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[VMD] 求助:如何在MD中根据质心距提取出规定距离内的dimer

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楼主
如题所示,想根据质心距提取出规定范围内的dimer或三聚体
目前只能规定 set crit x,且不能一一对应给出dimer
当<=或者>=的时候,会将全部resid输出出来,无法进行挑选不知如何修改,脚本如附件,感谢各位老师悉心指点!!



dimer.tcl

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Level 4 (黑子)

2#
发表于 Post on 2021-8-26 20:39:13 | 只看该作者 Only view this author
可以先找到距离guest在cirt以内的分子的序号,然后依次:
set dimer [atomselect top "residue $i $j"]
$dimer writexyz dimer_$i,$j.xyz
这里i为中心分子,j为满足条件的分子。
另外,这个脚本没有考虑周期性边界,即j在下一个盒子的情况。

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