msd模块的几个问题

huangtingyanyi

通过gmx_mpi msd 得到的msd.xvg文件，部分内容如下：
# GROup of MAchos and Cynical Suckers
#
@    title "Mean Square Displacement"
@    xaxis  label "Time (ps)"
@    yaxis  label "MSD (nm\S2\N)"
@TYPE xy
# MSD gathered over 1000 ps with 1001 restarts
# Diffusion constants fitted from time 100 to 900 ps
# D[        ZN] = 0.0120 (+/- 0.0023) (1e-5 cm^2/s)
         0           0
         1  0.00293015
         2   0.0036664
         3  0.00404295


有两个问题1：为什么得到的扩散系数会这么小，比实验值少一个数量级？
                2： y轴的单位是nm\S2\N，但是一般文献上是A^2,这个怎么换算的？


如下是跑nvt的参数
integrator  = md        ; leap-frog integrator
nsteps      = 1000000     ; 2 * 500000 = 1000 ps = 1 ns
dt          = 0.001     ; 2 fs

; Output control
nstxout     = 1000       ; save coordinates every 1.0 ps
nstvout     = 1000       ; save velocities every 1.0 ps
nstenergy   = 1000       ; save energies every 1.0 ps
nstlog      = 1000       ; update log file every 1.0 ps

; Bond parameters
continuation            = no        ; first dynamics run
constraint_algorithm    = lincs     ; holonomic constraints
constraints             = none      ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained
lincs_iter              = 1         ; accuracy of LINCS
lincs_order             = 4         ; also related to accuracy

; Neighborsearching
cutoff-scheme   = Verlet
ns_type         = grid      ; search neighboring grid cells
nstlist         = 10        ; 20 fs, largely irrelevant with Verlet
rcoulomb        = 1.4       ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
rvdw            = 1.4       ; short-range van der Waals cutoff (in nm)

; Electrostatics
coulombtype     = PME   ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
pme_order       = 4     ; cubic interpolation
fourierspacing  = 0.16  ; grid spacing for FFT

; Temperature coupling is on
tcoupl           = nose-hoover ; modified Berendsen thermostat
nsttcouple       = -1
nh-chain-length  = 1
tc-grps          = System   ; two coupling groups - more accurate
tau_t            = 0.2             ; time constant, in ps
ref_t            = 298.15             ; reference temperature, one for each group, in K

; Pressure coupling is off
pcoupl      = no        ; no pressure coupling in NVT
Pcoupltype  = isotropic

; Time constant (ps), compressibility (1/bar) and reference P (bar)
tau_p            = 0.5
compressibility  = 4.5e-5
ref_p            = 1.
refcoord_scaling = com

; Periodic boundary conditions
pbc     = xyz           ; 3-D PBC

; Dispersion correction
DispCorr    = EnerPres  ; account for cut-off vdW scheme

; Velocity generation
gen_vel     = no       ; assign velocities from Maxwell distribution

Kangtor

一般与实验值有较大误差是由于力场参数不好，或者缺少极化（针对特殊的体系）

你发个文献中的截图看看，我用的都是cm^2/s

huangtingyanyi

Kangtor 发表于 2021-8-11 21:13
一般与实验值有较大误差是由于力场参数不好，或者缺少极化（针对特殊的体系）

你发个文献中的截图看看， ...

改变力场的参数影响太大了，只能慢慢调试了。

Kangtor

huangtingyanyi 发表于 2021-8-11 21:26
改变力场的参数影响太大了，只能慢慢调试了。

不好意思，没看清楚。我以为你说的扩散系数的单位
gromacs的MSD指的应该是平均了每个粒子后的nm^2

Kangtor

huangtingyanyi 发表于 2021-8-11 21:26
改变力场的参数影响太大了，只能慢慢调试了。

一般来说，力场参数你是没办法随便调整的，除非有特殊的目的。
但是你可以把计算结果之间定性去比较，一般都能得到合适的结论，尤其是在定性一致的方面

huangtingyanyi

Kangtor 发表于 2021-8-11 23:20
一般来说，力场参数你是没办法随便调整的，除非有特殊的目的。
但是你可以把计算结果之间定性去比较，一 ...

好的， 非常感谢啊！