在进行蛋白质在水溶液中的分子动力学模拟过程中，模拟盒子包含蛋白质分子、DES（ChCl：HCOOH）、水；DES.gro和DES.itp文件经Acpype得到，原子电荷为零，直接用于分子动力学模拟（使用amber99sb-ildn.ff力场）可以完成整个模拟过程；通过multiwfn计算RESP电荷填充DES.itp中原子电荷值，DES总电荷为零，再将其用于进行分子动力学模拟在nvt平衡中报错，查了好久也解决不了这个问题，望各位老师同学指教，谢谢。
nvt平衡过程报错：
Fatal error:
Too many LINCS warnings (1000)
If you know what you are doing you can adjust the lincs warning threshold in
your mdp file
or set the environment variable GMX_MAXCONSTRWARN to -1,
but normally it is better to fix the problem
模拟过程如附件所示（因附件过大（超过9.8MB），所以分part压缩了）：
所用命令：
生成蛋白质拓扑文件（.itp、.gro、topol.top）：gmx pdb2gmx -f protein.pdb -o protein.gro -water spce 添加DES：gmxinsert-molecules -f protein.gro -ci DES.gro -box 6.0 6.0 6.0 -o newbox.gro-nmol 11 添加溶剂（水）：gmx solvate -cp newbox.gro -cs spc216.gro -osolv.gro -p topol.top 添加离子：gmx grompp -f ions.mdp -c solv.gro -ptopol.top -o ions.tpr gmx genion -s ions.tpr -o solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL-neutral 能量最小化：gmx grompp -f em.mdp -c solv_ions.gro -ptopol.top -o em.tpr gmx mdrun -v -deffnm em 收敛项分析：gmx energy -fem.edr -o potential.xvg 平衡： NVT系综：gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -r em.gro -p topol.top -o nvt.tpr gmx mdrun -deffnm nvt
初学GROMACS真的好多地方不懂，望大家指点，感谢。
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发表于 Post on 2021-8-24 20:52:56
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楼主 Author
发表于 Post on 2021-8-27 09:11:49