就没了。

形状一致赝势(包括模守恒、超软赝势等)一般都是
1、先通过全电子方法计算;
2、再给定原子的轨道相关的参数如芯半径等,然后通过赝势产生程序进行生成;
3、最后再比较生成的赝势对不同的原子组态的可迁移性。QE的赝势生成相当于1、3两步都完成了,然后提供了2的输入文件给你自己去产生,如果不想自己产生直接去官网的点pseudopotentials标签中PSLib赝势下载就行了。
近期不及时回复。欢迎无偏见非商业的学术讨论,但是看家本领和课题组的传统艺能别人会毫无保留告诉你?

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发表于 Post on 2021-8-5 11:35:34 | 显示全部楼层 Show all
卡开发发 发表于 2021-8-5 09:25
一致性方面倒是没什么问题,不过可能会遇到的情况是,如果要使用模守恒和超软赝势混合的情况仍然需要较大 ...

了解,学习了!

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发表于 Post on 2021-8-7 14:24:58 | 显示全部楼层 Show all
qe6.8的色散修正里开了并行,计算速度提高了不少,但是我们跑下来发现色散修正计算的原子受力有问题。不知道大家伙儿情况如何?

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发表于 Post on 2022-1-6 18:21:04 | 显示全部楼层 Show all
请问楼主,qe6.8版本在GPU上跑的话,其中的epw模块可以安装在节点上并在GPU上跑吗?

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发表于 Post on 2022-1-6 20:00:06 | 显示全部楼层 Show all
zhoujy 发表于 2022-1-6 18:21
请问楼主,qe6.8版本在GPU上跑的话,其中的epw模块可以安装在节点上并在GPU上跑吗?

http://bbs.keinsci.com/thread-22198-1-1.html

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