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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn资源与经验] Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍

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发表于 Post on 2022-7-25 14:42:10 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2022-7-25 07:12
看这一部分    (13)重排原子序号

Multiwfn也许可以实现,但我没去深究。

好的,谢谢

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发表于 Post on 2022-10-16 15:24:40 | 只看该作者 Only view this author
调整坐标轴的功能非常实用,附件中的坐标,想把1,2号原子的键轴方向定义为z轴,但是在转换之后,无法产生新的坐标,请赐教。 62.xyz (4.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-16 18:54:08 | 只看该作者 Only view this author
xiaoboy 发表于 2022-10-16 15:24
调整坐标轴的功能非常实用,附件中的坐标,想把1,2号原子的键轴方向定义为z轴,但是在转换之后,无法产生 ...

我不知道你说的无法产生是什么意思,我这里毫无问题。用5 Make a bond parallel to a vector or Cartesian axis后,保存gjf文件,gview里观看明显就是想要的效果


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发表于 Post on 2023-9-9 12:07:22 | 只看该作者 Only view this author
非常有用的系列工具。社长考虑没考虑做一个能比较两个晶体RMSD的工具?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-9 21:24:30 | 只看该作者 Only view this author
wanlichuan 发表于 2023-9-9 12:07
非常有用的系列工具。社长考虑没考虑做一个能比较两个晶体RMSD的工具?

我不知道你说的两个晶体具体是什么情况,晶胞参数是否相同
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发表于 Post on 2023-9-9 23:13:24 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wanlichuan 于 2023-9-9 23:17 编辑

社长,空间群和晶胞参数可能都是不同的,只是单胞中的主要分子构型相同(构象可能不同),单胞中有些小分子(离子)可能不同,比如溶剂分子可能不完全相同、金属离子或平衡离子可能不完全相同。最典型的就是同质多晶现象。现在能实现这个功能的软件极少,主要的就是国际晶体学会的Mercury,免费版还不开放这个功能。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-10 00:15:21 | 只看该作者 Only view this author
wanlichuan 发表于 2023-9-9 23:13
社长,空间群和晶胞参数可能都是不同的,只是单胞中的主要分子构型相同(构象可能不同),单胞中有些小分子 ...

如果是比较分子晶体中单分子的结构差异,抠出来照常算RMSD就行。如果是要对晶胞层面进行对比,我没打算考虑。
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发表于 Post on 2024-2-29 22:53:31 | 只看该作者 Only view this author
社长,关于功能(28)交换坐标轴,貌似进行矢量转换的时候相应的夹角不会发生转换,这是合理的嘛

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-29 23:24:52 | 只看该作者 Only view this author
luzujia 发表于 2024-2-29 22:53
社长,关于功能(28)交换坐标轴,貌似进行矢量转换的时候相应的夹角不会发生转换,这是合理的嘛

那个功能目前只考虑分子和正交盒子的情况
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发表于 Post on 2024-5-5 12:14:37 | 只看该作者 Only view this author
请问大家,(1)原子能否加H?(2) 判断经典键级(用于作图)?(3) UFF/MMFF 优化?
能否给个c++/python的api,我也好调用。谢谢社长神作。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-5 23:52:45 | 只看该作者 Only view this author
zhangfuqiang 发表于 2024-5-5 12:14
请问大家,(1)原子能否加H?(2) 判断经典键级(用于作图)?(3) UFF/MMFF 优化?
能否给个c++/python的a ...

1 没有加氢的功能
2 没有直接判断形式键级的功能。可以用Multiwfn算Mayer键级,然后取最近的整数
3 力场级别的优化不是Multiwfn的事。用openbabel、avogadro之类可以做

不会提供API,直接通过命令行调用就完了,毫无难度
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html
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发表于 Post on 2025-8-1 11:25:15 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Novice 于 2025-8-1 13:10 编辑

社长,我在使用300-7功能按照
2.7 令C18Br6分子晶体中的分子保持完整

构建有机分子的晶胞时,发现构建出的晶胞即使使用“(13)重排原子序号”的功能,里面的重复片段编号依然不是重复且对应的,因此不能直接用来构建gmx的gro文件(因为我只取了一个分子产生的itp)。而我构建的超胞含有几百个分子,一个个手动对应工作量很大也不现实,请问这种情况该如何处理呢?能不能让multiwfn导出的结构文件中的原子顺序,按照晶体里的最小不对称单元的顺序不断重复呢?
----------
为了防止我说的不明白,对需求进行详细说明:
比如C18Br6分子晶体的cif文件中存储的最小重复单元应该恰为一个C18Br6分子,其原子编号应该为1~24且与结构对应,导出单胞或者超胞pdb时,假设盒子含有x个分子,导出的坐标能否是规律的x*(1~24)的文件(类似packmol输出的pdb文件)呢?


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-8-1 12:59:08 | 只看该作者 Only view this author
Novice 发表于 2025-8-1 11:25
社长,我在使用300-7功能按照

构建有机分子的晶胞时,发现构建出的晶胞即使使用“(13)重排原子序号”的 ...

这个功能只能保证每个片段里序号连续,但不能保证每个分子里的序号顺序一致。实现你的目的需要额外的代码才行
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发表于 Post on 2025-8-1 13:01:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-8-1 12:59
这个功能只能保证每个片段里序号连续,但不能保证每个分子里的序号顺序一致。实现你的目的需要额外的代码 ...

是否有现有的方法能实现这一目的?或者社长您是否能把这一功能加到Multiwfn里呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-8-1 13:02:29 | 只看该作者 Only view this author
Novice 发表于 2025-8-1 13:01
是否有现有的方法能实现这一目的?或者社长您是否能把这一功能加到Multiwfn里呢?

我之前也有打算弄,这样可以使得GROMACS模拟分子晶体容易许多,不过短期内还没时间,还有很多更重要的事

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