如何给非标准残基中的羧基添加氢原子

nickkid

有Heme b的.pdb文件，尝试在ChimeraX里用addh命令添加氢原子，但是似乎该软件不知道如何给羧基上的氧原子添加氢原子。下图是在ChimeraX中操作的结果：
有三个问题：
1. 能否有办法在ChimeraX中为羧基中的氧原子添加氢原子？
2. 如果1行不通，我没安装GaussView（收费软件，没找到资源），能否有其他方式？
3. 如果只有GaussView可以解决这个问题，能否指条路。

nickkid

更新：发现Avagadro软件可以完成上述功能，待后续验证测试是否可用。
另补充我在此问题上的所知：
PyMOL和ChimeraX都可以完成添加氢原子，但是ChimeraX添加的氢原子命名方式符合PDB规则，PyMOl则不是。所以会选择ChimeraX，但是两者都无法为非标准残基的羧基添加氢原子。

sobereva

avogadro、gabedit等免费的能建模的程序有的是，想怎么加氢就怎么加

非标准残基根本没有标准的氢原子名的定义，想改成什么名字自己编辑pdb文件就完了

nickkid

sobereva 发表于 2021-8-16 23:44
avogadro、gabedit等免费的能建模的程序有的是，想怎么加氢就怎么加

非标准残基根本没有标准的氢原子名 ...

谢谢老师。跟身边的老师请教，后续生成拓扑还需要铁卟啉的数据，我的专业基础解决不了，他帮我找人做了。
另外蛋白质结构缺失几段氨基酸残基序列，可视化后发现属于loop区的。后续做蛋白质构象模拟和变构位点模拟的话，有必要通过同源模建补全结构吗？因为好像说loop在结构里比较边缘（所以影响小？），而且补全的精度也不算高。

nickkid

sobereva 发表于 2021-8-16 23:44
avogadro、gabedit等免费的能建模的程序有的是，想怎么加氢就怎么加

非标准残基根本没有标准的氢原子名 ...

另外我本来想做这个蛋白质分子与NO结合的化学反应过程的。蛋白质是二聚体，铁卟啉是辅酶，2价铁6配位，4个被铁卟啉里的氮原子占据，1个与蛋白质的组氨酸成配位键结合，反应过程涉及到配位键的形成和断裂。我老师说这种化学反应要用量子力学，只靠分子动力学模拟极有可能做不出来。所以我转而做构象和变构方面的工作了--！不知道老师您对此有何意见和建议？

sobereva

nickkid 发表于 2021-8-17 10:53
另外我本来想做这个蛋白质分子与NO结合的化学反应过程的。蛋白质是二聚体，铁卟啉是辅酶，2价铁6配位，4 ...

必须用量子化学方法才能研究

sobereva

nickkid 发表于 2021-8-17 10:49
谢谢老师。跟身边的老师请教，后续生成拓扑还需要铁卟啉的数据，我的专业基础解决不了，他帮我找人做了。 ...

只是少量loop区缺失用pdbfixer就能补，不用同源模建